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- PDB-8daf: Human SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8daf
タイトルHuman SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial phospholipid
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Steroidogenic factor 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / SF-1 / Nuclear Receptor / Ligand / Synthetic Agonist / Steroidogenic factor-1 / NR5A1
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / luteinization / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development ...primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / luteinization / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / adrenal gland development / female gonad development / locomotor rhythm / calcineurin-mediated signaling / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IUW / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Steroidogenic factor 1 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者D'Agostino, E.H. / Cato, M.L. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F31DK122745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK115213 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE1444932 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Comparison of activity, structure, and dynamics of SF-1 and LRH-1 complexed with small molecule modulators.
著者: Cato, M.L. / D'Agostino, E.H. / Spurlin, R.M. / Flynn, A.R. / Cornelison, J.L. / Johnson, A.M. / Fujita, R.A. / Abraham, S.M. / Jui, N.T. / Ortlund, E.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, ...著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Features and development of Coot.
著者: Emsley, P. / Lohkamp, B. / Scott, W.G. / Cowtan, K.
#3: ジャーナル: IUCrJ / 年: 2014
タイトル: The PDB_REDO server for macromolecular structure model optimization.
著者: Joosten, R.P. / Long, F. / Murshudov, G.N. / Perrakis, A.
履歴
登録2022年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: Steroidogenic factor 1
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1418
ポリマ－59,6554
非ポリマー2,4854
水23413
1
A: Steroidogenic factor 1
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0704
ポリマ－29,8282
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
2
B: Steroidogenic factor 1
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0704
ポリマ－29,8282
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.428, 73.428, 194.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / SF-1 / STF-1 / hSF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor ...SF-1 / STF-1 / hSF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 1 / Steroid hormone receptor Ad4BP


分子量: 28118.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A1, AD4BP, FTZF1, SF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13285
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1708.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, BHLHE75, SRC2, TIF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-IUW / 10-[(3aR,6S,6aR)-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-6-(sulfamoylamino)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid (non-preferred name)


分子量: 550.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Na acetate (pH 4.6), glycerol, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→38.59 Å / Num. obs: 19623 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 66.53 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / Num. unique obs: 1878 / Rpim(I) all: 0.453

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZDT

1zdt


解像度: 2.59→38.59 Å / SU ML: 0.3698 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4045 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 981 5 %
Rwork0.2226 18629 -
obs0.2255 19610 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3936 0 172 13 4121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69595624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95412544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.730.35031390.33692579X-RAY DIFFRACTION99.31
2.73-2.90.35221400.29432603X-RAY DIFFRACTION99.89
2.9-3.120.30681390.28272622X-RAY DIFFRACTION99.96
3.12-3.430.35181400.26372647X-RAY DIFFRACTION99.89
3.43-3.930.31861340.2272645X-RAY DIFFRACTION99.78
3.93-4.950.27711380.18972701X-RAY DIFFRACTION99.93
4.95-38.590.22381510.19682832X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.47494989969-2.065002424582.008075667874.9226505729-0.8529300202332.01401449898-0.04739735013030.271505047213-0.443358689233-0.323810417143-0.417897404176-0.2542444671210.8194105210210.1589355879310.3463143796440.5559606994760.04521131165570.0456450651760.88694889997-0.04173829534570.648011797584-19.16505296119.162793347-4.8180526577
25.925812150570.358600198461-3.291376699968.28038395742-2.370904496016.891892485770.647330450979-1.2360277484-0.2314316997360.829331405685-0.9211631866230.6513761162990.253712956466-0.3591665939710.1479672948050.656105985827-0.1255921158770.0868523100461.09521517166-0.1823071621230.75454281677-23.296298785724.8454667811.0501107882
36.957924137821.510537897640.2644048761192.94354838251-0.0302013856336.07552580204-0.118847929265-0.860225857457-0.1595112442830.527394414051-0.02321751225130.5631825106230.121420558177-0.2371965256170.2268872453550.4746005467240.1462048457450.03836659809610.7189874296710.009252245407990.589909038946-10.395331596526.8550191891-3.42959305727
43.995118097680.9289223908390.6055602105287.19006379464-4.16158967559.07359488368-0.2726781282110.477760330803-0.2821557444340.093021660251-0.0997889413562-0.377614341825-0.1186444958440.783684353640.535705967010.5217719729440.02765452447420.01025732644330.7086930356610.01182822453890.649134890649-6.3435344050924.8293862181-17.0435578033
56.958111853480.2100917662555.42620891962.16081622754-0.3630221786354.53331523896-0.4919662627090.1160317933230.5157114302040.0904648036821-0.165374095822-0.238249380323-0.8851774977480.2687798144290.5559345014140.6125659579660.0222292725630.07947749263480.752145220360.04387589124720.671891579184-6.6842065241934.9296236609-10.4374722468
67.30479326737-0.06012832593280.4390462105126.250007642460.6951233079685.832748882490.0961367632769-1.00144579787-0.8231230669781.00033640030.00769810508217-0.820733686620.5760228075850.539933821754-0.1478749527450.5992967477880.0472844923778-0.1232732918970.8112080371260.02721513448810.602658481276-5.518264336427.44035043236.13412205024
76.339537121232.16190816017-0.1602658011093.97719627077-0.03818694033132.527308115760.492318491823-1.133781225270.1938961526520.757986082321-0.5470944546970.284022700882-0.425343697115-0.2158905202820.05821674335130.958408258106-0.009328310637370.003718629870691.06219521177-0.1453815429640.801328763202-10.006707113232.74779550414.8292799929
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 260 through 282 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 283 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 302 through 316 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 317 through 341 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 342 through 360 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 361 through 376 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 377 through 414 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 415 through 442 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 443 through 459 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 741 through 752 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 741 through 751 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 221 through 233 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 234 through 261 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 262 through 316 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 317 through 341 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 342 through 360 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 361 through 414 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 415 through 442 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 443 through 459 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 221 through 236 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 237 through 259 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る