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- PDB-8d53: Crystal Structure of Mosaic HIV-1 Envelope (MosM3.3) in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d53
タイトルCrystal Structure of Mosaic HIV-1 Envelope (MosM3.3) in Complex with antibodies PGT124 and 35O22 at 3.25 Angstrom
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 35O22scFV Heavy chain variable
  • 35O22scFv Light Chain Variable
  • PGT124 Fab Heavy Chain
  • PGT124 Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 Envelop Protein / B cell targeting / Mosaic design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Xian, Y. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine InitiativeINV-008352/OPP1153692 米国
Consortia for HIV/AIDS Vaccine DevelopmentCHAVD 1UM1 AI144462 米国
Other private2 P01 AI110657
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Antigenic Characterization of B Cell Mosaic Env Trimers
著者: Xian, Y. / Wilson, I.A.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
L: PGT124 Fab Light Chain
H: PGT124 Fab Heavy Chain
D: 35O22scFV Heavy chain variable
E: 35O22scFv Light Chain Variable
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,70724
ポリマ－138,0036
非ポリマー9,70418
水00
1
G: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
L: PGT124 Fab Light Chain
H: PGT124 Fab Heavy Chain
D: 35O22scFV Heavy chain variable
E: 35O22scFv Light Chain Variable
ヘテロ分子

G: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
L: PGT124 Fab Light Chain
H: PGT124 Fab Heavy Chain
D: 35O22scFV Heavy chain variable
E: 35O22scFv Light Chain Variable
ヘテロ分子

G: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp41
L: PGT124 Fab Light Chain
H: PGT124 Fab Heavy Chain
D: 35O22scFV Heavy chain variable
E: 35O22scFv Light Chain Variable
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,12272
ポリマ－414,01018
非ポリマー29,11254
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.266, 139.266, 320.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 GB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120


分子量: 50556.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MosM3.3 gp120
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41


分子量: 15221.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MosM3.3 gp41
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 4種, 4分子 LHDE

#3: 抗体 PGT124 Fab Light Chain


分子量: 22898.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 PGT124 Fab Heavy Chain


分子量: 24750.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 35O22scFV Heavy chain variable


分子量: 12905.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 35O22scFv Light Chain Variable


分子量: 11670.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 7種, 18分子

#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(5-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(5-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa5-4DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+2)][b-D-Frup]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(6-3)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(6-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DManpa6-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-ManpA]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.825M ammonium sulfate, 2% PGE 400, 0.1M HEPES, pH 7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→50 Å / Num. obs: 47686 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 98.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.315.91.28511180.6210.5051.3861.08139.8
3.31-3.375.61.14912480.550.4631.2451.10144.2
3.37-3.435.30.9814720.6610.4081.0671.08851.9
3.43-3.54.80.83816410.7250.3770.9251.11957.3
3.5-3.585.20.85618000.7070.3680.9371.14264
3.58-3.665.40.76819570.7750.3240.8381.12669.9
3.66-3.755.20.60121690.8310.2590.6591.14476.7
3.75-3.854.70.55624090.8570.2520.6141.14784.7
3.85-3.974.80.44925900.9390.20.4951.21591.6
3.97-4.0950.37527380.9340.1660.4131.25495.8
4.09-4.2450.30628180.9530.1370.3381.1698.9
4.24-4.414.90.21328210.9820.0960.2361.17199.7
4.41-4.614.70.18828380.9830.0870.2081.15699.8
4.61-4.855.20.15228420.9880.0660.1671.10799.4
4.85-5.164.90.13928350.990.0620.1531.08298.7
5.16-5.565.10.12428170.9920.0540.1361.04299.4
5.56-6.115.10.1228570.9910.0530.1321.02799.4
6.11-74.80.09729010.9940.0440.1080.9899.8
7-8.814.90.07528680.9950.0340.0830.91999.2
8.81-504.80.05829470.9950.0280.0650.96298.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cez

5cez


解像度: 3.24→42.79 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3308 2293 4.82 %
Rwork0.317 45270 -
obs0.3176 47563 83.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 256.83 Å2 / Biso mean: 123.6762 Å2 / Biso min: 66.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.24→42.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9690 0 331 0 10021
Biso mean--165.67 --
残基数----1243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.24-3.310.5084760.42731304138039
3.31-3.380.4112830.40581580166347
3.38-3.470.45551150.38771839195455
3.47-3.560.42331060.38682130223663
3.56-3.670.39591260.39232368249470
3.67-3.790.36411200.37842718283881
3.79-3.920.38511460.37432976312288
3.92-4.080.40221580.34753241339995
4.08-4.260.36261580.33033336349499
4.26-4.490.27991930.32263360355399
4.49-4.770.31881590.297233553514100
4.77-5.140.32491790.28973371355099
5.14-5.650.28281370.30743394353199
5.65-6.470.30971830.32043383356699
6.47-8.140.35211810.30973428360999
8.14-42.790.28661730.27613487366098

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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