PDB-8dea: Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dea

タイトル

Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors

要素

Complement factor D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.214 Å

データ登録者

Raman, K. / Babu, Y.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Scaffold hopping via ring opening enables identification of acyclic compounds as new complement Factor D inhibitors.
著者: Zhang, W. / Wu, M. / Vadlakonda, S. / Juarez, L. / Cheng, X. / Muppa, S. / Chintareddy, V. / Vogeti, L. / Kellogg-Yelder, D. / Williams, J. / Polach, K. / Chen, X. / Raman, K. / Babu, Y.S. / Kotian, P.

履歴

登録	2022年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dea.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dea.ent.gz	139 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dea_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dea_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8dea_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	8dea_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8dea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8dea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d95C 8dg6C 1dicS 1bfp S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement factor D

B: Complement factor D

C: Complement factor D

D: Complement factor D

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.898, 73.032, 240.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24596.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / Cell (発現宿主): Embryonic kidney / 細胞株 (発現宿主): Hek293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-R7X / 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide 分子量: 430.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀BrN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 % / 解説: square blocks
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer / PH範囲: 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 170 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36438 / % possible obs: 74.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.771 / CC star: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.311 / Χ²: 0.861 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.6 % / Num. unique obs: 1919 / CC_1/2: 0.771 / CC star: 0.923 / Χ²: 0.532 / % possible all: 46.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dic

1dic

解像度: 2.214→46.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / WR_factor R_free: 0.281 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 9.716 / SU ML: 0.238 / Average fsc free: 0.9334 / Average fsc work: 0.9623 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2998	1694	4.897 %
R_work	0.225	32897	-
all	0.229	-	-
obs	-	34591	85.164 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.495 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.048 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.214→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6484	0	120	84	6688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6750
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	6216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.654	9186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.533	1.576	14472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.637	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.685	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.172	10	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.435	10	268
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.007	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.343	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.762	3.345	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.762	3.345	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.26	4.99	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.261	4.993	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.756	3.604	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.756	3.604	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.219	5.285	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.219	5.285	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.311	46.366	6864
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.307	46.267	6861

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.214-2.271	0.353	64	0.27	1410	0.274	2937	0.914	0.947	50.1873	0.257
2.271-2.333	0.323	102	0.27	1885	0.273	2840	0.928	0.949	69.9648	0.256
2.333-2.401	0.348	92	0.264	2141	0.267	2812	0.918	0.952	79.4097	0.248
2.401-2.474	0.346	119	0.267	2172	0.271	2725	0.912	0.952	84.0734	0.25
2.474-2.555	0.333	102	0.258	2224	0.261	2621	0.92	0.955	88.7448	0.24
2.555-2.645	0.334	108	0.245	2260	0.249	2587	0.92	0.961	91.5346	0.221
2.645-2.744	0.375	124	0.244	2115	0.25	2436	0.926	0.961	91.913	0.219
2.744-2.856	0.358	119	0.255	2076	0.26	2401	0.919	0.957	91.4202	0.229
2.856-2.982	0.292	99	0.235	1989	0.238	2297	0.935	0.964	90.9012	0.211
2.982-3.127	0.335	100	0.226	1929	0.231	2181	0.929	0.966	93.0307	0.206
3.127-3.295	0.335	96	0.25	1873	0.254	2101	0.923	0.959	93.7173	0.231
3.295-3.494	0.281	91	0.221	1738	0.224	1991	0.955	0.972	91.8634	0.207
3.494-3.734	0.27	83	0.229	1618	0.231	1887	0.953	0.971	90.1431	0.221
3.734-4.031	0.275	83	0.204	1448	0.208	1738	0.95	0.976	88.0898	0.196
4.031-4.412	0.222	57	0.179	1338	0.18	1615	0.968	0.979	86.3777	0.171
4.412-4.928	0.231	64	0.155	1210	0.159	1496	0.978	0.985	85.1604	0.151
4.928-5.679	0.284	50	0.201	1094	0.205	1335	0.956	0.978	85.6929	0.196
5.679-6.93	0.311	61	0.239	991	0.243	1120	0.955	0.967	93.9286	0.233
6.93-9.693	0.294	53	0.189	845	0.195	914	0.953	0.977	98.2495	0.187
9.693-46.46	0.33	27	0.295	541	0.296	578	0.912	0.936	98.2699	0.302

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