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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d9j | |||||||||||||||
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タイトル | SAMHD1-DNA complex | |||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA complex / catalytic domain / dNTP hydrolysis / ANTIVIRAL PROTEIN / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process / dGTP catabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Hollis, T.J. / Batalis, S.M. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Protein oxidation increases SAMHD1 binding ssDNA via its regulatory site. 著者: Simermeyer, T.L. / Batalis, S. / Rogers, L.C. / Zalesak, O.J. / Hollis, T. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 466.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 301.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3u1nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72305.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 #2: DNA鎖 | 分子量: 1504.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM CaCl2, 20% PEG 3350, and 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) Temp details: Room Temperature |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 47336 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 55.39 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 3958 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3u1n 解像度: 2.82→39.05 Å / SU ML: 0.3321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2736 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→39.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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