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- PDB-8cqf: Crystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cqf
タイトルCrystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromonas Haloplanktis Complexed with Rearranged Acarbose
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Alpha-Amylase / Chimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Skagseth, S. / Griese, J.J. / Lund, B.A. / van der Ent, F. / Aqvist, J.
資金援助 スウェーデン, ノルウェー, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-04170 スウェーデン
Swedish Research Council2022-03441 スウェーデン
Research Council of Norway262695 ノルウェー
Research Council of Norway274858 ノルウェー
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Computational design of the temperature optimum of an enzyme reaction.
著者: van der Ent, F. / Skagseth, S. / Lund, B.A. / Socan, J. / Griese, J.J. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9649
ポリマ－49,2251
非ポリマー2,7398
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.597, 81.071, 129.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-amylase / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase


分子量: 49224.996 Da / 分子数: 1
変異: A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)
遺伝子: amy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1,5-anhydro-D-glucitol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 467.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[h2122h_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 807.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-2-1-1/a4-b1_b4n2-c1n1*1OC^RC^RC^SC^SN*2/6C=^ZCCO/10$3/5O/4O_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][non_ch_ring]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 301分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M BisTris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.69 Å / Num. obs: 84778 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 25013 / CC1/2: 0.471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→38.69 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2077 2.45 %
Rwork0.1687 --
obs0.1694 84778 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3459 0 182 297 3938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2045140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.018504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.36681390.29485520X-RAY DIFFRACTION96
2.1-2.150.31631400.27685669X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.210.26291420.24275699X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.270.2471430.24245622X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.340.30341410.22195636X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.430.2481460.20795660X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.520.23691430.20425601X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.640.2691360.1925563X-RAY DIFFRACTION97
2.64-2.780.21891380.18935537X-RAY DIFFRACTION96
2.78-2.950.2271340.18125200X-RAY DIFFRACTION91
2.95-3.180.19641330.16345305X-RAY DIFFRACTION93
3.18-3.50.17131360.15685505X-RAY DIFFRACTION97
3.5-4.010.14591420.12075479X-RAY DIFFRACTION96
4.01-5.050.15631340.11615402X-RAY DIFFRACTION94
5.05-38.690.15171300.15955303X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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