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- PDB-8dce: SARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain SPEEDesign Immunogen 1 Bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dce
タイトルSARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain SPEEDesign Immunogen 1 Bound to C144 scFv
要素
  • C144 scFv
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Immunogen / antigen / design / vaccine / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Design of the SARS-CoV-2 RBD vaccine antigen improves neutralizing antibody response.
著者: Dickey, T.H. / Tang, W.K. / Butler, B. / Ouahes, T. / Orr-Gonzalez, S. / Salinas, N.D. / Lambert, L.E. / Tolia, N.H.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: C144 scFv
A: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5692
ポリマ－52,5692
非ポリマー00
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.630, 97.310, 141.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 C144 scFv


分子量: 28929.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23639.318 Da / 分子数: 1 / Fragment: RBD SPEEDesign Immunogen 1 (UNP residues 333-526)
Mutation: T333M,A348P,V362Y,A363Y,N394Q,Y396F,I468T,H519D,A522P
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16% PEG8000, 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.78 Å / Num. obs: 38255 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 5.73 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 12.83
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2688 / CC1/2: 0.793 / Rrim(I) all: 0.845

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7BWJ

7bwj


解像度: 2→19.78 Å / SU ML: 0.1724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.1732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 2000 5.23 %
Rwork0.1772 36247 -
obs0.1786 38247 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3390 0 0 226 3616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00243477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53044724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.30961227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30411410.26552554X-RAY DIFFRACTION98.94
2.05-2.110.28611420.21152562X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.170.25081410.19692562X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.240.21181400.1852531X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.320.24631430.18952606X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.410.22541400.18812538X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.23331420.18322564X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.650.211430.18642596X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.820.20671420.17762584X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-3.030.18131430.17272594X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.340.18171430.17552587X-RAY DIFFRACTION99.93
3.34-3.820.1721450.16722619X-RAY DIFFRACTION99.71
3.82-4.80.17271450.14842628X-RAY DIFFRACTION99.93
4.8-19.780.2211500.18682722X-RAY DIFFRACTION99.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.967303418380.001502285093951.229636959972.10852615137-0.460964437564.852101012720.1036203432040.02311028058930.125282420082-0.100496281867-0.05268858930110.279173252772-0.164283502293-0.562264884615-0.08689951993910.2302730376540.04241361533350.01180582027380.209973628962-0.02876974224820.296973282546-33.27709838125.31673791984-33.8677509675
22.457880145341.523912248391.006594381222.873785002380.302734447762.27627813456-0.05603078225960.0345989565458-0.0177968186431-0.3025917452820.00997176522808-0.0856682158979-0.212066875007-0.0901786808305-0.01508969351870.254978545210.02588297031740.03029549886160.2248055294390.01094753749830.241868908843-23.7993849461.85518344918-38.6493201372
33.30374153276-0.361131981358-0.8531761930463.387840037710.9008699996267.22410002498-0.189082124007-0.02292885083350.334479659257-0.09666214889780.01657700290810.127325755113-0.434153355642-0.1138933311760.06286260511370.286299070853-0.00127344499996-0.02533161505560.1920652806870.008505642684670.29254284825-27.40552621039.98405778755-37.2507605299
44.10428989855-1.007122695162.652080748084.86501552521-1.727937183834.46457293437-0.04141027605410.3136573617360.182586157827-0.483009778924-0.0643810880474-0.136654755482-0.3725901133360.04303089698150.05245912414890.2644481850040.009889235280390.03302342005440.196514673236-0.002961965239260.198774289622-30.10237699763.09491645701-44.623516633
53.2359356291-0.163826879472.10646472761.8010601512-1.202701143153.99635636976-0.0578310058704-0.353161803383-0.2574707150460.1843773122260.0366093341679-0.120417486331-0.142768182898-0.2400389249860.07844989284810.2928825293820.01864870467780.008791536052470.276495809829-0.01097354120070.316962553819-17.7794466966-4.52305636813-20.3930563584
64.6852398078-2.37099775272.281640774264.51897040919-0.08751358978821.148446201490.04714254388030.1862591599210.172794267827-0.237843840825-0.143229147495-0.0299982495519-0.00209383669224-0.338652036730.03308881974980.213128347631-0.04574592544820.03229293192410.2081378667840.03628932084320.164350294547-28.9715127318-5.06726273586-40.9505303092
72.478838507691.993977398530.333621530924.490784824820.7099121812730.92532349011-0.0145300656123-0.0229903012388-0.113145033760.1882593568750.0550256775808-0.3274422398440.1762247797040.0845350332534-0.0294499036510.2380932211340.0463497111199-0.003474813276140.2024350245580.0049096868390.235496857438-20.3956568043-17.1158839811-33.9406798237
82.386400073971.959282617231.624680556758.198434480271.495079056571.941480942060.0967145178623-0.06752650541380.03168209200140.2611224951810.03155813111460.479077197450.0505471454898-0.167577466745-0.1230610117260.2280899639650.05941860229920.037308319740.230745268907-0.01913024315040.226300294679-26.4926635605-18.4449402812-36.1929170343
90.03679512702380.317170853842-0.3214129856076.05252063559-0.5859261226151.16983809061-0.1112044029360.0355641859915-0.0203662406426-0.3290187038490.09885977981840.2159394546690.03990430059720.0435988120214-0.02289829453680.2084286792080.02454091643930.04550815873440.219672153545-0.008150073320660.230360028142-22.6795134275-13.1613853368-40.6143256847
101.13330967765-0.258576772117-0.684564880532.121440876322.572686062344.025580199450.106239138286-0.03754816832250.361963007886-0.237861387686-0.1615604306480.221985003802-1.87535954905-1.096009733720.230018723270.8458037611720.253866278971-0.05566596852790.417064810062-0.08130151902510.370988497387-23.304670737325.25381428682.78414493321
112.00253943428-1.1094409971-0.4474463283031.924142879271.69579127667.22528519667-0.0963583695135-0.139881153357-0.0249532262020.300263500678-0.157761612151-0.0325184559407-0.412876977396-0.356600352320.2232589629490.3960469355410.00194082490218-0.002457628129620.231084214724-0.03204408056930.233071975377-17.946056101614.86481541332.95680078333
124.105815743930.013953207248-0.05669014835222.809645723270.9802475282677.09061841982-0.3177002021690.301015904513-0.147308137769-0.286734901405-0.1207077988020.30338736063-0.205577294069-1.110072765630.3447952368770.3133901856830.0247432141553-0.03581047324960.432505977125-0.1008869769920.263425668982-21.785256956410.7669106425-15.1050119088
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152.809070963250.37232697749-0.3094621605883.569256817592.596423999226.592980165150.209700128663-0.133370789370.02178147436870.2021620700550.0228931711781-0.518667713592-1.162537252450.2491907391610.0483822781140.7470194050440.0105600143889-0.05983174187940.298050421003-0.02298625876820.314220844748-15.603275610924.60305048226.59055734083
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 33 )HA1 - 331 - 33
22chain 'H' and (resid 34 through 59 )HA34 - 5934 - 59
33chain 'H' and (resid 60 through 82 )HA60 - 8260 - 82
44chain 'H' and (resid 83 through 97 )HA83 - 9783 - 97
55chain 'H' and (resid 98 through 117 )HA98 - 11798 - 117
66chain 'H' and (resid 118 through 164 )HA118 - 164118 - 138
77chain 'H' and (resid 165 through 233 )HA165 - 233139 - 207
88chain 'H' and (resid 234 through 249 )HA234 - 249208 - 223
99chain 'H' and (resid 250 through 268 )HA250 - 268224 - 242
1010chain 'A' and (resid 334 through 375 )AB334 - 3751 - 42
1111chain 'A' and (resid 376 through 442 )AB376 - 44243 - 109
1212chain 'A' and (resid 443 through 459 )AB443 - 459110 - 126
1313chain 'A' and (resid 460 through 494 )AB460 - 494127 - 161
1414chain 'A' and (resid 495 through 506 )AB495 - 506162 - 173
1515chain 'A' and (resid 507 through 527 )AB507 - 527174 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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