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- PDB-8d47: fp.006 Fab in complex with SARS-CoV-2 Fusion Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d47
タイトルfp.006 Fab in complex with SARS-CoV-2 Fusion Peptide
要素
  • SARS-CoV-2 fusion peptide
  • fp.006 heavy chain
  • fp.006 light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / antibody / fusion peptide / TMPRSS2 binding site / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Abernathy, M.E. / Barnes, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT15335 米国
引用
ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2023
タイトル: Human neutralizing antibodies to cold linear epitopes and subdomain 1 of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein.
著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca ...著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca Simonelli / Milos Matkovic / Chiara Toscano / Maira Biggiogero / Veronica Calvaruso / Pavel Svoboda / Tomás Cervantes Rincón / Tommaso Fava / Lucie Podešvová / Akanksha A Shanbhag / Andrea Celoria / Jacopo Sgrignani / Michal Stefanik / Vaclav Hönig / Veronika Pranclova / Tereza Michalcikova / Jan Prochazka / Giuditta Guerrini / Dora Mehn / Annalisa Ciabattini / Hassan Abolhassani / David Jarrossay / Mariagrazia Uguccioni / Donata Medaglini / Qiang Pan-Hammarström / Luigi Calzolai / Daniel Fernandez / Fausto Baldanti / Alessandra Franzetti-Pellanda / Christian Garzoni / Radislav Sedlacek / Daniel Ruzek / Luca Varani / Andrea Cavalli / Christopher O Barnes / Davide F Robbiani /
要旨: Emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies ...Emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution is therefore necessary. Using coldspot-guided antibody discovery, a screening approach that focuses on portions of the virus spike glycoprotein that are both functionally relevant and averse to change, we identified human neutralizing antibodies to highly conserved viral epitopes. Antibody fp.006 binds the fusion peptide and cross-reacts against coronaviruses of the four genera, including the nine human coronaviruses, through recognition of a conserved motif that includes the S2' site of proteolytic cleavage. Antibody hr2.016 targets the stem helix and neutralizes SARS-CoV-2 variants. Antibody sd1.040 binds to subdomain 1, synergizes with antibody rbd.042 for neutralization, and, similar to fp.006 and hr2.016, protects mice expressing human angiotensin-converting enzyme 2 against infection when present as a bispecific antibody. Thus, coldspot-guided antibody discovery reveals donor-derived neutralizing antibodies that are cross-reactive with Orthocoronavirinae, including SARS-CoV-2 variants.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Human neutralizing antibodies to cold linear epitopes and to subdomain 1 of SARS-CoV-2.
著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca ...著者: Filippo Bianchini / Virginia Crivelli / Morgan E Abernathy / Concetta Guerra / Martin Palus / Jonathan Muri / Harold Marcotte / Antonio Piralla / Mattia Pedotti / Raoul De Gasparo / Luca Simonelli / Milos Matkovic / Chiara Toscano / Maira Biggiogero / Veronica Calvaruso / Pavel Svoboda / Tomás Cervantes Rincón / Tommaso Fava / Lucie Podešvová / Akanksha A Shanbhag / Andrea Celoria / Jacopo Sgrignani / Michal Stefanik / Vaclav Hönig / Veronika Pranclova / Tereza Michalcikova / Jan Prochazka / Giuditta Guerrini / Dora Mehn / Annalisa Ciabattini / Hassan Abolhassani / David Jarrossay / Mariagrazia Uguccioni / Donata Medaglini / Qiang Pan-Hammarström / Luigi Calzolai / Daniel Fernandez / Fausto Baldanti / Alessandra Franzetti-Pellanda / Christian Garzoni / Radislav Sedlacek / Daniel Ruzek / Luca Varani / Andrea Cavalli / Christopher O Barnes / Davide F Robbiani /
要旨: Emergence of SARS-CoV-2 variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution ...Emergence of SARS-CoV-2 variants diminishes the efficacy of vaccines and antiviral monoclonal antibodies. Continued development of immunotherapies and vaccine immunogens resilient to viral evolution is therefore necessary. Using coldspot-guided antibody discovery, a screening approach that focuses on portions of the virus spike that are both functionally relevant and averse to change, we identified human neutralizing antibodies to highly conserved viral epitopes. Antibody fp.006 binds the fusion peptide and cross-reacts against coronaviruses of the four , including the nine human coronaviruses, through recognition of a conserved motif that includes the S2' site of proteolytic cleavage. Antibody hr2.016 targets the stem helix and neutralizes SARS-CoV-2 variants. Antibody sd1.040 binds to subdomain 1, synergizes with antibody rbd.042 for neutralization and, like fp.006 and hr2.016, protects mice when present as bispecific antibody. Thus, coldspot-guided antibody discovery reveals donor-derived neutralizing antibodies that are cross-reactive with , including SARS-CoV-2 variants.
ONE SENTENCE SUMMARY: Broadly cross-reactive antibodies that protect from SARS-CoV-2 variants are revealed by virus coldspot-driven discovery.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: fp.006 light chain
A: fp.006 light chain
H: fp.006 heavy chain
B: fp.006 heavy chain
C: SARS-CoV-2 fusion peptide
D: SARS-CoV-2 fusion peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,08814
ポリマ－103,3276
非ポリマー7608
水13,547752
1
L: fp.006 light chain
H: fp.006 heavy chain
C: SARS-CoV-2 fusion peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8325
ポリマ－51,6643
非ポリマー1682
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
2
A: fp.006 light chain
B: fp.006 heavy chain
D: SARS-CoV-2 fusion peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2569
ポリマ－51,6643
非ポリマー5926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.017, 73.076, 90.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド SARS-CoV-2 fusion peptide


分子量: 2267.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 fp.006 light chain


分子量: 23236.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 fp.006 heavy chain


分子量: 26159.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 760分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.2 M Potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.9 Å / Num. obs: 73148 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.71 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4545 / CC1/2: 0.372 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GXU, 6FG1

4gxu

6fg1


解像度: 2→37.89 Å / SU ML: 0.2588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 3634 4.97 %
Rwork0.1836 69425 -
obs0.1862 73059 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 45 752 7699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00697119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83969667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05391081
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0642999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.34271430.27782636X-RAY DIFFRACTION98.37
2.03-2.050.29341330.26772652X-RAY DIFFRACTION98.69
2.05-2.080.32781430.26252673X-RAY DIFFRACTION98.22
2.08-2.110.28991490.2522686X-RAY DIFFRACTION98.3
2.11-2.150.28371470.22972691X-RAY DIFFRACTION98.34
2.15-2.180.28691760.22562622X-RAY DIFFRACTION98.56
2.18-2.220.28031300.22082650X-RAY DIFFRACTION97.37
2.22-2.260.28711670.21122631X-RAY DIFFRACTION97.42
2.26-2.30.2821390.21382645X-RAY DIFFRACTION97.82
2.3-2.350.26531040.21422692X-RAY DIFFRACTION97.18
2.35-2.40.30351540.21552610X-RAY DIFFRACTION97.02
2.4-2.460.26191410.20682657X-RAY DIFFRACTION96.78
2.46-2.520.26311450.20412570X-RAY DIFFRACTION93.72
2.52-2.590.25231510.19362649X-RAY DIFFRACTION98.49
2.59-2.660.24931120.18752752X-RAY DIFFRACTION99.44
2.66-2.750.28881350.19372700X-RAY DIFFRACTION99.37
2.75-2.850.25311450.18762709X-RAY DIFFRACTION99.41
2.85-2.960.27991520.1952709X-RAY DIFFRACTION98.89
2.96-3.10.24761440.19712700X-RAY DIFFRACTION98.78
3.1-3.260.23391490.19322629X-RAY DIFFRACTION96.83
3.26-3.460.21021400.17042666X-RAY DIFFRACTION96.29
3.46-3.730.21331320.1662600X-RAY DIFFRACTION94.27
3.73-4.110.18891450.15892725X-RAY DIFFRACTION99.38
4.11-4.70.17431080.12372754X-RAY DIFFRACTION99.13
4.7-5.920.1771390.14562723X-RAY DIFFRACTION97.75
5.92-37.890.21021110.17072694X-RAY DIFFRACTION93.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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