[日本語] English
万見
- PDB-8dcm: Crystal structure of Clostridioides difficile binary toxin proCDT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dcm
タイトルCrystal structure of Clostridioides difficile binary toxin proCDTb lacking D4 in complex with BINTOXB/22 Fab
要素
  • (BINTOXB/22 Fab ...) x 2
  • ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / virulence / antibodies / neutralization / bacteria / TOXIN / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Goldsmith, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for Binding of Neutralizing Antibodies to Clostridioides difficile Binary Toxin.
著者: Goldsmith, J.A. / Dewar, V. / Hermand, P. / Blais, N. / McLellan, J.S.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BINTOXB/22 Fab heavy chain
B: BINTOXB/22 Fab light chain
C: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4897
ポリマ－128,3463
非ポリマー1434
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.229, 118.480, 166.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB / ADP-ribosyltransferase binding component / CdtB / proCDTb


分子量: 80041.344 Da / 分子数: 1 / Fragment: lacking D4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: cdtB, E5F34_11700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DS70

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 BINTOXB/22 Fab heavy chain


分子量: 24862.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 BINTOXB/22 Fab light chain


分子量: 23441.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 263分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8000, 0.09 M sodium nitrate, 0.09 M sodium phosphate dibasic, 0.09 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→96.46 Å / Num. obs: 45722 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Num. unique obs: 3686 / CC1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UWT

6uwt


解像度: 2.5→59.24 Å / SU ML: 0.2382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 2204 4.82 %
Rwork0.1976 43518 -
obs0.199 45722 93.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8813 0 4 259 9076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00298997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.642512215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04371364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.43623311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.30371140.2622397X-RAY DIFFRACTION83.28
2.55-2.610.30411290.25352372X-RAY DIFFRACTION83.95
2.61-2.680.25191290.23942486X-RAY DIFFRACTION87.34
2.68-2.750.29561450.24422556X-RAY DIFFRACTION89.5
2.75-2.830.31751110.24222438X-RAY DIFFRACTION84.49
2.83-2.920.26781430.23932756X-RAY DIFFRACTION95.8
2.92-3.030.24241400.23762822X-RAY DIFFRACTION98.8
3.03-3.150.27821170.21712835X-RAY DIFFRACTION98.14
3.15-3.290.25021590.2152854X-RAY DIFFRACTION98.85
3.29-3.470.21891480.21372863X-RAY DIFFRACTION99.37
3.47-3.680.2291200.1832725X-RAY DIFFRACTION93.62
3.68-3.970.20911620.17692795X-RAY DIFFRACTION97.01
3.97-4.370.17771480.16432917X-RAY DIFFRACTION99.61
4.37-50.19751430.15072928X-RAY DIFFRACTION99.61
5-6.30.21161530.18352769X-RAY DIFFRACTION93.83
6.3-59.240.1721430.17623005X-RAY DIFFRACTION96.09

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る