PDB-8dba: Crystal structure of dodecameric KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dba

タイトル

Crystal structure of dodecameric KaiC

要素

Circadian clock protein KaiC

キーワード

CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / autokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Padua, R.A.P. / Grant, T. / Pitsawong, W. / Hoemberger, M.S. / Otten, R. / Bradshaw, N. / Grigorieff, N. / Kern, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: From primordial clocks to circadian oscillators.
著者: Warintra Pitsawong / Ricardo A P Pádua / Timothy Grant / Marc Hoemberger / Renee Otten / Niels Bradshaw / Nikolaus Grigorieff / Dorothee Kern /

要旨: Circadian rhythms play an essential part in many biological processes, and only three prokaryotic proteins are required to constitute a true post-translational circadian oscillator. The evolutionary ...

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dba.cif.gz	4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dba.ent.gz	2.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/8dba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/8dba	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	29505C 29506C 29507C 29508C 29509C 29510C 8db3C 8fwiC 8fwjC 1tf7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Circadian clock protein KaiC

B: Circadian clock protein KaiC

C: Circadian clock protein KaiC

D: Circadian clock protein KaiC

E: Circadian clock protein KaiC

F: Circadian clock protein KaiC

G: Circadian clock protein KaiC

H: Circadian clock protein KaiC

I: Circadian clock protein KaiC

J: Circadian clock protein KaiC

K: Circadian clock protein KaiC

L: Circadian clock protein KaiC

ヘテロ分子

762 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.110, 136.090, 146.200
Angle α, β, γ (deg.)	93.130, 94.430, 108.090
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Circadian clock protein KaiC 分子量: 62582.062 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9KWX8
#2: 化合物	... ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 30% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→48.1 Å / Num. obs: 94643 / % possible obs: 97.62 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 90.79 Å² / CC_1/2: 0.937 / Net I/σ(I): 2.57
反射シェル	解像度: 3.5→3.625 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 9047 / CC_1/2: 0.128

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1tf7

1tf7

解像度: 3.5→48.1 Å / SU ML: 0.5624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.0869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2793	1988	2.11 %
R_work	0.2356	92163	-
obs	0.2365	94151	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46721	0	671	67	47459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	48118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6296	65018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0401	7379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	8410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.6263	6914

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.59	0.3715	133	0.3467	6299	X-RAY DIFFRACTION	93.33
3.59-3.68	0.3325	141	0.3174	6482	X-RAY DIFFRACTION	96.64
3.68-3.79	0.3253	143	0.3022	6586	X-RAY DIFFRACTION	97.54
3.79-3.92	0.3568	143	0.2925	6570	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.92-4.06	0.3569	143	0.276	6653	X-RAY DIFFRACTION	98.09
4.06-4.22	0.3174	143	0.2664	6630	X-RAY DIFFRACTION	98.06
4.22-4.41	0.2814	142	0.226	6573	X-RAY DIFFRACTION	98.06
4.41-4.64	0.2668	143	0.2002	6614	X-RAY DIFFRACTION	98.3
4.64-4.93	0.242	143	0.1994	6623	X-RAY DIFFRACTION	98.26
4.93-5.31	0.2404	143	0.2086	6646	X-RAY DIFFRACTION	98.35
5.31-5.85	0.2431	143	0.2326	6635	X-RAY DIFFRACTION	98.27
5.85-6.69	0.3106	143	0.2428	6615	X-RAY DIFFRACTION	98.37
6.69-8.42	0.2535	143	0.2216	6639	X-RAY DIFFRACTION	98.33
8.42-48.1	0.2338	142	0.1921	6598	X-RAY DIFFRACTION	97.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.64511456811	-0.119728384664	-0.111005825571	2.48701041912	-0.0257453715118	3.50140283156	-0.244502767106	-1.07675578041	-0.748778427465	1.21315649532	0.177111508095	-0.015260636771	0.768086161691	-0.163151393489	0.089803959575	1.52706153821	-0.0862876787782	0.0121137318973	0.861798804447	0.0270999949682	0.676258843245	20.549	-45.497	149.702
2	2.39246894072	0.324670945433	0.506980265303	3.4120265979	-2.26045622358	3.11945404532	0.161115481772	-0.141223919583	-0.0825062307266	0.251580421065	-0.222900773279	-0.172085291744	0.0916597356465	0.173301023412	0.158723012167	0.997400293512	-0.112620941891	-0.165240619837	0.508745315979	0.119326957015	0.626055032077	31.217	-5.661	130.856
3	1.85882918364	-0.0916429941842	-0.467445887933	6.96235509937	-2.63312649796	3.38121613204	0.281283345537	-0.0506094774955	0.355537482228	0.554341130255	-0.0359651911298	-1.14959704973	0.539527133199	0.474472875003	1.58525235756	0.531594860341	-0.170051776837	0.15445844596	0.611697050149	0.899858426878	1.34670582816	35.887	49.915	97.403
4	2.4478978105	-0.275141447679	-0.24687166335	1.82285039586	-0.617991486398	3.45388063563	-0.175894638781	-0.314879913211	-0.742498761784	0.18619006772	-0.083086658929	0.134224333258	0.322486206706	-0.376598578024	0.231936419816	1.12676712633	-0.121153828885	0.225870625099	0.6952551882	-0.127201776749	0.863073088023	-8.015	-45.576	137.948
5	4.87319339887	0.370553791844	1.06484413702	4.00717425382	-0.587673786673	2.90772737842	0.15453841114	-0.188424223775	-0.127990647764	0.336597137113	0.0220767460917	0.199477504518	0.0515431509334	-0.333424607788	-0.123154381474	0.909441603398	-0.0191018357549	0.0494708907151	0.463052718124	0.12343732967	0.577503071193	1.712	-3.576	124.42
6	0.280916819155	1.44649151294	-1.07390519484	6.10010091598	-3.24171546967	2.55192178439	-0.679859645183	0.0354390262297	-0.0290054490724	0.162446517586	0.496792132776	-0.902036785294	-0.0357926351999	-0.769806085699	0.0833618393151	1.10824073153	-0.115130719288	-0.236298502947	0.696679127057	0.233549150047	1.12834739687	16.84	53.612	93.227
7	2.90969562889	-0.262573672908	-0.395367117186	1.96746914085	-0.585812217516	4.02396544431	-0.0952461903235	-0.884408606413	-0.621899882356	0.828553179342	-0.0465711005866	-0.148069705294	0.865769820513	0.114305798863	0.0917081069044	1.11520832917	0.108944394816	-0.175271104229	0.853099545522	0.081572761413	0.715057133025	44.425	-55.86	133.117
8	1.02265919783	0.470863150927	-0.0419224077839	3.66658086376	-2.81894425162	1.92425965459	-0.0645873120245	0.154876065447	0.109232108291	0.747850282258	-0.289381956222	-1.74324268549	-0.247297356435	0.552580199459	0.398691598925	0.686571476702	-0.0243615287445	-0.126766766612	0.842503888974	-0.110475861576	0.804600078831	49.473	-25.51	123.248
9	2.70044993519	0.093303700486	-1.03208110542	2.92462232645	1.0880039176	5.09299905645	0.0576947465098	-0.302088796278	-0.325890058033	0.144978652552	-0.128987792808	-0.42164209139	0.230123296595	0.410903111503	0.0518009495409	0.614278538715	-0.0447848630108	-0.264236628866	0.597126149207	0.269355467008	0.780900149417	50.331	-15.322	108.485
10	1.07560501881	0.426794691363	-0.335692203763	5.05253588503	-2.18020295042	1.2817579682	-0.773319362039	-0.189207256121	-0.337229867793	-0.210697809007	0.955026981557	0.056999021069	0.108032220663	-0.0411607491585	-0.100598631581	1.470433978	0.149036487567	-0.0978841586747	0.573772712447	0.25008797002	0.977672772336	46.181	47.721	80.971
11	3.0771428561	-0.790044822047	-0.173376722649	6.57089963276	-0.0115343641613	4.31520383985	-0.181563033557	-0.058051760419	-0.819420994797	0.703003263584	0.168212567541	0.285571477914	0.484589940994	-0.174056278659	0.0165896137757	0.622791208397	0.00857634870818	-0.0365367864541	0.544238625424	0.0046263738057	0.751827659261	10.102	-68.881	93.642
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:219 )	A	2 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 220:475 )	A	220 - 475
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 476:530 )	A	476 - 530
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 2:229 )	B	2 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 230:474 )	B	230 - 474
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 475:536 )	B	475 - 536
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 2:209 )	C	2 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 210:255 )	C	210 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 256:474 )	C	256 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 475:539 )	C	475 - 539
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 1:219 )	D	1 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 220:528 )	D	220 - 528
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 2:208 )	E	2 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN E AND RESID 209:277 )	E	209 - 277
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN E AND RESID 278:474 )	E	278 - 474
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 475:528 )	E	475 - 528
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN F AND RESID 2:219 )	F	2 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN F AND RESID 220:325 )	F	220 - 325
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 326:474 )	F	326 - 474
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 475:530 )	F	475 - 530
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN G AND RESID 2:219 )	G	2 - 219
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN G AND RESID 220:256 )	G	220 - 256
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN G AND RESID 257:390 )	G	257 - 390
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN G AND RESID 391:474 )	G	391 - 474
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN G AND RESID 475:531 )	G	475 - 531
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN H AND RESID 2:228 )	H	2 - 228
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN H AND RESID 229:450 )	H	229 - 450
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN H AND RESID 451:530 )	H	451 - 530
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN I AND RESID 2:122 )	I	2 - 122
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN I AND RESID 123:208 )	I	123 - 208
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN I AND RESID 209:277 )	I	209 - 277
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN I AND RESID 278:390 )	I	278 - 390
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN I AND RESID 391:474 )	I	391 - 474
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN I AND RESID 475:530 )	I	475 - 530
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN J AND RESID 2:208 )	J	2 - 208
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN J AND RESID 209:266 )	J	209 - 266
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN J AND RESID 267:474 )	J	267 - 474
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN J AND RESID 475:536 )	J	475 - 536
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN K AND RESID 2:78 )	K	2 - 78
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN K AND RESID 79:208 )	K	79 - 208
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN K AND RESID 209:244 )	K	209 - 244
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN K AND RESID 245:474 )	K	245 - 474
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN K AND RESID 475:532 )	K	475 - 532
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN L AND RESID 2:50 )	L	2 - 50
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN L AND RESID 51:159 )	L	51 - 159
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN L AND RESID 160:237 )	L	160 - 237
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN L AND RESID 238:372 )	L	238 - 372
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN L AND RESID 373:474 )	L	373 - 474
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN L AND RESID 475:530 )	L	475 - 530

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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