PDB-8cqt: Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cqt

タイトル

Flavin mononucleotide-dependent nitroreductase B.thetaiotaomicron (BT_1316)

要素

Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / flavin mononucleotide dependent / NADH dehydrogenase

機能・相同性

Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Blaha, J. / Adam, L. / Beckham, K.S.H. / Chojnowski, G. / Wilmanns, M. / Zimmermann, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the diversity of nitroreductase enzymes in Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Blaha, J. / Adam, L. / Gratzl, S. / Chojnowski, G. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Zimmermann, M. / Beckham, K.S.H. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cqt.cif.gz	342.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cqt.ent.gz	213.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cqt_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cqt_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cqt_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	8cqt_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqsC 8cquC 8cqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.626, 65.333, 90.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 179 / Label seq-ID: 4 - 179

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative NADH dehydrogenase/NAD(P)H nitroreductase 分子量: 19895.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_1316 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A858
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2 / 詳細: 20% (v/v) PEG 1000, 0.1M citrate phosphate buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→90.54 Å / Num. obs: 17692 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.07-90.54	20.2	0.069	311	0.999	0.02	0.072
2.2-2.27	26.7	0.387	1518	0.989	0.106	0.402

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021 (BUILT 20210323)	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q8A858-F1

解像度: 2.2→52.981 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.283 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	854	4.843 %
R_work	0.1664	16778	-
all	0.169	-	-
obs	-	17632	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.755 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.396 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.359 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2564	0	64	119	2747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.879	1.652	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.605	1.575	6053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.863	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.562	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.307	10	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.616	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.202	2.355	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.202	2.355	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.496	3.508	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.495	3.508	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.648	3.056	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.651	3.058	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.171	4.268	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.169	4.267	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.604	45.967	10566
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.595	45.913	10511
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	4754

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11522	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11522	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.231	72	0.151	1209	0.156	1284	0.977	0.987	99.7664	0.131
2.257-2.319	0.2	64	0.16	1180	0.162	1245	0.98	0.985	99.9197	0.14
2.319-2.386	0.272	59	0.161	1147	0.167	1208	0.96	0.984	99.8344	0.142
2.386-2.459	0.276	55	0.188	1128	0.192	1183	0.956	0.979	100	0.164
2.459-2.54	0.253	55	0.174	1099	0.178	1154	0.964	0.982	100	0.157
2.54-2.629	0.207	49	0.164	1043	0.166	1093	0.98	0.984	99.9085	0.148
2.629-2.728	0.186	52	0.155	1036	0.157	1088	0.981	0.986	100	0.141
2.728-2.839	0.176	41	0.145	992	0.146	1034	0.98	0.988	99.9033	0.134
2.839-2.965	0.189	42	0.151	946	0.153	989	0.98	0.986	99.8989	0.14
2.965-3.109	0.27	48	0.171	911	0.176	960	0.959	0.982	99.8958	0.162
3.109-3.276	0.206	43	0.177	855	0.179	900	0.973	0.982	99.7778	0.171
3.276-3.474	0.261	40	0.178	823	0.183	864	0.961	0.982	99.8843	0.173
3.474-3.713	0.184	41	0.168	773	0.169	814	0.984	0.984	100	0.167
3.713-4.009	0.199	45	0.165	719	0.167	764	0.979	0.984	100	0.165
4.009-4.389	0.151	32	0.145	668	0.146	701	0.986	0.987	99.8573	0.153
4.389-4.903	0.223	35	0.14	605	0.144	640	0.976	0.988	100	0.15
4.903-5.653	0.235	26	0.164	561	0.167	588	0.975	0.984	99.8299	0.172
5.653-6.904	0.314	22	0.197	467	0.201	489	0.943	0.978	100	0.2
6.904-9.682	0.143	20	0.168	384	0.167	404	0.985	0.981	100	0.183
9.682-52.981	0.489	13	0.265	232	0.275	245	0.836	0.949	100	0.301

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4485	-0.28	0.1231	0.5875	0.0926	0.1044	-0.0045	-0.0182	0.0667	-0.0118	-0.0247	-0.0106	-0.0013	-0.0205	0.0291	0.0329	-0.0026	-0.0117	0.0077	-0.0084	0.0207	0.413	-0.9697	6.7107
2	0.8725	-0.6089	0.545	0.575	-0.3661	0.3966	-0.0753	-0.0481	0.1299	0.0483	-0.0109	-0.1185	0.0044	-0.0439	0.0862	0.0539	-0.004	-0.002	0.0168	-0.0007	0.026	15.0812	-10.3404	17.9465

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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