[日本語] English
万見
- PDB-8dgm: 14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK1 (pT1165) peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dgm
タイトル14-3-3 epsilon bound to phosphorylated PEAK1 (pT1165) peptide
要素
  • 14-3-3 protein epsilon
  • Inactive tyrosine-protein kinase PEAK1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of heart rate by hormone / positive regulation of hippo signaling / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling / regulation of cell motility / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / focal adhesion assembly ...regulation of heart rate by hormone / positive regulation of hippo signaling / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling / regulation of cell motility / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / focal adhesion assembly / intracellular potassium ion homeostasis / Signaling by Hippo / regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / RHOV GTPase cycle / protein phosphatase inhibitor activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOU GTPase cycle / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein localization to nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / regulation of cytosolic calcium ion concentration / HSF1 activation / potassium channel regulator activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / calcium channel inhibitor activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / signaling adaptor activity / calcium channel regulator activity / substantia nigra development / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / substrate adhesion-dependent cell spreading / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / hippocampus development / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / phosphoprotein binding / mitochondrial membrane / cerebral cortex development / histone deacetylase binding / neuron migration / MHC class II protein complex binding / MAPK cascade / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / intracellular protein localization / melanosome / cell migration / actin cytoskeleton / cellular response to heat / protein autophosphorylation / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...: / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein epsilon / Inactive tyrosine-protein kinase PEAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Roy, M.J. / Hardy, J.M. / Lucet, I.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1144149 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural mapping of PEAK pseudokinase interactions identifies 14-3-3 as a molecular switch for PEAK3 signaling.
著者: Roy, M.J. / Surudoi, M.G. / Kropp, A. / Hou, J. / Dai, W. / Hardy, J.M. / Liang, L.Y. / Cotton, T.R. / Lechtenberg, B.C. / Dite, T.A. / Ma, X. / Daly, R.J. / Patel, O. / Lucet, I.S.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_validate_planes
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein epsilon
B: Inactive tyrosine-protein kinase PEAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9084
ポリマ－31,7842
非ポリマー1242
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Binding of phosphorylated PEAK1 (pT1165) peptide to 14-3-3 confirmed by SPR, fitting 1:1 stoichiometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.423, 91.423, 139.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)

-
要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein epsilon / 14-3-3E


分子量: 29454.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P62258
#2: タンパク質・ペプチド Inactive tyrosine-protein kinase PEAK1 / Pseudopodium-enriched atypical kinase 1 / Sugen kinase 269 / Tyrosine-protein kinase SgK269


分子量: 2329.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H792
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% (v/v) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.71 Å / Num. obs: 6156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.3919.41.4572.139480.7441.49599.2
3.39-3.6219.60.7684.34177430.9090.789100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å45.71 Å
Translation3.2 Å45.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20161205データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Coot0.9.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BR9

2br9


解像度: 3.2→45.71 Å / SU ML: 0.4446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5633
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 615 10.01 %
Rwork0.2075 5528 -
obs0.2134 6143 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1491 0 8 0 1499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16442080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0594253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0173263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4711228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.32261400.26351346X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-4.030.26551490.20521337X-RAY DIFFRACTION100
4.03-5.080.2521610.20311372X-RAY DIFFRACTION100
5.08-45.710.2651650.20121473X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57472137016-0.306206493463-1.490444664216.21856852725-0.1178281784884.66592154514-0.191321332976-0.6266848165120.0457143960359-0.5079395313270.284917874195-0.9405873377840.04077883299220.488583295679-0.05118197636690.661821927759-0.01434206653430.02363614765940.5115421106840.0287843356980.592032568861-34.4589879691-3.3366593211-11.6583363787
27.081871605991.90554702824-1.185257577053.950652557680.22656583601210.1757135252-1.028490640330.493779519002-1.36116844490.7678552409541.142201997750.6092149966140.5507117364560.811918731376-0.07643433061090.737568304267-0.06830749588590.05666771034930.664297645607-0.06118538289670.714935917005-31.601103853-9.69326096472-20.2664754151
36.25245779993.153247466234.193523986056.5594512364.405090500514.25721764927-0.2948726227210.1146983519540.405571870146-0.807448242084-1.499695033453.76977662965-2.61555194711-1.740913138081.016153653471.37852633372-0.0239366744432-0.1653578229341.140968820840.357834012030.968052469332-44.0815285915.326301933-18.5406741454
47.16464377576-8.0540755277-0.09883375591957.73322627811-0.1213231467453.86227985012-0.5718489088350.1517201074551.26457884909-0.01504139769940.411518303133-1.558097477820.845563595497-0.1414379511840.1901528163891.00614708597-0.1490906754780.1441022103440.5026991971820.06791957204051.12872764181-32.55395769226.8520168321-16.0730012895
53.845737203660.592108299261-2.593570413672.995136023340.4176909594538.138494334780.05792559503360.4803158103080.453033329137-0.375084063978-0.0050947357112-0.02604411445-0.5681159179580.1675657194850.1166206884351.09967319116-0.123485492649-0.0355685080540.7465974555140.09557620223240.797317230236-26.11976455712.1913665467-14.0094536444
65.57946377007-5.32035264196-4.586532050864.991348147514.4043411884.115676421651.421899453810.4420760524752.992840186620.898142310538-0.220536858849-2.27968340785-0.617934703649-0.147409255282-0.860653930461.37632075217-0.366721069558-0.08565480600691.108973623050.09814089707421.29635059362-21.047873577617.9142371818-2.7286074817
77.584167331013.34348570851.935683860578.35184868254-2.255841616231.84090319822-1.63675089979-1.009547538312.68250139849-0.5384685357791.87182359997-0.162843897952-0.9497080309462.004227333360.3139551218811.74563071021-0.138426029866-0.1970860202011.51765012684-0.04979170420641.20596896217-35.508651697617.5263309357.06302569268
87.0592253155-1.64827179391-3.462212637172.889167908190.8115636981186.10966945182-0.178605857226-0.438935296825-0.106788770272-0.5014660845980.0519208795018-0.6631928874-1.01609084710.8532513689940.100916982381.32446035846-0.114238400368-0.188070532750.7785103652890.2120824378441.10199953716-21.46401522738.814458396940.609498037303
90.111386027774-0.213682289742-0.4342621840950.3358253109650.8592600086593.70871536271.59401354028-2.370425875861.259792260120.946239315005-0.0631077985383.347633321831.05616734274-1.76498178171-0.9376617330931.0812802737-0.4469137031850.3852649386041.106079295170.08395458592261.59661442647-29.29400851313.00066410872-4.93661540412
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 33 through 72 )AA33 - 721 - 40
22chain 'A' and (resid 73 through 106 )AA73 - 10641 - 74
33chain 'A' and (resid 107 through 114 )AA107 - 11475 - 82
44chain 'A' and (resid 115 through 137 )AA115 - 13783 - 105
55chain 'A' and (resid 138 through 187 )AA138 - 187106 - 155
66chain 'A' and (resid 188 through 208 )AA188 - 208156 - 176
77chain 'A' and (resid 209 through 217 )AA209 - 217177 - 185
88chain 'A' and (resid 218 through 232 )AA218 - 232186 - 200
99chain 'B' and (resid 67 through 72 )BD67 - 721 - 6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る