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- PDB-8db1: Crystal structure of native DMATS1 prenyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8db1
タイトルCrystal structure of native DMATS1 prenyltransferase
要素Dimethylallyltryptophan synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase / fungal enzyme / DMATS
機能・相同性
機能・相同性情報


4-O-dimethylallyl-L-tyrosine synthase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / alkaloid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Dimethylallyltryptophan synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium fujikuroi (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of Substrate Promiscuity and Catalysis by the Reverse Prenyltransferase N -Dimethylallyl-l-tryptophan Synthase from Fusarium fujikuroi .
著者: Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylallyltryptophan synthase 1
B: Dimethylallyltryptophan synthase 1
C: Dimethylallyltryptophan synthase 1
D: Dimethylallyltryptophan synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,5705
ポリマ－189,3654
非ポリマー2041
水55831
1
A: Dimethylallyltryptophan synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5462
ポリマ－47,3411
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dimethylallyltryptophan synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3411
ポリマ－47,3411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dimethylallyltryptophan synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3411
ポリマ－47,3411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dimethylallyltryptophan synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3411
ポリマ－47,3411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.644, 107.211, 178.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA11 - 7111 - 71
12SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA87 - 11087 - 110
13ASNASNPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA123 - 156123 - 156
14THRTHRSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA172 - 211172 - 211
15LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA216 - 294216 - 294
16SERSERVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA314 - 322314 - 322
17GLNGLNPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA327 - 409327 - 409
21SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB11 - 7111 - 71
22SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB87 - 11087 - 110
23ASNASNPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB123 - 156123 - 156
24THRTHRSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB172 - 211172 - 211
25LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB216 - 294216 - 294
26SERSERVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB314 - 322314 - 322
27GLNGLNPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB327 - 409327 - 409
31SERSERPROPRO(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC11 - 7111 - 71
32SERSERLEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC87 - 11087 - 110
33ASNASNPROPRO(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC123 - 156123 - 156
34THRTHRSERSER(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC172 - 211172 - 211
35LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC216 - 294216 - 294
36SERSERVALVAL(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC314 - 322314 - 322
37GLNGLNPHEPHE(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...CC327 - 409327 - 409
41SERSERPROPRO(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD11 - 7111 - 71
42SERSERLEULEU(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD87 - 11087 - 110
43ASNASNPROPRO(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD123 - 156123 - 156
44THRTHRSERSER(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD172 - 211172 - 211
45LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD216 - 294216 - 294
46SERSERVALVAL(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD314 - 322314 - 322
47GLNGLNPHEPHE(chain 'D' and (resid 11 through 49 or (resid 50...DD327 - 409327 - 409

-
要素

#1: タンパク質
Dimethylallyltryptophan synthase 1 / DMATS 1 / DMATS1 biosynthesis cluster protein DMATS1


分子量: 47341.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: DMATS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: S0EH60, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7.5 mg/mL protein, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.7 M NaCl, 24% (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→91.97 Å / Num. obs: 46996 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 66.35 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4548 / CC1/2: 0.514 / Rpim(I) all: 0.561 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.72→91.97 Å / SU ML: 0.3742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.3824 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 2000 4.27 %
Rwork0.2204 84905 -
obs0.2215 46881 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→91.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11009 0 15 31 11055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006411352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.987315546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05851718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.58223842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.750.42311380.35523087X-RAY DIFFRACTION97.99
2.75-2.790.35351410.33133161X-RAY DIFFRACTION99.4
2.79-2.830.34781430.3193180X-RAY DIFFRACTION99.82
2.83-2.870.28381410.30253168X-RAY DIFFRACTION99.88
2.87-2.910.35211440.29363196X-RAY DIFFRACTION99.94
2.91-2.960.31631410.29733133X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.010.30881420.28843163X-RAY DIFFRACTION99.94
3.01-3.060.32291430.29173191X-RAY DIFFRACTION99.91
3.06-3.110.3191380.27283194X-RAY DIFFRACTION99.91
3.11-3.170.31121420.25853180X-RAY DIFFRACTION99.91
3.17-3.240.34811420.2693140X-RAY DIFFRACTION99.88
3.24-3.310.34491390.24943167X-RAY DIFFRACTION99.73
3.31-3.390.33841420.24883162X-RAY DIFFRACTION99.58
3.39-3.470.29011380.25133076X-RAY DIFFRACTION96.14
3.47-3.560.2881360.22523136X-RAY DIFFRACTION99.51
3.56-3.670.29241370.24813095X-RAY DIFFRACTION96.94
3.67-3.790.21561370.2253130X-RAY DIFFRACTION99.42
3.79-3.920.20831400.21723063X-RAY DIFFRACTION95.96
3.92-4.080.22411390.20163149X-RAY DIFFRACTION98.95
4.08-4.270.21641430.17683176X-RAY DIFFRACTION99.61
4.27-4.490.17491410.15743125X-RAY DIFFRACTION99.45
4.49-4.770.17751410.16163126X-RAY DIFFRACTION99.24
4.77-5.140.18041370.16873155X-RAY DIFFRACTION99.13
5.14-5.660.23341440.19353177X-RAY DIFFRACTION99.49
5.66-6.480.18031370.223141X-RAY DIFFRACTION99.24
6.48-8.160.25331370.21973145X-RAY DIFFRACTION98.65
8.16-91.970.23721420.21383089X-RAY DIFFRACTION97.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.025878106440.004343571689180.4237755875451.03698626684-1.139419006-0.4291360000460.03047211496210.05192637141750.2259860756490.2249387819590.0662053689860.108361335647-0.1934383828970.005487883244243.13836144269E-80.323801175030.03571868258160.04705733741940.255646896150.02797146096750.21924444403921.69905580453.08076426981-14.4482192607
21.51607402145-0.688428502893-1.191676033520.755063381259-1.38421383289-1.92660504526-0.386068157237-0.0323819171446-0.244029118335-0.3777174859550.05122535963550.37069445809-1.230774077630.1885571527675.66491918676E-10-0.2464250598110.05758412773780.1301812713320.2652855430020.0356042282320.30125282170714.436168012-18.234881018-18.48080429
31.68824675673-0.173875848666-0.1764563712830.706329602436-0.160368407520.444652755062-0.119210648133-0.0832858765844-0.24218122573-0.0367092116061-0.0822919298278-0.0486143596055-0.009169061090270.187839987823-2.07386519849E-90.2194387995680.03122554581790.07770351483630.3075220586180.08204505583370.26664444811534.2402161941-20.9659994008-18.586062974
40.81721913754-1.195844997370.2246285417381.83362488031-0.3152750215630.4410871511040.04490352206810.168173442052-0.1494204625170.0242531475592-0.02496498047350.3313183384250.1482486353440.08769406657246.22275839405E-90.132064714528-0.04503531207230.002767964934720.229165781213-0.05625032988360.31194894559518.029635157838.3854417236-75.1013006391
50.00638820415948-0.258498159824-0.06064015628430.3507982483310.7300800138660.36350514668-0.008025869757590.161462875649-0.526156840580.3070166319140.02141454042240.40118615334-0.3923556245050.1367995872881.16559948511E-70.2710808327530.04287403029080.02959079950810.2828771598610.05823465126490.41330020085411.705309532451.1407301829-75.6296480944
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 96 through 124 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 125 through 199 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 200 through 262 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 263 through 293 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 294 through 329 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 330 through 358 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 359 through 395 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 396 through 412 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 11 through 62 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 63 through 95 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 96 through 124 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 125 through 199 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 200 through 262 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 263 through 329 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 330 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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