PDB-8cqg: Crystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cqg

タイトル

Crystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromonas Haloplanktis

要素

Alpha-amylase

キーワード

HYDROLASE / APO / Alpha-Amylase / Chimeric

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Skagseth, S. / Lund, B.A. / Griese, J.J. / van der Ent, F. / Aqvist, J.

資金援助

スウェーデン,

ノルウェー, 4件

組織	認可番号	国
Swedish Research Council	2018-04170	スウェーデン
Swedish Research Council	2022-03441	スウェーデン
Research Council of Norway	262695	ノルウェー
Research Council of Norway	274858	ノルウェー

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Computational design of the temperature optimum of an enzyme reaction.
著者: van der Ent, F. / Skagseth, S. / Lund, B.A. / Socan, J. / Griese, J.J. / Brandsdal, B.O. / Aqvist, J.

履歴

登録	2023年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cqg.cif.gz	186.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cqg.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cqg_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cqg_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	8cqg_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	8cqg_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (10) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Alpha-amylase

ヘテロ分子

50 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.879, 80.930, 128.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-amylase / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase 分子量: 49230.035 Da / 分子数: 1 変異: A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア) 遺伝子: amy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M BisTris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→68.48 Å / Num. obs: 74537 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 3893 / CC_1/2: 0.363

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→68.48 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	3725	5 %
R_work	0.1765	-	-
obs	0.1779	74431	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→68.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3457	0	43	396	3896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	4957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.332	509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.76	0.4342	129	0.4002	2437	X-RAY DIFFRACTION	94
1.76-1.78	0.3463	136	0.3439	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.356	138	0.2973	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.3073	131	0.2661	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2685	124	0.2419	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.258	120	0.2307	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2828	132	0.2324	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2426	125	0.2405	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.295	142	0.2486	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.2511	147	0.2365	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.2475	161	0.2092	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2425	142	0.1927	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.2147	121	0.1712	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.1985	132	0.174	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.28	0.1783	142	0.1692	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.34	0.2041	141	0.17	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.2206	134	0.1767	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.2295	134	0.1834	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.61	0.1846	146	0.1745	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.72	0.2084	153	0.1686	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.87	0.2287	149	0.1678	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.1868	138	0.1695	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.28	0.2068	152	0.1773	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.61	0.1416	120	0.1581	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.14	0.1685	142	0.1333	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-5.21	0.1639	142	0.1339	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-68.48	0.2309	152	0.2073	2823	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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