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万見
- PDB-8d1h: hBest2 Ca2+-unbound closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d1h
タイトルhBest2 Ca2+-unbound closed state
要素Bestrophin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / chloride channel / anion channel / pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / bicarbonate channel activity / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / chloride channel complex / membrane depolarization / Stimuli-sensing channels / cilium / sensory perception of smell ...intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / bicarbonate channel activity / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / chloride channel complex / membrane depolarization / Stimuli-sensing channels / cilium / sensory perception of smell / basolateral plasma membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DU0 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Bestrophin-2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Owji, A.P. / Kittredge, A. / Hendrickson, W.A. / Tingting, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY030763-03 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462-08 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)GM127652-06 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures and gating mechanisms of human bestrophin anion channels.
著者: Aaron P Owji / Jiali Wang / Alec Kittredge / Zada Clark / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang /
要旨: Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct ...Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct pathological relevance. Here, we report cryo-EM structures of wild-type human Best1 and Best2 in various states at up to 1.8 Å resolution. Ca-bound Best1 structures illustrate partially open conformations at the two Ca-dependent gates of the channels, in contrast to the fully open conformations observed in Ca-bound Best2, which is in accord with the significantly smaller currents conducted by Best1 in electrophysiological recordings. Comparison of the closed and open states reveals a C-terminal auto-inhibitory segment (AS), which constricts the channel concentrically by wrapping around the channel periphery in an inter-protomer manner and must be released to allow channel opening. Our results demonstrate that removing the AS from Best1 and Best2 results in truncation mutants with similar activities, while swapping the AS between Best1 and Best2 results in chimeric mutants with swapped activities, underlying a key role of the AS in determining paralog specificity among bestrophins.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Bestrophin-2
B: Bestrophin-2
A: Bestrophin-2
C: Bestrophin-2
D: Bestrophin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,11156
ポリマ－233,9845
非ポリマー33,12651
水10,899605
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Bestrophin-2 / Vitelliform macular dystrophy 2-like protein 1


分子量: 46796.898 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BEST2, VMD2L1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFU1
#2: 化合物...
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-DU0 / 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol


分子量: 516.752 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H52O5
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: hBest2 Ca2+-unbound closed state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.234 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chlorideNaCl1
240 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)1
30.005 %glyco-diosgenin1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: hBest2 Ca2+-unbound closed state
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3446
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
15REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2853381
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 656860 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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