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万見
- PDB-8de0: TEM-1 beta-lactamase covalently bound to avibactam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8de0
タイトルTEM-1 beta-lactamase covalently bound to avibactam
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Hydrolase / Beta-lactamase / TEM / avibactam / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Ji, Z. / Boxer, S.G. / Mathews, I.I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118044 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133894 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Protein Electric Fields Enable Faster and Longer-Lasting Covalent Inhibition of beta-Lactamases.
著者: Ji, Z. / Kozuch, J. / Mathews, I.I. / Diercks, C.S. / Shamsudin, Y. / Schulz, M.A. / Boxer, S.G.
履歴
登録2022年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9458
ポリマ－115,8764
非ポリマー1,0694
水19,2221067
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2362
ポリマ－28,9691
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2362
ポリマ－28,9691
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2362
ポリマ－28,9691
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2362
ポリマ－28,9691
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.650, 83.690, 95.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...
21(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...
31(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...
41(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA27 - 623 - 38
12GLUGLULEULEU(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA64 - 8140 - 57
13ARGARGASPASP(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA83 - 21459 - 190
14VALVALGLYGLY(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA216 - 241192 - 217
15ARGARGARGARG(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA243 - 257219 - 233
16VALVALTRPTRP(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AA259 - 288235 - 264
17NXLNXLNXLNXL(chain A and (resid 27 through 62 or resid 64...AE301
21PROPROPROPRO(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB27 - 623 - 38
22GLUGLULEULEU(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB64 - 8140 - 57
23ARGARGASPASP(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB83 - 21459 - 190
24VALVALGLYGLY(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB216 - 241192 - 217
25ARGARGARGARG(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB243 - 257219 - 233
26VALVALTRPTRP(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BB259 - 288235 - 264
27NXLNXLNXLNXL(chain B and (resid 27 through 62 or resid 64...BF301
31PROPROPROPRO(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC27 - 623 - 38
32GLUGLULEULEU(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC64 - 8140 - 57
33ARGARGASPASP(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC83 - 21459 - 190
34VALVALGLYGLY(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC216 - 241192 - 217
35ARGARGARGARG(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC243 - 257219 - 233
36VALVALTRPTRP(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CC259 - 288235 - 264
37NXLNXLNXLNXL(chain C and (resid 27 through 62 or resid 64...CG301
41PROPROPROPRO(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD27 - 623 - 38
42GLUGLULEULEU(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD64 - 8140 - 57
43ARGARGASPASP(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD83 - 21459 - 190
44VALVALGLYGLY(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD216 - 241192 - 217
45ARGARGARGARG(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD243 - 257219 - 233
46VALVALTRPTRP(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DD259 - 288235 - 264
47NXLNXLNXLNXL(chain D and (resid 27 through 62 or resid 64...DH301

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / TEM-1


分子量: 28968.955 Da / 分子数: 4 / 変異: M182T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: An extra glycine at the N-terminus / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaTEM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3350, HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→38.33 Å / Num. obs: 99749 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.511 % / Biso Wilson estimate: 21.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 9.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.73-1.7711.2071.6471.6280924739172210.6711.72497.7
1.77-1.8213.3941.3462.2594040714570210.8011.39998.3
1.82-1.8814.0711.1792.6896106694268300.8581.22398.4
1.88-1.9313.8720.9053.4592140673566420.9080.93998.6
1.93-213.2950.7124.1686301657664910.9320.74198.7
2-2.0713.8740.5955.0486973635162690.9570.61898.7
2.07-2.1513.7760.4766.0883149610460360.9670.49498.9
2.15-2.2313.5830.3837.1279585591858590.9830.39899
2.23-2.3314.1290.3388.0679377565856180.9850.35199.3
2.33-2.4513.9550.2958.874728539453550.9890.30699.3
2.45-2.5813.1850.23910.1167585515151260.9890.24999.5
2.58-2.7413.9330.21211.5567353485648340.9930.2299.5
2.74-2.9213.6850.17613.0362487457945660.9940.18399.7
2.92-3.1614.1230.15315.3160290427742690.9950.15999.8
3.16-3.4613.7990.12217.8453956391639100.9960.12799.8
3.46-3.8712.8090.10319.9345845357935790.9970.107100
3.87-4.4713.4470.0922.7742224314031400.9980.094100
4.47-5.4714.0520.0824.8937787269026890.9980.083100
5.47-7.7412.8270.08322.926731208520840.9980.087100
7.74-38.3313.7190.05731.0115859117011560.9990.05998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ERM

1erm


解像度: 1.72→38.33 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 5045 5.06 %
Rwork0.1727 94704 -
obs0.1741 99749 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.75 Å2 / Biso mean: 22.4472 Å2 / Biso min: 11.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→38.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8064 0 68 1067 9199
Biso mean--21.92 32.63 -
残基数----1048
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4933X-RAY DIFFRACTION10.241TORSIONAL
12B4933X-RAY DIFFRACTION10.241TORSIONAL
13C4933X-RAY DIFFRACTION10.241TORSIONAL
14D4933X-RAY DIFFRACTION10.241TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.740.21411180.16042557267580
1.74-1.770.18291600.142731503310100
1.77-1.790.17631740.136932013375100
1.79-1.810.1861900.145830853275100
1.81-1.830.19211750.133831883363100
1.83-1.860.1911660.147831773343100
1.86-1.880.2011580.153831583316100
1.88-1.910.21551670.158431903357100
1.91-1.940.20731590.157331673326100
1.94-1.970.20191600.139231583318100
1.97-2.010.18711510.142232053356100
2.01-2.050.17191670.154531803347100
2.05-2.080.22141720.153931603332100
2.08-2.130.20691660.152331553321100
2.13-2.170.19491720.138232023374100
2.17-2.220.18761920.142831403332100
2.22-2.280.18511650.153731533318100
2.28-2.340.20351620.16332113373100
2.34-2.410.16961570.161931863343100
2.41-2.490.20741850.165231073292100
2.49-2.580.22041560.158732273383100
2.58-2.680.18361740.165931663340100
2.68-2.80.24281630.182331713334100
2.8-2.950.21681860.195831803366100
2.95-3.130.24111740.198731943368100
3.13-3.380.21941710.178431863357100
3.38-3.720.16611620.173932053367100
3.72-4.250.17191830.166431883371100
4.25-5.360.16971900.182532123402100
5.36-38.330.24461700.24673245341599

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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