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万見
- PDB-8d3g: Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) W196A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d3g
タイトルCrystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) W196A mutant complexed with 6-chloroquinolin-4-amine
要素Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / protein import into the intermembrane space via the disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / poly-ADP-D-ribose binding / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate / sperm head-tail coupling apparatus ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / protein import into the intermembrane space via the disulfide relay system / cellular response to aldosterone / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / poly-ADP-D-ribose binding / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate / sperm head-tail coupling apparatus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / NADH dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cellular response to nitric oxide / FAD binding / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / protein dimerization activity / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 6-chloroquinolin-4-amine / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Brosey, C.A. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220430 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA092584 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP180813 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes.
著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7337
ポリマ－118,7432
非ポリマー1,9905
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, The AIF-W196A mutant exists in a monomer-dimer equilibrium in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.296, 110.969, 114.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 129 through 147 or (resid 148...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 129 through 191 or (resid 192...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROSERA2 - 219
d_12ens_1TRPGLYA221 - 357
d_13ens_1TYRGLNA359 - 431
d_14ens_1FADFADB
d_15ens_1D1D1C
d_21ens_1PROSERD1 - 218
d_22ens_1TRPPHED221 - 374
d_23ens_1LYSHISD376 - 425
d_24ens_1LEUGLND428 - 433
d_25ens_1FADFADE
d_26ens_1D1D1F

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.551158083784, -0.00681206366614, -0.834373035559), (0.0370976666442, -0.999177917358, -0.0163478620381), (-0.833575749293, -0.039963549045, 0.550957697957) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.551158083784, -0.00681206366614, -0.834373035559), (0.0370976666442, -0.999177917358, -0.0163478620381), (-0.833575749293, -0.039963549045, 0.550957697957)
ベクター: -93.0904745938, 5.31434291631, -49.8231946094)

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8


分子量: 59371.434 Da / 分子数: 2 / 変異: W196A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-QD1 / 6-chloroquinolin-4-amine


分子量: 178.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7ClN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.3 M Na2SO4, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→29.43 Å / Num. obs: 36184 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 52.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4252 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 0.818

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KVH

5kvh


解像度: 2.58→29.33 Å / SU ML: 0.3236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7534
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1794 4.97 %
Rwork0.1941 34313 -
obs0.1964 36107 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 134 107 6658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00266696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5459105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04991036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.81652321
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.474271459623 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.650.31391270.27052511X-RAY DIFFRACTION96.77
2.65-2.730.27261380.23212609X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.810.30581280.2332611X-RAY DIFFRACTION99.82
2.81-2.910.2921350.22472614X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.030.28741430.22442608X-RAY DIFFRACTION99.82
3.03-3.170.32541460.23522613X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.340.29911280.20862622X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.540.24181920.19652584X-RAY DIFFRACTION99.93
3.54-3.820.23521270.19322667X-RAY DIFFRACTION99.96
3.82-4.20.19441300.1672656X-RAY DIFFRACTION99.93
4.2-4.810.20751310.15012679X-RAY DIFFRACTION99.96
4.81-6.050.21971350.1872702X-RAY DIFFRACTION99.96
6.05-29.330.22621340.19882837X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.401574381620.2621970845670.2963219331121.014421795010.196608854011.03431505683-0.03093935141790.2692256098470.06977248776290.0223977891881-0.08105720774390.2407972417070.0550715405911-0.1292828157110.09802052993760.429090513341-0.00939807895767-0.0400821289420.465950138932-0.03466202239060.478646702155-65.88933221312.25613991752-36.136346427
21.31950919880.04502396572560.3897001272560.823108185267-0.0743570012691.561377987490.0325194891168-0.08703181979380.0369376665570.1011261698730.0294046352768-0.0142244861344-0.03853223167280.172962537816-0.05363520726170.481266108908-0.0236425623051-0.002586701290910.505307313754-0.01703774831920.399437410671-26.51572661552.48543260083-15.1628948821
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'B' and resid 129 through 701)BD - E129 - 701
22(chain 'A' and resid 128 through 701)AA - B128 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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