PDB-8d6q: Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d6q

タイトル

Rana catesbeiana saxiphilin mutant - Y558I

要素

Saxiphilin

キーワード

ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeianus (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Minor, D.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family.
著者: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2022年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d6q.cif.gz	653 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d6q.ent.gz	539.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d6q_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d6q_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	8d6q_validation.xml.gz	56.7 KB	表示
CIF形式データ	8d6q_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d6gC 8d6mC 8d6oC 8d6pC 8d6sC 8d6tC 8d6uC 6o0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Saxiphilin

B: Saxiphilin

188 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saxiphilin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
93.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Saxiphilin

登録者が定義した集合体
93.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.394, 107.145, 254.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Saxiphilin / SAX 分子量: 93902.992 Da / 分子数: 2 / 変異: Y558I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeianus (カエル) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31226
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.08-0.2 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5% PEG8000, 27% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033106 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033106 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.61 Å / Num. obs: 73319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 90.35 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4504 / CC_1/2: 0.419

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6O0F

6o0f

解像度: 2.7→47.61 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2721	3673	5.03 %
R_work	0.2342	69411	-
obs	0.2361	73084	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 327.98 Å² / B_iso mean: 134.5763 Å² / B_iso min: 62.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→47.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12622	0	0	79	12701
B_iso mean	-	-	-	131.03	-
残基数	-	-	-	-	1636

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.74	0.6093	154	0.6365	2606	2760	99
2.74-2.77	0.5707	129	0.5948	2653	2782	99
2.77-2.81	0.5386	138	0.5498	2594	2732	100
2.81-2.85	0.5115	145	0.5004	2625	2770	100
2.85-2.9	0.409	146	0.4676	2662	2808	100
2.9-2.95	0.4797	150	0.4227	2606	2756	100
2.95-3	0.432	142	0.4043	2644	2786	100
3-3.05	0.3602	136	0.3851	2640	2776	100
3.05-3.11	0.4876	131	0.3729	2645	2776	100
3.11-3.17	0.4016	143	0.3827	2641	2784	100
3.17-3.24	0.4055	136	0.3642	2648	2784	100
3.24-3.32	0.41	148	0.334	2645	2793	100
3.32-3.4	0.3034	132	0.2721	2656	2788	100
3.4-3.49	0.3199	136	0.2652	2658	2794	100
3.49-3.6	0.318	136	0.2371	2658	2794	100
3.6-3.71	0.3338	138	0.2293	2665	2803	100
3.71-3.84	0.2379	150	0.2132	2647	2797	100
3.84-4	0.2634	130	0.2218	2697	2827	100
4-4.18	0.2286	138	0.203	2660	2798	100
4.18-4.4	0.2272	129	0.1895	2699	2828	100
4.4-4.68	0.22	143	0.1812	2682	2825	100
4.68-5.04	0.2408	158	0.1849	2680	2838	100
5.04-5.54	0.2688	145	0.202	2724	2869	100
5.54-6.34	0.2776	152	0.227	2720	2872	100
6.34-7.99	0.2303	128	0.2033	2784	2912	100
7.99-47.61	0.1861	160	0.1709	2872	3032	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.4098 Å / Origin y: 27.9883 Å / Origin z: -32.239 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.7798 Å²	0.0757 Å²	-0.0331 Å²	-	0.8285 Å²	0.0382 Å²	-	-	0.7836 Å²
L	0.5952 °²	0.0659 °²	-0.2815 °²	-	0.3209 °²	-0.1425 °²	-	-	1.4229 °²
S	-0.0776 Å °	-0.0242 Å °	0.0133 Å °	-0.1191 Å °	0.0145 Å °	0.0182 Å °	0.2394 Å °	0.1568 Å °	0.0767 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	5 - 832
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 832
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 80

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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