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- PDB-8cyf: WhiB3 bound to SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cyf
タイトルWhiB3 bound to SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera and DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
  • RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/Transferase / redox sensor / transcriptional factor / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host redox environment / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / iron-sulfur cluster binding / sigma factor activity / regulation of lipid metabolic process / protein-disulfide reductase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall ...response to host redox environment / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / iron-sulfur cluster binding / sigma factor activity / regulation of lipid metabolic process / protein-disulfide reductase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / cell redox homeostasis / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Wan, T. / Zhang, L.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM138157-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CLP 1846908 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of DNA binding by the WhiB-like transcription factor WhiB3 in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Wan, T. / Horova, M. / Khetrapal, V. / Li, S. / Jones, C. / Schacht, A. / Sun, X. / Zhang, L.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
B: RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5656
ポリマ－34,0764
非ポリマー4892
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.697, 72.934, 95.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3


分子量: 11630.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Full WhiB3 sequence was used for crystallization, the N- and C- terminal residues are not visible due to flexibility.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: whiB3, Rv3416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WF41
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor, DNA-directed RNA polymerase subunit beta chimera,DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 12650.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last 82 residues in the C-terminal of the primary sigma factor was fused with the flap tip helix (T815-A829) from RNA polymerase beta subunit, with six histidine tag in the N-terminal,The ...詳細: The last 82 residues in the C-terminal of the primary sigma factor was fused with the flap tip helix (T815-A829) from RNA polymerase beta subunit, with six histidine tag in the N-terminal,The last 82 residues in the C-terminal of the primary sigma factor was fused with the flap tip helix (T815-A829) from RNA polymerase beta subunit, with six histidine tag in the N-terminal
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: sigA, ERS007670_01286, ERS007681_03833, ERS007688_01862
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A654TMB9, UniProt: A1KGE7, DNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4993.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA sequence from WhiB7 promoter / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4802.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA sequence from WhiB7 promoter / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / 解説: Large diamond-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Ca(Ac)2, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 10%~13% PEG8000
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Collected under liquid nitrogen stream
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 13547 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 66.33 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 617 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.912 / Rpim(I) all: 1.441 / Rrim(I) all: 0.508 / Χ2: 0.469 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8CWR

8cwr


解像度: 2.44→38.15 Å / SU ML: 0.3954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.0463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 673 4.99 %
Rwork0.2224 12803 -
obs0.2238 13476 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 650 13 3 1974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01752069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.22752924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2125321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0115268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.0476833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.630.42561170.3852431X-RAY DIFFRACTION95.83
2.63-2.90.30251550.27982514X-RAY DIFFRACTION99.55
2.9-3.320.28631420.26722556X-RAY DIFFRACTION99.85
3.32-4.180.23841190.2152607X-RAY DIFFRACTION99.85
4.18-38.150.22331400.1912695X-RAY DIFFRACTION99.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.974380955951.875456873170.9637620231826.435561720480.4683826857656.198520405430.181949957002-0.556749091043-0.1531440423120.265735636789-0.2042414688620.2969854822650.0267046305833-0.285302907206-0.01000172469870.4404496464560.02567030302050.03931950164260.352726575660.02763993166560.43845158566216.130252032225.06497907828.9010176596
24.076659929781.495600376010.3967578324495.274973716670.02696496918482.756472323890.1322512003530.002713408451390.8155303743570.001528095284030.1045034569020.856280398198-0.448633428204-0.595501918958-0.1859191650470.5523687609380.1190610289980.06472505104480.5034385881020.09965858759780.64835360716117.218404645742.781112180218.2608430092
31.6161318604-1.54880528896-0.4518664017953.86367944195-2.236648997853.09438041880.269075801098-0.156694507867-0.3211618354250.270650728908-0.235937495063-0.0928420487576-0.404796934353-0.734255135604-0.05043991692320.588535836714-0.0670892058836-0.1170621272270.7836515768930.02965226868520.61276649102540.168035327731.222454530833.4165909368
41.95429570801-1.202524498241.708578263795.079819490610.5728989540053.971705828510.172281669155-0.520482504575-0.3746791570530.8546012436320.344212390642-0.2226382190460.2642178232090.926767785134-0.5401118093610.636766921976-0.00111063534083-0.09500385368021.040910933030.02531697918270.67217307221341.479962396234.259183442635.3906567184
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 16 through 90)AA16 - 901 - 75
22(chain 'B' and resid 450 through 546)BC450 - 5461 - 89
33(chain 'C' and resid 1 through 16)CE1 - 16
44(chain 'D' and resid 1 through 16)DF1 - 16

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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