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万見
- PDB-8df1: Chi3l1 bound by antibody C59 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8df1
タイトルChi3l1 bound by antibody C59
要素
  • C59 Fab Heavy chain
  • C59 Fab Light chain
  • Chitinase-3-like protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Chi3l1 / Fab / immunotherapeutic
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cartilage development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / extracellular matrix structural constituent / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / extracellular matrix ...response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cartilage development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / extracellular matrix structural constituent / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / extracellular matrix / lung development / response to interleukin-1 / positive regulation of interleukin-8 production / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase-3-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wrapp, D. / McLellan, J.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Antib Ther / 年: 2023
タイトル: A novel humanized Chi3l1 blocking antibody attenuates acetaminophen-induced liver injury in mice.
著者: Li, L. / Wen, Y. / Wrapp, D. / Jeong, J. / Zhao, P. / Xiong, W. / Atkins, C.L. / Shan, Z. / Hui, D. / McLellan, J.S. / Zhang, N. / Ju, C. / An, Z.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase-3-like protein 1
B: Chitinase-3-like protein 1
C: Chitinase-3-like protein 1
D: Chitinase-3-like protein 1
E: Chitinase-3-like protein 1
F: Chitinase-3-like protein 1
M: C59 Fab Heavy chain
N: C59 Fab Light chain
H: C59 Fab Heavy chain
L: C59 Fab Light chain
O: C59 Fab Heavy chain
P: C59 Fab Light chain
Q: C59 Fab Heavy chain
R: C59 Fab Light chain
S: C59 Fab Heavy chain
T: C59 Fab Light chain
U: C59 Fab Heavy chain
V: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)524,62124
ポリマ－520,45318
非ポリマー4,1686
水00
1
A: Chitinase-3-like protein 1
H: C59 Fab Heavy chain
L: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4914
ポリマ－86,7423
非ポリマー7491
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitinase-3-like protein 1
M: C59 Fab Heavy chain
N: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3294
ポリマ－86,7423
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chitinase-3-like protein 1
O: C59 Fab Heavy chain
P: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6534
ポリマ－86,7423
非ポリマー9111
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chitinase-3-like protein 1
Q: C59 Fab Heavy chain
R: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3294
ポリマ－86,7423
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Chitinase-3-like protein 1
S: C59 Fab Heavy chain
T: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4914
ポリマ－86,7423
非ポリマー7491
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Chitinase-3-like protein 1
U: C59 Fab Heavy chain
V: C59 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3294
ポリマ－86,7423
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.100, 172.920, 404.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Chitinase-3-like protein 1 / 39 kDa synovial protein / Cartilage glycoprotein 39 / CGP-39 / GP-39 / hCGP-39 / YKL-40


分子量: 40536.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHI3L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36222

-
抗体 , 2種, 12分子 MHOQSUNLPRTV

#2: 抗体
C59 Fab Heavy chain


分子量: 23486.350 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
C59 Fab Light chain


分子量: 22719.049 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 6分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 10% PEG 4000, 2% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→87.29 Å / Num. obs: 108604 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 56.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.796 / Net I/σ(I): 8.97
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 10701 / CC1/2: 0.421 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P8V, 6PEH, 4HBC

4p8v

6peh

4hbc


解像度: 3.3→87.29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 --
Rwork0.2057 --
obs-108487 99.86 %
原子変位パラメータBiso max: 241.48 Å2 / Biso mean: 71.1652 Å2 / Biso min: 21.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→87.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36612 0 278 0 36890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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