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- PDB-8db4: Crystal structure of the peanut allergen Ara h 2 bound by two neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8db4
タイトルCrystal structure of the peanut allergen Ara h 2 bound by two neutralizing antibodies 22S1 and 13T1
要素
  • 13T1 Heavy chain
  • 13T1 Light chain
  • 22S1 Heavy chain
  • 22S1 Light chain
  • Ara h 2 allergen
キーワードALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / immunotherapy / immunoglobulin / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Min, J. / Pedersen, L.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES102906 米国
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2023
タイトル: Immunotherapy-induced neutralizing antibodies disrupt allergen binding and sustain allergen tolerance in peanut allergy.
著者: LaHood, N.A. / Min, J. / Keswani, T. / Richardson, C.M. / Amoako, K. / Zhou, J. / Marini-Rapoport, O. / Bernard, H. / Hazebrouck, S. / Shreffler, W.G. / Love, J.C. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. ...著者: LaHood, N.A. / Min, J. / Keswani, T. / Richardson, C.M. / Amoako, K. / Zhou, J. / Marini-Rapoport, O. / Bernard, H. / Hazebrouck, S. / Shreffler, W.G. / Love, J.C. / Pomes, A. / Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. / Patil, S.U.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 13T1 Heavy chain
B: 13T1 Light chain
C: 22S1 Heavy chain
D: 22S1 Light chain
E: Ara h 2 allergen
F: Ara h 2 allergen
G: 13T1 Heavy chain
H: 13T1 Light chain
I: 22S1 Heavy chain
J: 22S1 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,64520
ポリマ－222,99410
非ポリマー65110
水5,531307
1
A: 13T1 Heavy chain
B: 13T1 Light chain
C: 22S1 Heavy chain
D: 22S1 Light chain
E: Ara h 2 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,88611
ポリマ－111,4975
非ポリマー3896
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Ara h 2 allergen
G: 13T1 Heavy chain
H: 13T1 Light chain
I: 22S1 Heavy chain
J: 22S1 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7599
ポリマ－111,4975
非ポリマー2624
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.796, 92.177, 96.180
Angle α, β, γ (deg.)95.040, 106.030, 108.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#5: タンパク質 Ara h 2 allergen


分子量: 15660.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ara h 2, Ahy_A08g040012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A445BYI5

-
抗体 , 4種, 8分子 AGBHCIDJ

#1: 抗体 13T1 Heavy chain


分子量: 24478.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 13T1 Light chain


分子量: 23665.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 22S1 Heavy chain


分子量: 24291.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 22S1 Light chain


分子量: 23401.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 317分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05 M zinc acetate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 96622 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4898 / CC1/2: 0.795 / CC star: 0.941 / Rpim(I) all: 0.463 / Rrim(I) all: 0.902 / Χ2: 0.492 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LLY & 3OB4

4lly

3ob4


解像度: 2.3→40.75 Å / SU ML: 0.3383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.1763
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 2731 2.83 %
Rwork0.2111 93738 -
obs0.2121 96469 90.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14089 0 13 307 14409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003614474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.675119733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04532248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00442562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.94855073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.37211110.33944015X-RAY DIFFRACTION78.08
2.34-2.390.41571370.32874811X-RAY DIFFRACTION92.35
2.39-2.430.36741420.30654793X-RAY DIFFRACTION92.96
2.43-2.480.35271480.27694780X-RAY DIFFRACTION92.16
2.48-2.540.32451260.27134742X-RAY DIFFRACTION91.3
2.54-2.60.34411460.25564702X-RAY DIFFRACTION90.91
2.6-2.660.3091300.2644653X-RAY DIFFRACTION89.84
2.66-2.730.31691310.25374539X-RAY DIFFRACTION87.65
2.73-2.810.31351270.25024314X-RAY DIFFRACTION83.54
2.81-2.90.26351260.25063967X-RAY DIFFRACTION76.45
2.9-3.010.2841510.24084853X-RAY DIFFRACTION95.08
3.01-3.130.29241530.23974997X-RAY DIFFRACTION96.1
3.13-3.270.27881390.22564979X-RAY DIFFRACTION96.06
3.27-3.440.24711330.21954985X-RAY DIFFRACTION95.82
3.44-3.660.25591420.21434901X-RAY DIFFRACTION94.74
3.66-3.940.26381440.19664824X-RAY DIFFRACTION93.35
3.94-4.340.20351420.1794850X-RAY DIFFRACTION93.4
4.34-4.960.16521340.15524578X-RAY DIFFRACTION88.79
4.96-6.250.18371220.17624337X-RAY DIFFRACTION83.61
6.25-40.750.19381470.18035118X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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