PDB-8d6t: Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I:STX (co-crystal)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d6t

タイトル

Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I:STX (co-crystal)

要素

Saxiphilin

キーワード

ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeianus (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Minor, D.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family.
著者: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2022年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d6t.cif.gz	681.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d6t.ent.gz	556.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d6t_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d6t_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8d6t_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	8d6t_validation.cif.gz	91.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d6gC 8d6mC 8d6oC 8d6pC 8d6qC 8d6sC 8d6uC 6o0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (5)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (5)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Saxiphilin

A: Saxiphilin

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.026, 107.812, 253.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Saxiphilin / SAX 分子量: 93902.992 Da / 分子数: 2 / 変異: Y558I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeianus (カエル) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31226
#2: 化合物	ChemComp-9SL / [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate / Saxitoxin / サキシトキシン分子量: 299.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経毒*YM
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD, STX:Saxiphilin molar ratio 1.1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.5 Å / Num. obs: 142848 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6596 / CC_1/2: 0.599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6O0F

6o0f

解像度: 2.15→47.5 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	7099	4.98 %
R_work	0.2073	135555	-
obs	0.2086	142654	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.8 Å² / B_iso mean: 69.0074 Å² / B_iso min: 29.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12622	0	72	794	13488
B_iso mean	-	-	88.02	62.87	-
残基数	-	-	-	-	1636

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.4721	235	0.4057	4095	4330	93
2.17-2.2	0.416	252	0.3916	4301	4553	96
2.2-2.23	0.3978	221	0.3577	4426	4647	98
2.23-2.26	0.3496	230	0.3258	4447	4677	99
2.26-2.28	0.3237	218	0.306	4496	4714	100
2.28-2.32	0.3413	218	0.3045	4513	4731	100
2.32-2.35	0.2899	230	0.2887	4492	4722	100
2.35-2.38	0.2925	243	0.2623	4462	4705	100
2.38-2.42	0.3256	264	0.2582	4452	4716	100
2.42-2.46	0.2898	237	0.2479	4564	4801	100
2.46-2.5	0.3034	254	0.2384	4465	4719	100
2.5-2.55	0.2562	205	0.2297	4510	4715	100
2.55-2.6	0.2635	227	0.2247	4531	4758	100
2.6-2.65	0.2817	238	0.2301	4510	4748	100
2.65-2.71	0.2666	228	0.2245	4511	4739	100
2.71-2.77	0.2804	229	0.2317	4537	4766	100
2.77-2.84	0.2757	213	0.2324	4554	4767	100
2.84-2.92	0.2506	235	0.234	4538	4773	100
2.92-3	0.2663	246	0.2359	4520	4766	100
3-3.1	0.2607	227	0.231	4545	4772	100
3.1-3.21	0.2247	246	0.22	4527	4773	100
3.21-3.34	0.2482	254	0.2172	4512	4766	100
3.34-3.49	0.2381	251	0.2084	4554	4805	100
3.49-3.68	0.2276	248	0.1928	4553	4801	100
3.68-3.91	0.2042	224	0.1825	4580	4804	100
3.91-4.21	0.1935	256	0.1716	4569	4825	100
4.21-4.63	0.1829	219	0.1626	4637	4856	100
4.63-5.3	0.1841	271	0.1619	4604	4875	100
5.3-6.67	0.214	210	0.198	4711	4921	100
6.68-47.5	0.194	270	0.1752	4839	5109	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -48.5321 Å / Origin y: 24.4613 Å / Origin z: 31.9826 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.309 Å²	-0.0191 Å²	0.0226 Å²	-	0.5564 Å²	-0.0065 Å²	-	-	0.2781 Å²
L	0.252 °²	-0.0151 °²	0.0794 °²	-	0.2327 °²	-0.1605 °²	-	-	0.9611 °²
S	-0.0165 Å °	-0.0374 Å °	-0.0236 Å °	0.0548 Å °	-0.0129 Å °	-0.0109 Å °	-0.0773 Å °	0.1157 Å °	0.0362 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 832
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	901 - 903
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	5 - 832
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	901 - 908
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	515 - 532
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 277

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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