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Yorodumi- PDB-8daf: Human SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8daf | ||||||||||||
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Title | Human SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial phospholipid | ||||||||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN / SF-1 / Nuclear Receptor / Ligand / Synthetic Agonist / Steroidogenic factor-1 / NR5A1 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / luteinization / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / tissue development ...primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / luteinization / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / tissue development / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / adrenal gland development / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / female gonad development / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | ||||||||||||
Authors | D'Agostino, E.H. / Cato, M.L. / Ortlund, E.A. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Comparison of activity, structure, and dynamics of SF-1 and LRH-1 complexed with small molecule modulators. Authors: Cato, M.L. / D'Agostino, E.H. / Spurlin, R.M. / Flynn, A.R. / Cornelison, J.L. / Johnson, A.M. / Fujita, R.A. / Abraham, S.M. / Jui, N.T. / Ortlund, E.A. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2010 Title: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / ...Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H. #2: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2010 Title: Features and development of Coot. Authors: Emsley, P. / Lohkamp, B. / Scott, W.G. / Cowtan, K. #3: Journal: IUCrJ / Year: 2014 Title: The PDB_REDO server for macromolecular structure model optimization. Authors: Joosten, R.P. / Long, F. / Murshudov, G.N. / Perrakis, A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8daf.cif.gz | 370.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8daf.ent.gz | 259.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8daf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8daf_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8daf_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 8daf_validation.xml.gz | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8daf_validation.cif.gz | 27.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8daf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8daf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1zdtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28118.615 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NR5A1, AD4BP, FTZF1, SF1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q13285 #2: Protein/peptide | Mass: 1708.931 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NCOA2, BHLHE75, SRC2, TIF2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q15596 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion / Details: Na acetate (pH 4.6), glycerol, PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 19, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→38.59 Å / Num. obs: 19623 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 66.53 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.68 Å / Num. unique obs: 1878 / Rpim(I) all: 0.453 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ZDT Resolution: 2.59→38.59 Å / SU ML: 0.3698 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.4045 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→38.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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