PDB-8dh3: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dh3

タイトル

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa

要素

Non-template strand DNA
RNA
T7 RNA polymerase
Template strand DNA

キーワード

Transferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

Model details

T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA

データ登録者

Oh, J. / Wang, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase.
著者: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dh3.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dh3.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dh0SC 8dh1C 8dh2C 8dh4C 8dh5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (2) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (11) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (2)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (11)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (2)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

B: T7 RNA polymerase

A: Template strand DNA

C: RNA

D: Non-template strand DNA

E: T7 RNA polymerase

F: Template strand DNA

G: RNA

H: Non-template strand DNA

I: T7 RNA polymerase

J: Template strand DNA

K: RNA

L: Non-template strand DNA

M: T7 RNA polymerase

N: Template strand DNA

O: RNA

P: Non-template strand DNA

444 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: T7 RNA polymerase

A: Template strand DNA

C: RNA

D: Non-template strand DNA

登録者が定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: T7 RNA polymerase

F: Template strand DNA

G: RNA

H: Non-template strand DNA

登録者が定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: T7 RNA polymerase

J: Template strand DNA

K: RNA

L: Non-template strand DNA

登録者が定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: T7 RNA polymerase

N: Template strand DNA

O: RNA

P: Non-template strand DNA

登録者が定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.067, 86.271, 201.967
Angle α, β, γ (deg.)	89.700, 86.010, 69.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	T7 RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase 分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖	Template strand DNA 分子量: 5510.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖	RNA 分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	Non-template strand DNA 分子量: 2666.761 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.55 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.93→47.98 Å / Num. obs: 105382 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 90.68 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 371631

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.7 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.93-2.98	2.204	19142	5176	0.306	1.33	2.58	0.4	98.1
16.05-47.98	0.026	2296	615	0.999	0.016	0.03	28.1	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.19	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8DH0

8dh0

解像度: 3→47.98 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2755	1850	1.88 %
R_work	0.2471	96319	-
obs	0.2477	98169	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 416.21 Å² / B_iso mean: 136.6622 Å² / B_iso min: 33.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→47.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25642	2656	0	0	28298
残基数	-	-	-	-	3416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.08	0.4058	134	0.383	7395	7529	97
3.08-3.17	0.3757	146	0.3373	7386	7532	98
3.17-3.27	0.3603	128	0.3239	7376	7504	98
3.27-3.39	0.3595	159	0.3191	7395	7554	98
3.39-3.53	0.2934	131	0.2986	7424	7555	98
3.53-3.69	0.3209	153	0.2675	7393	7546	98
3.69-3.88	0.321	137	0.2478	7437	7574	98
3.88-4.12	0.2597	136	0.2519	7473	7609	98
4.12-4.44	0.2703	153	0.2203	7335	7488	98
4.44-4.89	0.2378	138	0.2115	7450	7588	99
4.89-5.6	0.2446	148	0.2329	7439	7587	99
5.6-7.05	0.2792	142	0.2637	7424	7566	99
7.05-47.98	0.2363	145	0.2076	7392	7537	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9905	0.449	0.2379	0.2676	-0.6454	2.1728	0.4975	1.8552	0.8778	-0.0878	-0.4575	-0.1763	0.0682	0.5452	0.1161	0.8335	0.2032	0.1525	1.251	0.4897	1.1834	37.4258	54.375	-54.9644
2	2.3534	0.5392	-0.0863	0.5843	-0.1505	1.2079	-0.0317	0.9992	0.6979	-0.0983	-0.0244	-0.1577	-0.1525	0.2781	0.0103	0.71	0.0099	-0.0023	0.8957	0.3053	0.9022	25.9491	52.1147	-48.9371
3	2.4175	-0.3958	0.0281	1.1827	-0.0959	1.2604	0.0408	0.4476	-0.0512	-0.0914	-0.0708	-0.0366	0.125	0.0271	0.0277	0.4219	-0.0469	0.0703	0.4038	-0.0646	0.4671	18.5541	28.1975	-35.5654
4	2.0835	1.8468	-0.961	1.7538	-1.6541	4.7388	0.2488	0.9306	-0.0559	-0.2029	0.0064	-1.7281	0.1912	1.7453	-0.3109	0.6395	0.0846	-0.0737	1.3727	-0.1381	1.4688	35.5357	34.4336	-45.9155
5	5.515	5.1956	-3.5265	5.0722	-3.0207	5.6339	0.5825	2.3189	0.6373	-0.9059	-0.5961	-0.1136	0.0988	0.7131	-0.0813	0.7314	0.1305	0.0406	1.1979	0.257	0.8957	27.4453	43.4363	-41.3462
6	0.0076	-0.0089	-0.0122	0.0004	0.0041	0.0068	0.1457	0.7246	-0.0253	-1.4926	-0.7984	0.2269	0.4175	-0.2305	0.5771	3.3546	0.8495	-0.6803	1.9121	0.0024	2.4373	43.5964	20.8623	-47.5303
7	2.0291	0.7031	0.2726	2.4119	0.354	1.1041	0.1019	-1.1199	-1.182	0.4903	-0.0108	-0.9122	0.6308	0.2329	-0.1755	0.8586	0.1245	-0.0196	1.4248	0.3223	1.3867	35.454	55.2691	9.2898
8	2.8612	0.3259	-0.4027	1.7438	-0.056	1.0328	0.0618	-1.0466	-0.287	-0.0341	-0.2723	-0.1584	-0.0689	0.1798	0.1572	0.5531	0.1187	0.0478	0.7236	-0.1361	0.572	36.3538	82.1632	-5.3271
9	4.4971	-2.6294	-0.4695	1.572	0.3415	0.0959	1.1749	-0.5268	1.3986	-0.7986	-0.5806	-1.3363	0.124	1.1954	-0.4976	1.2002	0.0102	-0.1337	2.0103	0.2045	1.9025	61.0923	73.5481	1.4319
10	6.1514	1.6141	0.1715	1.8352	1.4662	5.9577	-0.3233	-0.7259	-1.4045	-0.8735	-0.1957	-0.3369	0.8691	0.6756	0.6575	1.1547	-0.0173	0.1306	1.3195	0.4708	1.4473	32.6525	61.3905	3.6914
11	3.4246	0.3435	0.3392	5.8687	-0.165	5.2044	0.4851	-1.3708	-0.566	0.0056	0.1841	-0.9485	0.598	1.209	-0.4828	0.9653	0.0406	-0.0391	1.4958	0.1159	1.188	36.3205	64.8964	-1.795
12	2.2147	1.2405	-0.9716	2.4966	1.9442	3.8702	-1.1473	0.2489	0.6668	0.127	-0.9934	-0.4716	0.0865	-0.3621	1.6367	2.1517	0.5969	0.0799	2.8205	0.0225	3.159	65.3631	74.8836	2.7074
13	2.9263	-1.0398	-0.2829	1.516	-0.2428	1.886	-0.0183	0.2483	0.9517	0.0159	0.0146	0.1565	-0.6002	-0.2706	-0.0494	0.8386	-0.1429	-0.0131	0.759	0.0275	1.1204	0.0309	45.195	-95.3838
14	3.0901	-0.31	0.6429	2.113	-0.0957	2.9492	0.3199	-0.2884	-0.4132	-0.2917	0.1348	0.4854	0.9492	-0.4228	-0.3293	1.1204	-0.3679	-0.3325	0.8944	0.1274	0.7357	9.8759	9.3826	-91.3829
15	-0.0003	0.0657	0.0423	1.3468	0.8079	0.4839	0.6955	-0.195	0.5631	0.8014	-0.1502	1.3376	0.0981	-2.021	-0.5128	1.0771	-0.4865	-0.0179	2.5655	0.5596	1.637	-5.9056	22.6714	-88.6737
16	7.3422	-1.44	1.1146	2.7283	-2.339	5.8007	0.4638	-0.1484	0.7503	-0.6046	0.4145	2.1759	0.3508	-1.4433	-0.844	0.9716	-0.2237	-0.1566	1.3652	0.208	1.5088	4.1803	22.1688	-98.1809
17	1.3112	-0.3478	0.6648	0.3282	-0.68	1.4142	-0.9755	-0.0277	0.0519	0.2168	-1.0755	0.3279	-0.1522	-0.2989	1.3623	3.3188	-0.6422	-0.3667	2.9175	0.182	3.537	-17.4188	16.1066	-78.1861
18	3.3306	1.6723	0.3288	2.5282	-0.6951	2.1131	0.3042	0.9052	-1.5484	-0.7304	-0.2023	-0.0798	0.7222	0.6767	-0.3852	1.9266	0.3298	-0.6035	1.5689	-0.2865	1.4954	24.9869	-14.1063	51.6061
19	2.2136	1.3472	0.1273	1.2283	-0.4445	1.1496	0.4953	-0.5672	0.0864	0.3926	-0.3612	0.4453	0.5997	-1.0654	-0.7408	1.4665	-0.165	-0.2399	2.202	0.6538	1.6397	-13.5975	-9.3367	62.8369
20	1.7238	-0.2218	1.4459	0.5093	-0.0789	1.2223	-0.0301	0.8753	-0.0689	-0.0336	-0.2621	0.1634	0.5149	0.7126	-0.3247	1.3776	0.2408	-0.1298	1.6834	-0.2395	0.7996	18.1397	-6.1216	42.6124
21	1.8955	-0.0882	1.6293	1.3217	-0.2363	2.8413	0.1967	0.4151	0.0506	0.2065	-0.3035	-0.4194	-0.1735	1.0617	0.1793	1.027	-0.2829	-0.0673	1.9053	0.1103	0.6695	31.0209	16.5291	57.8581
22	1.0533	-0.617	0.2004	1.0913	-0.8989	0.9245	-0.3013	-0.7735	0.8894	-0.2692	-0.777	-0.0767	-0.8689	-0.2918	0.5557	1.5289	0.0193	-0.2559	1.5805	-0.4537	0.949	4.5835	35.5042	58.8967
23	2.7545	0.0403	0.9069	0.9049	0.366	3.2576	-0.3836	0.8266	0.3207	-0.3601	-0.1594	0.0659	-0.7011	0.7893	0.3197	1.1839	-0.2343	-0.1754	1.6675	0.0988	0.6771	11.7471	21.7269	40.7748
24	3.0761	-2.998	-4.1605	2.9679	4.0572	5.6282	0.686	2.8703	-0.3045	-3.2693	-0.4301	1.1622	0.9663	-1.1863	-0.2604	4.3361	0.6641	-0.3596	4.1831	-0.8936	3.287	-21.2524	23.7284	43.2263
25	3.909	0.0243	-1.6813	3.2109	2.4405	3.2728	-0.1628	-0.3971	0.3471	0.9224	-0.3413	0.8616	-1.433	-0.1462	0.3687	1.7229	0.0653	0.1287	1.5443	-0.0064	1.0109	-0.4404	18.4411	50.216
26	0.7928	0.0626	1.3349	0.561	0.5625	2.6275	0.3752	-0.1619	-1.2579	1.7338	0.3106	1.386	-0.6656	0.17	-0.1254	1.5263	-0.3092	0.1917	1.9329	0.2086	1.0835	12.5464	2.3837	57.9541
27	1.8354	0.0289	1.9281	3.0511	1.1693	2.4524	0.9682	-0.7865	-0.3832	0.7152	-0.3213	1.5513	-0.3765	-0.3096	-0.2196	1.2919	-0.1757	0.0567	2.0648	-0.2375	1.0154	10.7568	9.5005	58.8557
28	2.161	1.2537	-0.8643	3.7431	-1.0919	0.4683	-0.5128	0.0899	-0.4841	0.1871	0.0423	-0.5018	0.0569	-0.5588	0.2517	3.7181	0.6714	0.0561	3.3601	0.1944	4.0406	-12.2762	23.5265	44.6146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 193 )	B	1 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 194 through 407 )	B	194 - 407
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 408 through 883 )	B	408 - 883
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 18 )	A	3 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 0 through 8 )	C	0 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 2 through 8 )	D	2 - 8
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 4 through 407 )	E	4 - 407
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 408 through 883 )	E	408 - 883
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 2 through 12 )	F	2 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 13 through 18 )	F	13 - 18
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 1 through 8 )	G	1 - 8
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 2 through 9 )	H	2 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 5 through 283 )	I	5 - 283
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'I' and (resid 284 through 883 )	I	284 - 883
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'J' and (resid 3 through 18 )	J	3 - 18
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'K' and (resid 1 through 8 )	K	1 - 8
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 2 through 8 )	L	2 - 8
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'M' and (resid 2 through 61 )	M	2 - 61
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'M' and (resid 62 through 247 )	M	62 - 247
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'M' and (resid 248 through 313 )	M	248 - 313
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'M' and (resid 314 through 569 )	M	314 - 569
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'M' and (resid 570 through 653 )	M	570 - 653
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'M' and (resid 654 through 882 )	M	654 - 882
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'N' and (resid 2 through 6 )	N	2 - 6
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'N' and (resid 7 through 12 )	N	7 - 12
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'N' and (resid 13 through 18 )	N	13 - 18
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'O' and (resid 1 through 8 )	O	1 - 8
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'P' and (resid 2 through 9 )	P	2 - 9

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)