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万見
- PDB-8cwr: Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cwr
タイトルComplex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group R3
要素
  • RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
キーワードTRANSCRIPTION / redox sensor / transcriptional factor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host redox environment / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / response to water / dinitrosyl-iron complex binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / sigma factor activity / iron-sulfur cluster binding / regulation of lipid metabolic process / protein-disulfide reductase activity ...response to host redox environment / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / response to water / dinitrosyl-iron complex binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / sigma factor activity / iron-sulfur cluster binding / regulation of lipid metabolic process / protein-disulfide reductase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3 / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wan, T. / Zhang, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM138157-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CLP 1846908 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of DNA binding by the WhiB-like transcription factor WhiB3 in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Wan, T. / Horova, M. / Khetrapal, V. / Li, S. / Jones, C. / Schacht, A. / Sun, X. / Zhang, L.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7619
ポリマ－22,9192
非ポリマー8427
水1,892105
1
A: Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
ヘテロ分子

A: Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
ヘテロ分子

A: Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
B: RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,28327
ポリマ－68,7576
非ポリマー2,52621
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17350 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area26920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.809, 120.809, 31.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-601-

SO4

21B-601-

SO4

31B-605-

NI

41B-762-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3


分子量: 10268.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first five residues are not observed in the final structure
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: whiB3, Rv3416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WF41
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 12650.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 82 residues in the C-terminal of RNA polymerase sigma factor was fused with the flap tip helix (T815-A829) from RNA polymerase beta subunit, with six histidine tag at the N-terminus
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv
遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV, Rv2703, MTCY05A6.24, rpoB, Rv0667, MTCI376.08c
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGI1, UniProt: P9WGY9, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 112分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 % / 解説: Tiny triangle-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Collect under Liquid Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 27421 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 45.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 2.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2696 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.578 / Rrim(I) all: 2.239 / Χ2: 0.575 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000v1.0データ削減
HKL-3000v1.0データスケーリング
AutoSolv1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8CWT

8cwt


解像度: 1.5→34.87 Å / SU ML: 0.2003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.139
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Refined with Phenix.refine GUI. Both B-factors and individual B-factors are refined.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 1312 4.78 %Random selection
Rwork0.1828 26109 --
obs0.1843 27421 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 29 105 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28952185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.5233616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.36981370.30632888X-RAY DIFFRACTION98.86
1.56-1.630.28521630.2562877X-RAY DIFFRACTION99.8
1.63-1.720.23291660.22472876X-RAY DIFFRACTION99.87
1.72-1.830.26621020.20632954X-RAY DIFFRACTION99.71
1.83-1.970.24991460.19862919X-RAY DIFFRACTION99.74
1.97-2.170.19791490.18262880X-RAY DIFFRACTION99.9
2.17-2.480.20381600.18092902X-RAY DIFFRACTION99.8
2.48-3.130.21481360.19862920X-RAY DIFFRACTION99.87
3.13-34.870.19771530.16062893X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.725040575771.02909620582-0.1718301526047.11572604225-0.1344394594584.614810626980.0516628845977-0.2019667236220.3344065617680.0645028684854-0.2016714403810.875304439644-0.20324807037-0.3503350584740.004530291906080.269596813962-0.033855208604-0.03317378459210.382808284827-0.08741609308530.377022678294-31.7699505699-14.71954165225.03040149147
21.2975713821.09992912344-0.2352404581841.86112989364-0.02375010299311.24386746340.01967975060920.0376189248338-0.02007150779110.1361543353020.01849494144310.06524709517360.196763508928-0.148360196858-0.03343990136810.206595633249-0.0139428158844-0.002887513691940.211197201398-0.01383905053370.152672136863-13.9619884505-9.4648204011214.449573594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 6 through 90)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 439 through 547)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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