PDB-8d0o: Human alpha1,3-fucosyltransferase FUT9, heavy atom derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d0o

タイトル

Human alpha1,3-fucosyltransferase FUT9, heavy atom derivative

要素

4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Alpha-(1 / 3)-fucosyltransferase / GT 10 / GT-B fold / Inverting mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

neuronal stem cell division / Lewis x epitope biosynthetic process / regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of leukocyte tethering or rolling / alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / Lewis blood group biosynthesis / fucosylation / N-glycan fucosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for Lewis antigen synthesis by the alpha 1,3-fucosyltransferase FUT9.
著者: Kadirvelraj, R. / Boruah, B.M. / Wang, S. / Chapla, D. / Huang, C. / Ramiah, A. / Hudson, K.L. / Prudden, A.R. / Boons, G.J. / Withers, S.G. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.

履歴

登録	2022年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d0o.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d0o.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8d0o_validation.pdf.gz	7.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d0o_full_validation.pdf.gz	7.9 MB	表示
XML形式データ	8d0o_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8d0o_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d0pC 8d0qC 8d0rC 8d0sC 8d0uC 8d0wC 8d0xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9

ヘテロ分子

41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9

ヘテロ分子

A: 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.120, 127.120, 127.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- IOD
2	1	A-419- CS
3	1	A-625- HOH
4	1	A-662- HOH

#1: タンパク質

4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase 9 / Fucosyltransferase 9 / Fucosyltransferase IX / Fuc-TIX / FucT-IX / Galactoside 3-L-fucosyltransferase

分子量: 37852.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUT9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9Y231, 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド

分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン

分子量: 132.905 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.7 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月2日
放射	モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→51.9 Å / Num. obs: 19803 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 43 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 42.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique obs: 1771 / CC_1/2: 0.95 / R_rim(I) all: 0.45 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→51.9 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	1880	4.93 %
R_work	0.1643	-	-
obs	0.1665	19803	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→51.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2482	0	51	217	2750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2622
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	3587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.939	1535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1041-2.161	0.2739	129	0.2009	2486	X-RAY DIFFRACTION	87
2.161-2.2246	0.2372	152	0.1558	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2246-2.2964	0.1822	144	0.155	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2964-2.3785	0.2754	146	0.155	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3785-2.4737	0.202	150	0.1597	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4737-2.5863	0.2505	144	0.159	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5863-2.7227	0.2241	143	0.1594	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7227-2.8932	0.2128	146	0.1745	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8932-3.1166	0.2371	148	0.1753	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1166-3.4302	0.2225	142	0.1698	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4302-3.9265	0.1546	146	0.1422	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9265-4.9467	0.1678	158	0.1424	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9467-51.9	0.2304	132	0.2054	2835	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2579	0.0382	-0.1257	3.8947	0.9337	1.8821	-0.0087	0.0953	0.1298	-0.0504	0.0257	-0.0546	0.0012	0.109	-0.0206	0.0919	-0.0131	0.0266	0.1341	0.0178	0.0839	77.6805	107.9788	33.187
2	3.1792	-1.5043	1.8513	3.5854	-1.4895	2.2344	0.0248	0.0081	0.2569	0.2223	-0.054	-0.1175	-0.1879	0.1292	0.0454	0.1207	-0.0055	0.0382	0.1461	-0.0116	0.1329	72.7802	108.3116	44.38
3	1.2121	-0.1836	0.3903	1.7171	-0.8426	0.4881	-0.0304	0.0453	-0.0859	-0.0825	0.1273	-0.0083	0.0187	0.0138	-0.0683	0.1076	0.0046	0.0012	0.1568	-0.0166	0.109	73.2082	87.4292	37.9114
4	2.5373	0.5476	0.9364	1.936	0.4584	2.4242	-0.0698	0.1062	0.2212	-0.1238	-0.1358	-0.0939	-0.3797	0.1913	0.1161	0.2118	0.0489	-0.0781	0.1679	-0.0114	0.1811	90.4356	80.0275	52.4392
5	3.3162	0.3769	-0.5769	0.614	1.5257	4.8819	-0.0145	0.2821	0.1695	-0.2382	-0.0433	-0.3111	-0.6785	0.5446	0.1168	0.2192	-0.0183	-0.0509	0.176	0.0109	0.2148	96.2175	81.3071	46.2011
6	0.5469	-0.9822	-0.0675	2.6161	0.9694	1.4632	-0.0866	-0.0666	0.077	0.2139	0.1198	-0.1712	0.093	0.05	-0.0471	0.1124	0.0184	-0.024	0.1321	0.0077	0.1267	82.5485	82.5667	47.6003
7	2.3387	-0.6177	0.3354	2.7732	0.7249	2.1611	0.0798	-0.1431	-0.244	-0.0093	0.0155	0.1011	0.2187	-0.0984	-0.0806	0.1001	-0.0162	-0.022	0.1097	0.0132	0.1467	78.425	72.3945	50.333
8	0.441	-1.2986	-0.2087	5.6309	0.0659	0.3189	0.0379	0.0509	-0.1631	-0.061	0.008	-0.0338	0.0105	0.023	-0.0716	0.1243	0.0054	-0.0063	0.1554	-0.0111	0.1058	74.2661	93.4733	32.7898
9	8.0617	-1.6282	3.9159	4.0508	-0.0776	5.3412	-0.1145	-0.6439	0.1981	0.3128	0.1269	-0.1908	-0.1699	-0.6564	-0.0055	0.1276	-0.0313	0.0694	0.158	0.0029	0.1555	65.9147	105.1154	46.7993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 63 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 212 through 237 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 238 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 271 through 320 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 321 through 343 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 344 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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