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- PDB-8cty: 12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNase-H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cty
タイトル12-mer DNA structure of ExBIM bound to RNase-H
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
  • Ribonuclease H
キーワードDNA / alkylation / base stacking / DNA damage / H-bonding / O6-methyl-2'-deoxyguanosine / ExBIM
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA160032 米国
引用ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2022
タイトル: Conformation and Pairing Properties of an O 6 -Methyl-2'-deoxyguanosine-Directed Benzimidazole Nucleoside Analog in Duplex DNA.
著者: Kellum Jr., A.H. / Pallan, P.S. / Nilforoushan, A. / Sturla, S.J. / Stone, M.P. / Egli, M.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: Ribonuclease H
C: Ribonuclease H
D: Ribonuclease H
E: Ribonuclease H
F: Ribonuclease H
G: Ribonuclease H
H: Ribonuclease H
I: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,50436
ポリマ－152,95914
非ポリマー1,54522
水4,774265
1
F: Ribonuclease H
M: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,45710
ポリマ－40,1004
非ポリマー3576
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
2
B: Ribonuclease H
C: Ribonuclease H
G: Ribonuclease H
I: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,21716
ポリマ－56,4295
非ポリマー78711
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ribonuclease H
K: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

D: Ribonuclease H

H: Ribonuclease H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,83010
ポリマ－56,4295
非ポリマー4005
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.976, 65.834, 95.723
Angle α, β, γ (deg.)84.540, 88.200, 62.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 14分子 ABCDEFGHIJKLMN

#1: タンパク質
Ribonuclease H / RNase H


分子量: 16329.478 Da / 分子数: 8 / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
遺伝子: rnhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(OWR)P*GP*CP*G)-3')


分子量: 3720.485 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 287分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH = 7.5, 10% v/v 2-propanol and 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.73 Å / Num. obs: 61160 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.043 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5899 / CC1/2: 0.386 / Rpim(I) all: 0.683 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EY1

3ey1


解像度: 2.3→32.73 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 3113 5.13 %
Rwork0.1958 57531 -
obs0.1989 60644 97.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.14 Å2 / Biso mean: 42.7127 Å2 / Biso min: 18.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→32.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8517 1382 99 265 10263
Biso mean--47.01 42.22 -
残基数----1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00214261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2271790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.330.34631380.29522351248986
2.33-2.370.33621440.28212512265694
2.37-2.410.34191500.26562578272895
2.41-2.460.30861590.26612552271196
2.46-2.50.32511560.25482607276397
2.5-2.550.28721380.25162585272397
2.55-2.610.29161650.24392633279897
2.61-2.670.31951520.23682576272897
2.67-2.740.32321810.2322564274597
2.74-2.810.31811780.24072595277397
2.81-2.890.30161860.23042570275698
2.89-2.990.34331500.22452660281098
2.99-3.090.30941150.21212694280998
3.09-3.220.32271040.19942655275998
3.22-3.360.26551310.19172655278699
3.36-3.540.25541140.18882692280699
3.54-3.760.23421130.17082687280099
3.76-4.050.2036940.16292725281999
4.05-4.460.2391480.15722634278299
4.46-5.10.1729900.15382731282199
5.1-6.420.22361590.1842647280699
6.42-32.730.18781480.17422628277698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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