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- PDB-8d73: Crystal Structure of EGFR LRTM with compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d73
タイトルCrystal Structure of EGFR LRTM with compound 7
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein Kinase / inhibitor / kinase domain / mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QCR / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Kim, J.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of BLU-945, a Reversible, Potent, and Wild-Type-Sparing Next-Generation EGFR Mutant Inhibitor for Treatment-Resistant Non-Small-Cell Lung Cancer.
著者: Eno, M.S. / Brubaker, J.D. / Campbell, J.E. / De Savi, C. / Guzi, T.J. / Williams, B.D. / Wilson, D. / Wilson, K. / Brooijmans, N. / Kim, J. / Ozen, A. / Perola, E. / Hsieh, J. / Brown, V. / ...著者: Eno, M.S. / Brubaker, J.D. / Campbell, J.E. / De Savi, C. / Guzi, T.J. / Williams, B.D. / Wilson, D. / Wilson, K. / Brooijmans, N. / Kim, J. / Ozen, A. / Perola, E. / Hsieh, J. / Brown, V. / Fetalvero, K. / Garner, A. / Zhang, Z. / Stevison, F. / Woessner, R. / Singh, J. / Timsit, Y. / Kinkema, C. / Medendorp, C. / Lee, C. / Albayya, F. / Zalutskaya, A. / Schalm, S. / Dineen, T.A.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6056
ポリマ－79,5962
非ポリマー1,0094
水12,142674
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3023
ポリマ－39,7981
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3023
ポリマ－39,7981
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.689, 49.448, 86.119
Angle α, β, γ (deg.)103.200, 101.570, 90.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 39797.777 Da / 分子数: 2 / 変異: T790M, L858R, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-QCR / (3S,4R)-3-fluoro-1-(4-{[4-(methylamino)-1-(propan-2-yl)pyrido[3,4-d]pyridazin-7-yl]amino}pyrimidin-2-yl)piperidin-4-ol


分子量: 412.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25FN8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.10 M sodium acetate, pH 5.8, 0.30 M potassium acetate, 15% glycerol, 9% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→29.8 Å / Num. obs: 31680 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 1.7 % / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 4458 / Rrim(I) all: 0.66 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4i22

4i22


解像度: 2.17→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 11.382 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 1531 4.8 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1957 30146 91.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.9 Å2 / Biso mean: 50.276 Å2 / Biso min: 21.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.88 Å2-0.11 Å20.75 Å2
2---0.44 Å20.64 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 0 72 674 5724
Biso mean--44.86 55.05 -
残基数----618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9917053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965311602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2725630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04823.744227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08115971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1031537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021037
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 125 -
Rwork0.383 2160 -
all-2285 -
obs--89.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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