PDB-8cyh: Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cyh

タイトル

Novel Anti-Mesothelin Antibodies Enable Crystallography of the Intact Mesothelin Ectodo- main and Engineering of Potent, T cell-engaging Bispecific Therapeutics

要素

A12 antibody heavy chain
A12 antibody light chain
Mesothelin, cleaved form

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN /

Antibody (抗体) /

complex / tumor associated antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion /

Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) /

細胞接着 /

小胞体 /

ゴルジ体 /

細胞膜 / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.38 Å

データ登録者

Bandaranayake, A.D. / Rupert, P.B. / Lin, I. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Carter, J. / Meshinchi, S. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front. Drug Discov. / 年: 2023
タイトル: Novel mesothelin antibodies enable crystallography of the intact mesothelin ectodomain and engineering of potent, T cell-engaging bispecific therapeutics
著者: Lin, I. / Rupert, P.B. / Pilat, K. / Ruff, R.O. / Friend, D.J. / Chan, M.K. / Clarke, M. / Hoffstrom, B.G. / Carter, J. / Meshinchi, S. / Bandaranayake, A.D. / Mehlin, C. / Olson, J.M. / ...

履歴

登録	2022年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cyh.cif.gz	284.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cyh.ent.gz	228.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cxcC 8cz8C 4f3fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: A12 antibody light chain

H: A12 antibody heavy chain

M: Mesothelin, cleaved form

ヘテロ分子

84 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.112, 124.862, 302.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: 抗体

A12 antibody light chain

分子量: 23325.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

A12 antibody heavy chain

分子量: 23308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

Mesothelin, cleaved form /

分子量: 36963.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris (8.0), sodium citrate, Peg3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 17506 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 1.851 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 101701

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.35-3.41	5.6	0.934	842	0.598	0.438	1.035	0.873	96.1
3.41-3.47	5.7	0.824	836	0.717	0.38	0.91	0.926	97.7
3.47-3.54	5.7	0.691	857	0.843	0.316	0.763	0.963	97.1
3.54-3.61	5.8	0.754	831	0.754	0.349	0.833	1.17	97.1
3.61-3.69	5.6	0.651	864	0.782	0.302	0.72	1.328	97.7
3.69-3.77	5.4	0.476	842	0.855	0.225	0.528	1.17	95.6
3.77-3.87	5.7	0.486	856	0.877	0.222	0.536	1.37	99.2
3.87-3.97	5.6	0.344	856	0.967	0.159	0.38	1.213	98.8
3.97-4.09	6.1	0.3	879	0.97	0.129	0.327	1.279	99.7
4.09-4.22	6.3	0.255	878	0.983	0.11	0.278	1.492	99.8
4.22-4.37	6.2	0.21	873	0.98	0.091	0.23	1.915	99.8
4.37-4.55	6.2	0.179	882	0.99	0.078	0.195	2.025	99.9
4.55-4.75	6.1	0.163	880	0.987	0.072	0.179	2.185	100
4.75-5	5.6	0.151	884	0.985	0.069	0.166	2.43	100
5-5.32	6	0.138	898	0.991	0.061	0.151	2.278	100
5.32-5.73	6.5	0.134	884	0.992	0.057	0.145	2.307	99.9
5.73-6.3	6.3	0.128	896	0.991	0.055	0.14	2.248	100
6.3-7.21	5.7	0.098	904	0.995	0.045	0.108	2.768	99.9
7.21-9.08	5.4	0.063	911	0.996	0.03	0.07	3.163	99.2
9.08-50	4.7	0.049	953	0.996	0.025	0.055	3.808	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F3F

4f3f

解像度: 3.38→44.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 85.447 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2676	851	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2296	-	-	-
obs	0.2315	16652	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 272.6 Å² / B_iso mean: 118.853 Å² / B_iso min: 78.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.26 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.38→44.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5216	0	28	0	5244
B_iso mean	-	-	199.21	-	-
残基数	-	-	-	-	717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.14	1.645	7356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.093	1.577	11060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.609	5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.672	24.126	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.068	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.63	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1151

LS精密化シェル

解像度: 3.38→3.465 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	65	-
R_work	0.38	1072	-
obs	-	-	86.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8465	-0.3226	-0.5496	2.1136	0.7308	1.3104	-0.0606	0.0959	-0.0578	-0.0894	-0.1741	-0.0768	-0.2896	0.136	0.2347	0.3199	-0.019	0.0295	0.3217	0.0547	0.5333	-29.3227	-29.6791	37.583
2	0.4479	0.4004	-0.4198	3.6403	-1.8438	6.0428	-0.0287	-0.4342	0.3199	-0.2903	0.048	-0.0971	0.0076	-0.2801	-0.0193	0.0368	0.0339	0.0649	0.5819	-0.2272	0.6505	-36.1595	-21.3528	72.3703
3	1.806	0.8463	-0.8742	2.0256	-1.3308	3.6913	-0.5018	-0.0556	-0.3081	-0.4473	0.0787	-0.2768	0.2535	-0.0731	0.4231	0.2661	-0.0448	0.1343	0.2254	-0.1001	0.6271	-35.1653	-50.3807	43.9882
4	2.4718	-1.5012	-0.9448	5.4062	0.2964	0.6204	-0.0372	-0.3695	0.122	-0.3895	-0.0621	0.0814	0.0908	-0.1403	0.0992	0.0706	-0.0087	0.0059	0.5167	-0.0657	0.5772	-48.9795	-30.914	67.6936
5	2.3913	-1.0451	-1.1636	7.6492	0.7145	4.1187	-0.139	-0.0759	0.1632	0.2692	-0.1382	-0.127	0.2836	-0.1666	0.2773	0.5777	0.0344	-0.0761	0.1925	0.148	0.2491	-20.2415	10.7042	-21.2692
6	0.0316	-0.1173	-0.3642	5.8595	0.1094	7.7735	-0.084	-0.0157	-0.0411	0.0593	-0.4595	-0.0036	-0.3289	0.3316	0.5436	0.5714	0.0571	0.0344	0.1717	0.1953	0.4184	-16.3284	-6.3566	-14.1527
7	0.4556	0.4505	0.2476	4.4338	-2.4386	2.0465	0.1446	-0.0988	0.1783	-0.1177	-0.3071	-0.1493	0.2058	0.104	0.1625	0.5052	0.0887	0.1816	0.2638	0.1252	0.4516	-17.8438	-26.3658	-1.384
8	0.1193	-0.3044	0.1614	2.613	-1.8919	5.06	0.0358	0.0137	0.1306	-0.2489	-0.3317	0.0549	0.4044	-0.1177	0.2959	0.7178	-0.0873	0.1395	0.2229	-0.0987	0.2932	-30.5628	-46.5555	14.0654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	109 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	120 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	299 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	M	361 - 404
7	X-RAY DIFFRACTION	7	M	415 - 509
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	510 - 593

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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