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- PDB-8daz: Crystal structure of DMATS1 prenyltransferase in complex with L-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8daz
タイトルCrystal structure of DMATS1 prenyltransferase in complex with L-Trp and GSPP
要素Dimethylallyltryptophan synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase / fungal enzyme / DMATS
機能・相同性
機能・相同性情報


4-O-dimethylallyl-L-tyrosine synthase / alkaloid metabolic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / TRYPTOPHAN / Dimethylallyltryptophan synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium fujikuroi (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of Substrate Promiscuity and Catalysis by the Reverse Prenyltransferase N -Dimethylallyl-l-tryptophan Synthase from Fusarium fujikuroi .
著者: Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dimethylallyltryptophan synthase 1
B: Dimethylallyltryptophan synthase 1
C: Dimethylallyltryptophan synthase 1
D: Dimethylallyltryptophan synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,1047
ポリマ－189,3654
非ポリマー7393
水1,838102
1
A: Dimethylallyltryptophan synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5462
ポリマ－47,3411
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dimethylallyltryptophan synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3411
ポリマ－47,3411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dimethylallyltryptophan synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8763
ポリマ－47,3411
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dimethylallyltryptophan synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3411
ポリマ－47,3411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.832, 107.357, 179.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA11 - 7111 - 71
12SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA87 - 15487 - 154
13SERSERALAALA(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA171 - 293171 - 293
14GLYGLYVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA315 - 322315 - 322
15LYSLYSPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 24 or (resid 25...AA325 - 409325 - 409
21SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB11 - 7111 - 71
22SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB87 - 15487 - 154
23SERSERALAALA(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB171 - 293171 - 293
24GLYGLYVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB315 - 322315 - 322
25LYSLYSPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 24 or (resid 25...BB325 - 409325 - 409
31SERSERPROPRO(chain 'C' and (resid 11 through 69 or (resid 70...CC11 - 7111 - 71
32SERSERLEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 69 or (resid 70...CC87 - 15487 - 154
33SERSERALAALA(chain 'C' and (resid 11 through 69 or (resid 70...CC171 - 293171 - 293
34GLYGLYVALVAL(chain 'C' and (resid 11 through 69 or (resid 70...CC315 - 322315 - 322
35LYSLYSPHEPHE(chain 'C' and (resid 11 through 69 or (resid 70...CC325 - 409325 - 409
41SERSERPROPRO(chain 'D' and (resid 11 through 26 or (resid 27...DD11 - 7111 - 71
42SERSERLEULEU(chain 'D' and (resid 11 through 26 or (resid 27...DD87 - 15487 - 154
43SERSERALAALA(chain 'D' and (resid 11 through 26 or (resid 27...DD171 - 293171 - 293
44GLYGLYVALVAL(chain 'D' and (resid 11 through 26 or (resid 27...DD315 - 322315 - 322
45LYSLYSPHEPHE(chain 'D' and (resid 11 through 26 or (resid 27...DD325 - 409325 - 409

-
要素

#1: タンパク質
Dimethylallyltryptophan synthase 1 / DMATS 1 / DMATS1 biosynthesis cluster protein DMATS1


分子量: 47341.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: DMATS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: S0EH60, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H20O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 7.5 mg/mL protein, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.8), 0.6 M NaCl, 24% (v/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→92.11 Å / Num. obs: 51807 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 50.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2592 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.396 / % possible all: 74.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.49→92.11 Å / SU ML: 0.3121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.7745 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 2000 3.86 %
Rwork0.2362 49793 -
obs0.2371 51793 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→92.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11522 0 49 102 11673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005411924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.910116336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05371804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.19724086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.550.4031320.3698793X-RAY DIFFRACTION19.06
2.55-2.620.4103530.33741311X-RAY DIFFRACTION31.63
2.62-2.70.4043780.34431969X-RAY DIFFRACTION47.19
2.7-2.780.33951330.33413290X-RAY DIFFRACTION79.24
2.78-2.880.32291660.31524148X-RAY DIFFRACTION98.88
2.88-30.32381690.29764202X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.140.30521680.27814167X-RAY DIFFRACTION99.95
3.14-3.30.27121680.27074196X-RAY DIFFRACTION99.98
3.3-3.510.29781690.25074196X-RAY DIFFRACTION99.89
3.51-3.780.24821700.22044237X-RAY DIFFRACTION99.98
3.78-4.160.2291700.2134240X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.20891710.18124256X-RAY DIFFRACTION100
4.76-60.2481730.21244315X-RAY DIFFRACTION99.98
6-92.110.23811800.22414473X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.877554499930.218217744365-0.4799904259681.57948292727-0.5377736077181.040917599190.00573963235317-0.1197898011690.1103061412030.3926426675320.03376750691250.41697291855-0.128468143619-0.265348592024-0.06975643571070.2654072822970.1256732710770.2647176954380.3445719152310.1470049592970.18110968117620.3623.153-14.815
20.9295993781580.831564808166-1.069731532951.19091322661-1.963495799543.58069934946-0.403684970502-0.280356242367-0.6552172854140.08883711979950.07603393524130.4780222267570.913475177851-0.009911442801150.2541775327460.3024095943660.06615258089350.1983731925210.2783410663270.1187289896180.32970157254825.422-10.214-20.482
31.79234576398-0.259726466187-0.5037353897941.044799261370.2121437353531.25053770821-0.4085883890960.177471234609-1.06529473786-0.1614164044970.02798091878610.8177204294660.515837484764-0.3272820603880.2689215814970.416172597232-0.06841854665930.2465233775030.3479707620850.07275141234290.73492946860913.613-22.062-20.167
41.814449630710.300238510624-1.193566007951.89653990360.8204662952991.90760227894-0.505907054763-0.283650931563-0.9777248676990.03372946145280.07385942547340.02405708068970.5475065805920.2478411685520.4244294052950.5083612675280.09382161498170.2884956012250.3039826922930.1562558896530.61036079898928.687-27.121-16.96
52.564062180180.0830307758623-0.9793792240411.11032632997-0.7277605660481.20674650103-0.212032100057-0.203399292845-0.3136752969780.1859727540710.1458839242750.02724987558060.1170020151410.1752222008510.0954310924680.1688540703040.1043472834240.2209021047010.4292741199590.2326000162890.12298962525634.367-12.712-18.184
63.346413523850.9585705071560.3225789221393.94256937710.1728033050020.4571327638250.148091625655-0.10376395809-0.1759448098640.0268170993878-0.1512105810370.22939243250.408626433727-0.0594656531141-0.02810655216490.279823313658-0.0259145638912-0.03836285594320.143690160432-0.08168555663070.20736241607125.530.512-74.167
73.678518886970.5488134692722.171718583631.47200820806-1.076655438912.70938780633-0.1771463028540.5598922801130.254021759042-0.4670534621840.2611001844640.458389943331-0.09576750879810.109578700302-0.07323372990050.369016063837-0.0738504448185-0.07164772611750.336068576486-0.04481881011370.26057308877425.05341.556-79.028
80.680029374575-0.175999267437-0.5579699203370.156237305617-0.0150460033692.57181189719-0.134305015780.2811755043220.0959574922698-0.1591674145810.259480253837-0.0834334855435-0.699874226812-0.6141470044470.01740677058430.399756995205-0.0881863708899-0.06980091025740.0842320816359-0.07352712973840.48191455880718.70645.155-77.584
94.32866433354-0.5095807825140.05123187651787.1500906381-0.6982230986693.65666518173-0.174593898657-0.577340430135-0.09087450433130.3822201536090.2376131861950.972641662336-0.440660186651-0.663277321064-0.04559885529110.2440667596090.0601543017719-0.02496260671640.368964519424-0.07961937517110.391616765156.65545.637-73.093
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 11:81 )A11 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 82:108 )A82 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 109:293 )A109 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 294:343 )A294 - 343
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 344:414 )A344 - 414
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 11:62 )B11 - 62
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 63:95 )B63 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 96:124 )B96 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 125:154 )B125 - 154
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 155:199 )B155 - 199
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 200:262 )B200 - 262
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 263:316 )B263 - 316
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 317:343 )B317 - 343
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 344:409 )B344 - 409
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 11:124 )C11 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 125:262 )C125 - 262
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 263:413 )C263 - 413
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 11:62 )D11 - 62
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 63:95 )D63 - 95
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 96:153 )D96 - 153
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 154:199 )D154 - 199
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 200:262 )D200 - 262
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 263:293 )D263 - 293
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 294:336 )D294 - 336
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 337:357 )D337 - 357
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 358:395 )D358 - 395
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 396:410 )D396 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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