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- PDB-8d3f: Crystal structure of human STAT1 in complex with the repeat regio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d3f
タイトルCrystal structure of human STAT1 in complex with the repeat region from Toxoplasma protein TgIST
要素Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta,Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST
キーワードTRANSCRIPTION / Signal transduction / Transcriptional activation / Pathogen effector / Interferon signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric mesenchymal cell differentiation / negative regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / renal tubule development / ISGF3 complex / response to interferon-beta / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / CCR5 chemokine receptor binding ...metanephric mesenchymal cell differentiation / negative regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / renal tubule development / ISGF3 complex / response to interferon-beta / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / CCR5 chemokine receptor binding / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / tumor necrosis factor receptor binding / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / blood circulation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / Regulation of IFNA/IFNB signaling / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to mechanical stimulus / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to interferon-beta / response to cAMP / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by CSF3 (G-CSF) / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / response to cytokine / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to nutrient / Downstream signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / protein phosphatase 2A binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / transcription corepressor binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / promoter-specific chromatin binding / ISG15 antiviral mechanism / response to hydrogen peroxide / Signaling by SCF-KIT / defense response / PKR-mediated signaling / response to peptide hormone / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / cellular response to type II interferon / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / Interferon alpha/beta signaling / transcription coactivator binding / cellular response to insulin stimulus / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Interferon gamma signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / double-stranded DNA binding / histone binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / defense response to virus / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / axon / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activation of transcription 1, TAZ2 binding domain, C-terminal / STAT1, SH2 domain / STAT1, C-terminal domain superfamily / STAT1 TAZ2 binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : ...Signal transducer and activation of transcription 1, TAZ2 binding domain, C-terminal / STAT1, SH2 domain / STAT1, C-terminal domain superfamily / STAT1 TAZ2 binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST / Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Huang, Z. / Liu, H. / Nix, J.C. / Amarasinghe, G.K. / Sibley, L.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118426 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The intrinsically disordered protein TgIST from Toxoplasma gondii inhibits STAT1 signaling by blocking cofactor recruitment.
著者: Huang, Z. / Liu, H. / Nix, J. / Xu, R. / Knoverek, C.R. / Bowman, G.R. / Amarasinghe, G.K. / Sibley, L.D.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta,Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3601
ポリマ－73,3601
非ポリマー00
水00
1
A: Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta,Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST

A: Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta,Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,7202
ポリマ－146,7202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area53930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.960, 163.920, 226.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta,Inhibitor of STAT1-dependent transcription TgIST / Transcription factor ISGF-3 components p91/p84


分子量: 73359.930 Da / 分子数: 1 / 断片: STAT1-binding region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ)
遺伝子: STAT1, TGRH88_087790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42224, UniProt: A0A7J6KA90

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.0, 3 M sodium chloride and 50 mM sodium citrate tribasic
PH範囲: 6.0-6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年4月18日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→46.64 Å / Num. obs: 23640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29 % / Biso Wilson estimate: 79.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.179 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.97→3.15 Å / 冗長度: 28.4 % / Rmerge(I) obs: 1.961 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3764 / CC1/2: 0.874 / Rpim(I) all: 0.372 / Rrim(I) all: 1.997 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BF5

1bf5


解像度: 2.97→46.64 Å / SU ML: 0.3952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.8527
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1160 4.92 %
Rwork0.248 22425 -
obs0.25 23585 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→46.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4361 0 0 0 4361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12796076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.52262666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.97-3.110.48211380.37722755X-RAY DIFFRACTION99.9
3.11-3.270.37871570.32532735X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-3.470.33751240.26422808X-RAY DIFFRACTION99.9
3.47-3.740.34821420.24762755X-RAY DIFFRACTION99.83
3.74-4.120.28571350.22442798X-RAY DIFFRACTION99.97
4.12-4.710.23371490.21562791X-RAY DIFFRACTION99.97
4.71-5.940.26311560.2392836X-RAY DIFFRACTION99.93
5.94-46.640.26761590.24352947X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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