PDB-8cvb: Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cvb

タイトル

Structure of Hyoscyamine 6-beta Hydroxylase in complex with iron, 2-oxoglutarate, and 6-OH-hyoscyamine

要素

Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxacyclase / scopolamine /

epoxide (エポキシド)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒヨスチアミン (6S)-ジオキシゲナーゼ /

hyoscyamine (6S)-dioxygenase activity / coumarin biosynthetic process / response to molecule of fungal origin /

L-ascorbic acid binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Atropa belladonna (ベラドンナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.532 Å

データ登録者

Wenger, E.W. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the H6H cyclization reactant complex
著者: Wenger, E.S. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. / Krebs, C.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cvb.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cvb.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/8cvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.801, 79.329, 55.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.994, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hyoscyamine 6-beta-hydroxylase 分子量: 42632.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atropa belladonna (ベラドンナ) / 遺伝子: AbH6H, h6h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9XJ43, ヒヨスチアミン (6S)-ジオキシゲナーゼ

-
非ポリマー , 7種, 330分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-OVR / (1R,3S,5R,6S)-6-hydroxy-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl (2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoate / アニソダミン分子量: 305.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 % / 解説: Bar
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium formate, strontium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月10日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 54702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.93 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2733 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.157 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TTM

6ttm

解像度: 1.532→43.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.222 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	2694	4.925 %
R_work	0.1826	52008	-
all	0.184	-	-
obs	-	54702	99.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	-0.001 Å²
2-	-	0.003 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.532→43.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2578	0	82	311	2971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.15	1.656	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.201	1.578	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.59	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.5	24.803	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.033	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.667	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.076	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.124	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.074	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.706	1.401	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.705	1.404	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2.095	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.272	2.096	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.836	1.556	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.836	1.553	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.372	2.248	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.372	2.251	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.17	17.866	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.937	17.152	2934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.532-1.572	0.235	218	0.214	3757	X-RAY DIFFRACTION	99.0284
1.572-1.615	0.212	215	0.195	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.615-1.662	0.269	205	0.203	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.662-1.713	0.211	169	0.198	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.713-1.769	0.22	160	0.193	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.769-1.831	0.203	168	0.193	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.831-1.9	0.212	183	0.191	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.977	0.222	147	0.195	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.977-2.065	0.198	156	0.185	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.166	0.184	156	0.183	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.283	0.195	130	0.179	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9644
2.283-2.421	0.187	98	0.178	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.587	0.201	109	0.179	2388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.794	0.185	140	0.181	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-3.06	0.215	106	0.19	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.42	0.207	93	0.178	1865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.946	0.206	73	0.168	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.946-4.826	0.141	63	0.152	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
4.826-6.796	0.212	61	0.18	1078	X-RAY DIFFRACTION	100
6.796-43.61	0.26	44	0.189	612	X-RAY DIFFRACTION	99.0937

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