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- PDB-8dh1: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dh1
タイトルT7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair
要素
  • Non-template strand DNA
  • RNA
  • T7 RNA polymerase
  • Template strand DNA
キーワードTransferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S8L / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
Model detailsT7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA
データ登録者Oh, J. / Wang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase.
著者: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
L: T7 RNA polymerase
M: Template strand DNA
N: RNA
O: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,60221
ポリマ－441,81015
非ポリマー7926
水1,13563
1
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8199
ポリマ－111,1194
非ポリマー7005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1194
ポリマ－111,1194
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5444
ポリマ－108,4523
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: T7 RNA polymerase
M: Template strand DNA
N: RNA
O: Non-template strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1194
ポリマ－111,1194
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.866, 86.156, 201.676
Angle α, β, γ (deg.)89.85, 85.09, 69.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 7分子 AFJMDHO

#2: DNA鎖
Template strand DNA


分子量: 5616.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Non-template strand DNA


分子量: 2666.761 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 BEILCGKN

#1: タンパク質
T7 RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#3: RNA鎖
RNA


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 69分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-S8L / 1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-1H-pyrrole-2-carbaldehyde


分子量: 467.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16NO14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→39.34 Å / Num. obs: 130161 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 509307
反射 シェル解像度: 2.65→2.69 Å / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 2.619 / Num. measured all: 25182 / Num. unique obs: 6486 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 1.533 / Rrim(I) all: 3.036 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DH0

8dh0


解像度: 2.65→39.34 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 6387 4.95 %
Rwork0.2297 --
obs0.2318 128924 89.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24720 2302 2 63 27087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00427839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69738143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7744580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.680.41711970.37823589X-RAY DIFFRACTION79
2.68-2.710.38542330.35764033X-RAY DIFFRACTION88
2.71-2.740.4062440.34093988X-RAY DIFFRACTION89
2.74-2.780.35982270.34354147X-RAY DIFFRACTION90
2.78-2.820.38522080.31894123X-RAY DIFFRACTION91
2.82-2.850.34611980.32264159X-RAY DIFFRACTION90
2.85-2.90.35522210.30564039X-RAY DIFFRACTION90
2.9-2.940.33782220.29594094X-RAY DIFFRACTION89
2.94-2.980.35662070.28454045X-RAY DIFFRACTION90
2.98-3.030.36181890.27814125X-RAY DIFFRACTION88
3.03-3.090.32992010.2983890X-RAY DIFFRACTION85
3.09-3.140.33421980.30353615X-RAY DIFFRACTION79
3.14-3.20.40142080.31514061X-RAY DIFFRACTION91
3.2-3.270.39252170.2984286X-RAY DIFFRACTION93
3.27-3.340.33082200.26694180X-RAY DIFFRACTION93
3.34-3.420.27782220.25614241X-RAY DIFFRACTION92
3.42-3.50.32220.23994216X-RAY DIFFRACTION93
3.5-3.60.29622160.23474204X-RAY DIFFRACTION91
3.6-3.70.2912050.22284139X-RAY DIFFRACTION92
3.7-3.820.24891830.21814155X-RAY DIFFRACTION91
3.82-3.960.26092310.214119X-RAY DIFFRACTION89
3.96-4.120.24271700.20423723X-RAY DIFFRACTION81
4.12-4.30.2332170.19554184X-RAY DIFFRACTION92
4.3-4.530.24822170.18684319X-RAY DIFFRACTION95
4.53-4.810.22782150.17794231X-RAY DIFFRACTION93
4.81-5.180.22292220.18664223X-RAY DIFFRACTION92
5.18-5.70.24822350.20874097X-RAY DIFFRACTION90
5.7-6.530.28321870.23133914X-RAY DIFFRACTION86
6.53-8.210.24212240.20824284X-RAY DIFFRACTION95
8.21-39.340.19762310.20194114X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5567-0.0399-0.42561.3159-0.30271.77120.14040.01861.28960.16760.05520.3201-0.4254-0.4621-0.17430.70090.02210.11060.5896-0.04261.1127-2.035145.2709-96.2395
22.76130.0546-0.250.8829-0.22871.47890.1848-0.3512-0.3432-0.2079-0.04760.27270.3733-0.0576-0.12910.8358-0.0579-0.16220.60230.00480.50828.46049.9241-91.8304
38.29824.6475-1.15176.0083-1.75232.06660.3108-0.531.698-0.40070.19171.98790.2034-0.9181-0.70550.791-0.1057-0.10450.84290.01860.94650.275123.0829-92.8794
44.3806-6.21061.5829.1518-3.4355.1940.5344-0.49860.5405-0.3764-0.56750.81750.1313-0.3766-0.03861.0223-0.1993-0.14930.6551-0.14270.97763.334222.1989-98.3779
51.77380.8219-0.21461.0635-1.13382.05410.0730.1642-0.36010.00920.3260.05220.6273-0.1522-0.30471.14790.037-0.23130.9467-0.08930.748110.0494-14.084353.4531
62.0561-0.04931.00630.85770.12242.21030.11070.40680.14410.0027-0.16450.0525-0.21750.22810.05050.95870.0317-0.05531.0449-0.07490.45322.040318.6449.2529
73.8003-3.60231.49396.9556-1.4813.25320.1313-0.2052-0.87750.6637-0.29611.8724-0.4868-0.0360.09731.00410.06130.14851.2673-0.24710.90793.912411.258353.4271
85.19540.7936-2.44963.3006-3.98635.24960.2628-0.14310.11110.912-0.06051.6216-0.4182-0.4237-0.0120.96850.0820.06571.3824-0.23210.939712.54048.447858.8741
99.82980.3611-3.2042.9601-3.82145.6985-0.81610.56560.36530.2781-0.3483-0.3440.2884-1.12821.05092.91510.82510.61382.29380.14581.7184-7.838325.849544.3783
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111.8647-0.20350.37881.1763-0.18190.99880.13370.34250.035-0.0469-0.0945-0.1330.17120.1397-0.04790.2897-0.00860.02090.40950.02050.360718.965530.75-35.0979
122.54752.15010.0631.87040.32573.74490.17970.50260.0999-0.0617-0.0822-1.26020.50451.0054-0.25330.36350.10070.06270.87570.12420.767835.221533.954-45.861
138.38795.6877-3.90593.8675-2.68294.67450.1240.6767-0.4043-0.2085-0.3126-0.68580.07410.80450.10860.3812-0.0138-0.00450.63260.12570.527726.700443.169-40.0977
144.40031.1693-3.9040.7752-1.24973.5572-0.29431.2751-0.193-0.23330.3907-0.22590.3354-0.3282-0.15052.4203-0.03840.04043.07960.1342.521143.584419.7423-49.7479
151.95550.04990.46942.00630.0211.02740.0223-0.6755-0.72910.2582-0.0095-0.34720.33140.1014-0.01740.5480.00560.05970.8970.12870.798635.369956.2437.5874
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172.02191.97971.99098.69758.85999.0291-0.35840.6306-1.193-0.43270.4172-3.1058-0.63411.78050.02631.92070.3547-0.06472.8112-0.08632.446872.930673.56072.4182
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197.01293.1158-1.21961.74821.12928.0502-0.1166-0.7705-1.6437-0.2564-0.2212-1.13711.43570.79350.69480.66410.2050.11040.74820.16360.656233.01760.68963.3718
203.6836-3.7728-1.5134.4580.41932.776-0.647-1.3374-0.0321-0.11330.0715-1.18750.49891.0170.61810.7075-0.00350.05620.93670.13080.710936.57864.3095-2.1265
213.28052.2793-0.1974.38963.85195.6879-1.1167-1.8419-1.72510.40350.6133-1.4647-1.5917-0.45580.47691.67150.3294-0.16992.11370.1652.003365.502475.10861.9813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 8 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 3 through 8 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 18 through 407 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 408 through 883 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 2 through 6 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 7 through 12 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 13 through 18 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 1 through 8 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 2 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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