PDB-8cx3: Crystal structure of full-length mesothelin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cx3

タイトル

Crystal structure of full-length mesothelin

要素

Isoform 4 of Mesothelin

キーワード

CELL ADHESION / Mesothelin

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / cell surface / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.609 Å

データ登録者

Zhan, J. / Esser, L. / Xia, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cancer Res Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of Cancer Antigen Mesothelin and Its Complexes with Therapeutic Antibodies.
著者: Zhan, J. / Lin, D. / Watson, N. / Esser, L. / Tang, W.K. / Zhang, A. / Liu, X. / Hassan, R. / Gleinich, A. / Shajahan, A. / Azadi, P. / Pastan, I. / Xia, D.

履歴

登録	2022年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_ens Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cx3.cif.gz	774.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cx3.ent.gz	505.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cx3_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cx3_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cx3_validation.xml.gz	52.8 KB	表示
CIF形式データ	8cx3_validation.cif.gz	68.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u9jC 7uedSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 4 of Mesothelin

B: Isoform 4 of Mesothelin

C: Isoform 4 of Mesothelin

D: Isoform 4 of Mesothelin

E: Isoform 4 of Mesothelin

F: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Isoform 4 of Mesothelin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	197.171, 279.324, 170.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.091, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Isoform 4 of Mesothelin / CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor 分子量: 35261.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13421

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 15分子

#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 9.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 86.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.9-1.1 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.89197 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.89197 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.3176
pseudo-merohedral	2	2	1/2H-1/2K+L, -3/2H-1/2K-L, -L	2	0.3291
pseudo-merohedral	3	3	1/2H+1/2K+L, 3/2H-1/2K+L, -L	3	0.2979
pseudo-merohedral	4	4	H, -K, -H-L	4	0.0554

反射

解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 78378 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 4.87

反射シェル

解像度: 3.6→3.73 Å / R_merge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 6674 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7UED

7ued

解像度: 3.609→49.292 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.237 / SU B: 29.87 / SU ML: 0.234 / Average fsc free: 0.9647 / Average fsc work: 0.9714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3105	3948	5.062 %
R_work	0.2908	74040	-
all	0.292	-	-
obs	-	77988	91.046 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 128.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.781 Å²	-0 Å²	13.9 Å²
2-	-	2.742 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.609→49.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11757	0	203	0	11960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	12222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.797	1.646	16609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.264	1.557	26645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.687	5	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.916	10	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.252	10	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	9.595	10	515
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	11172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	6164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	3.901	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.457	3.901	5934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.843	5.848	7407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.843	5.848	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.278	3.934	6288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.278	3.934	6289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.523	5.895	9202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.523	5.895	9203
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.93	49.116	14092
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.93	49.116	14092

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.609-3.7	0.472	227	0.461	4264	0.461	6146	0.974	0.98	73.0719	0.439
3.7-3.798	0.442	221	0.426	4646	0.427	6066	0.971	0.971	80.2341	0.397
3.798-3.904	0.376	230	0.387	4697	0.387	5792	0.971	0.975	85.0656	0.352
3.904-4.019	0.346	329	0.366	4529	0.364	5664	0.977	0.976	85.7698	0.327
4.019-4.145	0.324	232	0.335	4702	0.335	5539	0.978	0.976	89.0774	0.294
4.145-4.284	0.351	218	0.319	4660	0.321	5390	0.973	0.977	90.5009	0.275
4.284-4.438	0.333	239	0.316	4404	0.317	5097	0.974	0.979	91.0928	0.265
4.438-4.61	0.318	281	0.307	4321	0.308	5016	0.972	0.976	91.7464	0.261
4.61-4.803	0.305	238	0.281	4312	0.282	4799	0.975	0.979	94.8114	0.234
4.803-5.023	0.301	237	0.272	4171	0.273	4611	0.977	0.98	95.5975	0.225
5.023-5.277	0.297	177	0.282	3975	0.283	4334	0.966	0.974	95.8006	0.237
5.277-5.572	0.362	172	0.264	3861	0.268	4178	0.953	0.975	96.5294	0.219
5.572-5.924	0.262	175	0.284	3621	0.283	3941	0.972	0.972	96.3207	0.236
5.924-6.353	0.275	178	0.291	3421	0.29	3690	0.971	0.966	97.5339	0.24
6.353-6.89	0.277	202	0.265	3153	0.266	3403	0.96	0.964	98.5895	0.219
6.89-7.592	0.199	163	0.206	2945	0.206	3159	0.975	0.972	98.3856	0.183
7.592-8.563	0.249	146	0.218	2653	0.22	2827	0.957	0.964	99.0096	0.201
8.563-10.037	0.193	99	0.203	2356	0.202	2462	0.972	0.981	99.7157	0.196
10.037-12.687	0.255	93	0.236	1939	0.237	2036	0.948	0.953	99.8035	0.232
12.687-20.002	0.371	91	0.262	1410	0.268	1508	0.788	0.852	99.5358	0.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2444	-1.4131	1.1254	1.9639	-0.5658	0.9509	-0.1074	-0.1783	0.1966	0.0623	0.0011	-0.2002	-0.0032	-0.0099	0.1063	0.7936	0.0238	-0.2449	0.4604	-0.0389	1.1015	36.515	160.2941	87.3873
2	0.7164	-0.1443	-0.2684	3.3563	-0.2899	0.3666	0.2463	-0.1508	0.0629	0.2337	-0.1335	-0.0366	0.1358	-0.2322	-0.1128	0.7565	-0.2791	-0.3211	0.5136	-0.1208	1.2139	-6.805	69.6676	57.1311
3	2.75	0.6095	0.8462	0.4676	-0.2814	0.9493	-0.2262	0.0245	-0.0586	-0.0511	0.1467	-0.0708	-0.212	-0.2397	0.0795	0.9018	0.1381	-0.4204	0.8465	-0.0673	1.0184	80.1826	68.5496	117.515
4	0.639	-0.7266	-0.0854	1.5426	-0.1015	0.2637	0.4188	-0.1429	0.0309	-0.5938	-0.0698	0.1958	-0.2961	-0.2317	-0.349	1.446	0.2529	-0.2852	0.9405	0.1493	1.3518	95.1239	103.3966	107.3873
5	2.5659	-0.9394	1.2391	0.4722	-0.4669	0.7409	-0.0924	-0.1546	0.3058	0.1532	-0.1905	0.087	0.0534	0.2158	0.2828	1.0272	-0.2277	-0.5088	1.0264	0.103	1.3099	25.2598	47.8032	57.9759
6	0.8483	0.9715	0.8261	1.4667	1.2499	1.3926	-0.3296	0.4845	-0.43	0.2779	0.4183	-0.3963	0.0316	-0.0762	-0.0887	1.5351	-0.216	-0.1361	0.9405	-0.3333	2.1539	19.6768	148.649	55.2009

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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