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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d4z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of USP7 in complex with allosteric inhibitor FX1-3763 | ||||||
![]() | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of telomere capping / monoubiquitinated protein deubiquitination / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bell, J.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Novel USP7 inhibitors demonstrate potent anti-cancer activity in models of AML, synergy with BCL2 inhibition, and a differentiated mechanism of action 著者: Futran, A.S. / Lu, T. / Amberg-Johnson, K. / Xu, J. / Yang, X. / He, S. / Boyce, S. / Bell, J. / Pelletier, R. / Suzuki, T. / Huang, X. / Qian, H. / Fang, L. / Xing, L. / Xu, Z. / Kurtz, S.E. ...著者: Futran, A.S. / Lu, T. / Amberg-Johnson, K. / Xu, J. / Yang, X. / He, S. / Boyce, S. / Bell, J. / Pelletier, R. / Suzuki, T. / Huang, X. / Qian, H. / Fang, L. / Xing, L. / Xu, Z. / Kurtz, S.E. / Tyner, J.W. / Tang, W. / Guo, T. / Akinsanya, K. / Madge, D. / Jensen, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 220.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5n9rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42051.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.10 M Bis-Tris-Propane pH 8.50, 0.10 M K-formate, 26.0 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.26→70 Å / Num. obs: 36172 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 127599 / Scaling rejects: 224 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5n9r 解像度: 2.26→56.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / Bsol: 64.1 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166.59 Å2 / Biso mean: 69.1612 Å2 / Biso min: 29.92 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→56.3 Å
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