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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d50 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mosaic HIV-1 Envelope (MosM3.1) in Complex with antibodies PGT124 and 35O22 at 4.3 Angstrom | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 envelop protein / B cell targeting / mosaic design / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | alpha-D-mannopyranose![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Xian, Y. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Antigenic Characterization of B Cell Mosaic Env Trimers 著者: Xian, Y. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 271.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d01C ![]() 5cezS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 GB
#1: タンパク質 | 分子量: 48934.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MosM3.1 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15716.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MosM3.1 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 4種, 4分子 DELH
#3: 抗体 | 分子量: 15584.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#4: 抗体 | 分子量: 11670.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 22650.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 24406.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 7種, 17分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||||
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#8: 多糖 | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 多糖 | #12: 糖 | ChemComp-NAG / #13: 糖 | ChemComp-MAN / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M imidazole (pH=7.33), 0.2M lithium sulfate, 8.545%(w/v) PEG3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.3→50.27 Å / Num. obs: 19809 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 123.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.252 / Χ2: 1.148 / Net I/σ(I): 4.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5cez 解像度: 4.32→50.27 Å / SU ML: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 51.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 401.23 Å2 / Biso mean: 188.2294 Å2 / Biso min: 45.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.32→50.27 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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