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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ded | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW19 fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / Western Equine Encephalitis virus / virus-like particle / antibody / VLP-Fab complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Pletnev, S. / Tsybovsky, Y. / Verardi, R. / Roedeger, M. / Kwong, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses. 著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer / 要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ded.cif.gz | 470.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ded.ent.gz | 376.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ded.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ded_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ded_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ded_validation.xml.gz | 98.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ded_validation.cif.gz | 147.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8ded ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8ded | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27390MC 8decC 8deeC 8defC 8deqC 8derC 8dulC 8dunC 8dwoC 8eeuC 8eevC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47368.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13897 #2: タンパク質 | 分子量: 46374.848 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13897 #3: 抗体 | 分子量: 25564.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23671.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homo sapiens / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 46.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4667 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 28940 / 詳細: VLPs | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1736400 / 詳細: symmetry expanded from point group I / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |