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- PDB-8czo: Cryo-EM structure of BCL10 CARD - MALT1 DD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czo
タイトルCryo-EM structure of BCL10 CARD - MALT1 DD filament
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 10
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / filament / CBM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / antifungal innate immune response / protein kinase B binding / response to fungus / T cell apoptotic process ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / antifungal innate immune response / protein kinase B binding / response to fungus / T cell apoptotic process / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / programmed cell death / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process / CLEC7A/inflammasome pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / nuclear export / response to food / non-canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor signaling pathway / B cell activation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic microtubule / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / small molecule binding / positive regulation of phosphorylation / general transcription initiation factor binding / immunological synapse / NF-kappaB binding / immunoglobulin mediated immune response / cellular defense response / T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / neural tube closure / positive regulation of interleukin-8 production / Activation of NF-kappaB in B cells / cellular response to mechanical stimulus / protein homooligomerization / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / fibrillar center / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of interleukin-6 production / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endopeptidase activity / protease binding / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / adaptive immune response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / membrane raft / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / : / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / : / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 10 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者David, L. / Wu, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2022
タイトル: BCL10 Mutations Define Distinct Dependencies Guiding Precision Therapy for DLBCL.
著者: Min Xia / Liron David / Matt Teater / Johana Gutierrez / Xiang Wang / Cem Meydan / Andrew Lytle / Graham W Slack / David W Scott / Ryan D Morin / Ozlem Onder / Kojo S J Elenitoba-Johnson / ...著者: Min Xia / Liron David / Matt Teater / Johana Gutierrez / Xiang Wang / Cem Meydan / Andrew Lytle / Graham W Slack / David W Scott / Ryan D Morin / Ozlem Onder / Kojo S J Elenitoba-Johnson / Nahuel Zamponi / Leandro Cerchietti / Tianbao Lu / Ulrike Philippar / Lorena Fontan / Hao Wu / Ari M Melnick /
要旨: Activated B cell-like diffuse large B-cell lymphomas (ABC-DLBCL) have unfavorable outcomes and chronic activation of CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) signal amplification complexes that form due to ...Activated B cell-like diffuse large B-cell lymphomas (ABC-DLBCL) have unfavorable outcomes and chronic activation of CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) signal amplification complexes that form due to polymerization of BCL10 subunits, which is affected by recurrent somatic mutations in ABC-DLBCLs. Herein, we show that BCL10 mutants fall into at least two functionally distinct classes: missense mutations of the BCL10 CARD domain and truncation of its C-terminal tail. Truncating mutations abrogated a motif through which MALT1 inhibits BCL10 polymerization, trapping MALT1 in its activated filament-bound state. CARD missense mutations enhanced BCL10 filament formation, forming glutamine network structures that stabilize BCL10 filaments. Mutant forms of BCL10 were less dependent on upstream CARD11 activation and thus manifested resistance to BTK inhibitors, whereas BCL10 truncating but not CARD mutants were hypersensitive to MALT1 inhibitors. Therefore, BCL10 mutations are potential biomarkers for BTK inhibitor resistance in ABC-DLBCL, and further precision can be achieved by selecting therapy based on specific biochemical effects of distinct mutation classes.
SIGNIFICANCE: ABC-DLBCLs feature frequent mutations of signaling mediators that converge on the CBM complex. We use structure-function approaches to reveal that BCL10 mutations fall into two distinct ...SIGNIFICANCE: ABC-DLBCLs feature frequent mutations of signaling mediators that converge on the CBM complex. We use structure-function approaches to reveal that BCL10 mutations fall into two distinct biochemical classes. Both classes confer resistance to BTK inhibitors, whereas BCL10 truncations confer hyperresponsiveness to MALT1 inhibitors, providing a road map for precision therapies in ABC-DLBCLs. See related commentary by Phelan and Oellerich, p. 1844. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1825.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
a: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
b: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
c: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
d: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
e: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
f: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
g: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
h: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
i: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
j: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
k: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
l: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
m: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
n: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
o: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
p: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
q: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
r: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
s: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
t: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
u: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
v: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
A: B-cell lymphoma/leukemia 10
B: B-cell lymphoma/leukemia 10
C: B-cell lymphoma/leukemia 10
D: B-cell lymphoma/leukemia 10
E: B-cell lymphoma/leukemia 10
F: B-cell lymphoma/leukemia 10
G: B-cell lymphoma/leukemia 10
H: B-cell lymphoma/leukemia 10
I: B-cell lymphoma/leukemia 10
J: B-cell lymphoma/leukemia 10
K: B-cell lymphoma/leukemia 10
L: B-cell lymphoma/leukemia 10
M: B-cell lymphoma/leukemia 10
N: B-cell lymphoma/leukemia 10
O: B-cell lymphoma/leukemia 10
P: B-cell lymphoma/leukemia 10
Q: B-cell lymphoma/leukemia 10
R: B-cell lymphoma/leukemia 10
S: B-cell lymphoma/leukemia 10
T: B-cell lymphoma/leukemia 10
U: B-cell lymphoma/leukemia 10
V: B-cell lymphoma/leukemia 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,05944
ポリマ－511,05944
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 10615.389 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 ...
B-cell lymphoma/leukemia 10 / B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like ...B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like apoptotic protein / hCLAP / CED-3/ICH-1 prodomain homologous E10-like regulator / CIPER / Cellular homolog of vCARMEN / cCARMEN / Cellular-E10 / c-E10 / Mammalian CARD-containing adapter molecule E10 / mE10


分子量: 12614.566 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL10, CIPER, CLAP / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: O95999

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMtrizma baseTris1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / C2レンズ絞り径: 2.7 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 700

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -100.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23000 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00434804
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71246618
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.114642
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445478
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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