PDB-8db0: Crystal structure of DMATS1 prenyltransferase in complex with L-T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8db0

タイトル

Crystal structure of DMATS1 prenyltransferase in complex with L-Trp and DMSPP

要素

Dimethylallyltryptophan synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase / fungal protein / DMATS

機能・相同性

機能・相同性情報

4-O-dimethylallyl-L-tyrosine synthase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / alkaloid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusarium fujikuroi (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of Substrate Promiscuity and Catalysis by the Reverse Prenyltransferase N -Dimethylallyl-l-tryptophan Synthase from Fusarium fujikuroi .
著者: Eaton, S.A. / Ronnebaum, T.A. / Roose, B.W. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8db0.cif.gz	700.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8db0.ent.gz	519.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8db0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8db0_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8db0_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8db0_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	8db0_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/8db0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/8db0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dayC 8dazC 8db1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dimethylallyltryptophan synthase 1

B: Dimethylallyltryptophan synthase 1

C: Dimethylallyltryptophan synthase 1

D: Dimethylallyltryptophan synthase 1

ヘテロ分子

191 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dimethylallyltryptophan synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dimethylallyltryptophan synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dimethylallyltryptophan synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dimethylallyltryptophan synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.500, 108.400, 182.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	11 - 156	11 - 156
1	2	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	170 - 211	170 - 211
1	3	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	216 - 271	216 - 271
1	4	ARG	ARG	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	276 - 307	276 - 307
1	5	HIS	HIS	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	311 - 321	311 - 321
1	6	GLN	GLN	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	A	A	327 - 411	327 - 411
2	1	SER	SER	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	11 - 156	11 - 156
2	2	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	170 - 211	170 - 211
2	3	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	216 - 271	216 - 271
2	4	ARG	ARG	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	276 - 307	276 - 307
2	5	HIS	HIS	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	311 - 321	311 - 321
2	6	GLN	GLN	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 11 through 13 or (resid 14...	B	B	327 - 411	327 - 411
3	1	SER	SER	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	11 - 156	11 - 156
3	2	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	170 - 211	170 - 211
3	3	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	216 - 271	216 - 271
3	4	ARG	ARG	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	276 - 307	276 - 307
3	5	HIS	HIS	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	311 - 321	311 - 321
3	6	GLN	GLN	ALA	ALA	(chain 'C' and (resid 11 through 24 or (resid 25...	C	C	327 - 411	327 - 411
4	1	SER	SER	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	11 - 156	11 - 156
4	2	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	170 - 211	170 - 211
4	3	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	216 - 271	216 - 271
4	4	ARG	ARG	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	276 - 307	276 - 307
4	5	HIS	HIS	ASP	ASP	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	311 - 321	311 - 321
4	6	GLN	GLN	ALA	ALA	(chain 'D' and (resid 11 through 72 or (resid 73...	D	D	327 - 411	327 - 411

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dimethylallyltryptophan synthase 1 / DMATS 1 / DMATS1 biosynthesis cluster protein DMATS1 分子量: 47341.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: DMATS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: S0EH60, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#1: タンパク質

Dimethylallyltryptophan synthase 1 / DMATS 1 / DMATS1 biosynthesis cluster protein DMATS1

分子量: 47341.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Fusarium fujikuroi (菌類) / 遺伝子: DMATS1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: S0EH60, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 5種, 464分子

#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate 分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 7.5 mg/mL protein, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.9), 0.55 M NaCl, 25% (v/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→93.14 Å / Num. obs: 84491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.58 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.21 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.26→2.3 Å / R_merge(I) obs: 2.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4417 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 1.26 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.26→93.14 Å / SU ML: 0.2561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7039 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	2000	2.37 %
R_work	0.2062	157835	-
obs	0.2068	84364	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→93.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11903	0	117	456	12476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	12385
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	16959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0517	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	2175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8713	4246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.29	0.2767	138	0.2936	5721	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.29-2.32	0.3313	143	0.2809	5933	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.32-2.35	0.3197	141	0.2839	5807	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.35-2.38	0.3205	141	0.2837	5822	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.38-2.42	0.2752	142	0.2643	5871	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.42-2.46	0.2841	142	0.2608	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.46-2.5	0.2973	147	0.2517	5854	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.5-2.54	0.2655	140	0.2573	5836	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.54-2.59	0.2967	143	0.2538	5874	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.59-2.64	0.2777	144	0.2494	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.64-2.69	0.3071	139	0.2549	5807	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.69-2.75	0.2825	145	0.2524	5858	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.75-2.81	0.2832	144	0.2451	5862	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.81-2.88	0.2854	144	0.2442	5822	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.88-2.96	0.2261	140	0.2336	5790	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.96-3.05	0.2692	143	0.221	5901	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.05-3.15	0.2472	141	0.2247	5835	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.15-3.26	0.2584	144	0.2172	5868	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.26-3.39	0.2613	146	0.2105	5861	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.39-3.54	0.2063	136	0.1912	5855	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.54-3.73	0.2069	142	0.1851	5865	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.73-3.96	0.2094	141	0.1815	5847	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.96-4.27	0.1778	138	0.1684	5853	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.27-4.7	0.1884	132	0.1511	5872	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.7-5.38	0.1808	145	0.1621	5825	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.38-6.78	0.2499	137	0.2058	5882	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.78-93.14	0.1889	134	0.1891	5826	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.26198924322	-0.0846038567501	-1.47960394507	2.4784538479	-0.350615377436	2.64029664015	0.0494933575859	-0.0856151416456	0.0734660463492	0.125389703016	0.0363582754957	0.363880734092	-0.214182333054	-0.0854516210011	-0.104063208906	0.265222575562	0.0378701402666	0.0215732141724	0.247737245569	0.0852412741832	0.234650427133	18.1946614567	-2.61441861497	-16.0069229985
2	8.61240759864	-0.425948380644	3.62996429095	2.79393743725	2.50461277449	7.1344510138	-0.100159494089	0.257191388588	-1.0505275578	-0.0512737921404	0.0433849718403	1.167298594	-0.0547082550964	-0.530627403905	0.142253346505	0.288817022939	0.00263884187787	0.0405392083604	0.461925352145	0.00665423571215	0.788849192728	3.94186826883	-17.4786086085	-18.6257460891
3	3.92849531823	0.998322206564	-0.259343059925	5.04041095214	0.353895643693	2.58305901932	-0.242843047017	0.302715759472	-1.19207999078	-0.188090386553	-0.0040766628515	0.640358423177	0.446256630216	-0.619188140269	0.256089247291	0.27082830749	-0.0356324605282	0.0607515643018	0.386566013672	-0.0124128281695	0.815882529116	10.0052661467	-20.659195348	-19.7186418365
4	1.40999275083	-0.891246042857	-1.74266284955	6.73453522342	1.31304874485	1.88195972114	-0.651611956336	0.312343222816	-2.09443350482	-0.24093604974	0.135722886926	0.503491313232	0.723703077928	-1.23663228825	0.404882900327	0.525203512799	-0.223254357813	0.286911922681	0.235404862578	-0.0417018479751	1.47767096204	13.9585645398	-32.8973227965	-22.6265685808
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 263 through 412 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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