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- PDB-8cn3: hDLG1-PDZ2 in complex with a TAX1 peptide from HTLV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cn3
タイトルhDLG1-PDZ2 in complex with a TAX1 peptide from HTLV-1
要素
  • (Disks large homolog 1) x 2
  • GLU-THR-GLU-VAL
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / HTLV-1 / Tax-1 / hDLG1 / PBM / protein protein interaction (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / hard palate development / establishment of centrosome localization / negative regulation of p38MAPK cascade ...regulation of voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / hard palate development / establishment of centrosome localization / negative regulation of p38MAPK cascade / guanylate kinase activity / cortical microtubule organization / regulation of sodium ion transmembrane transport / NrCAM interactions / embryonic skeletal system morphogenesis / astral microtubule organization / structural constituent of postsynaptic density / lateral loop / reproductive structure development / myelin sheath abaxonal region / immunological synapse formation / 蠕動 / Synaptic adhesion-like molecules / cell projection membrane / smooth muscle tissue development / bicellular tight junction assembly / positive regulation of potassium ion transport / ランヴィエの絞輪 / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / protein-containing complex localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / amyloid precursor protein metabolic process / endothelial cell proliferation / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / lens development in camera-type eye / regulation of myelination / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / cortical actin cytoskeleton organization / branching involved in ureteric bud morphogenesis / establishment or maintenance of cell polarity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of actin filament polymerization / receptor clustering / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / phosphoprotein phosphatase activity / 長期増強 / 免疫シナプス / 基底膜 / 介在板 / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / potassium channel regulator activity / phosphatase binding / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / actin filament polymerization / regulation of membrane potential / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / synaptic membrane / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / postsynaptic density membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 接着結合 / 筋鞘 / neuromuscular junction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytoplasmic side of plasma membrane / 細胞接着 / kinase binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / 細胞結合 / regulation of cell shape / chemical synaptic transmission / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / 微小管 / transmembrane transporter binding / molecular adaptor activity / neuron projection / cadherin binding / 脂質ラフト / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors ...L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / SH3ドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human T-cell lymphotrophic virus type 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Maseko, S. / Sogues, A. / Volkov, A. / Remaut, H. / Twizere, J.C.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)40011260 ベルギー
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2023
タイトル: Identification of small molecule antivirals against HTLV-1 by targeting the hDLG1-Tax-1 protein-protein interaction.
著者: Maseko, S.B. / Brammerloo, Y. / Van Molle, I. / Sogues, A. / Martin, C. / Gorgulla, C. / Plant, E. / Olivet, J. / Blavier, J. / Ntombela, T. / Delvigne, F. / Arthanari, H. / El Hajj, H. / ...著者: Maseko, S.B. / Brammerloo, Y. / Van Molle, I. / Sogues, A. / Martin, C. / Gorgulla, C. / Plant, E. / Olivet, J. / Blavier, J. / Ntombela, T. / Delvigne, F. / Arthanari, H. / El Hajj, H. / Bazarbachi, A. / Van Lint, C. / Salehi-Ashtiani, K. / Remaut, H. / Ballet, S. / Volkov, A.N. / Twizere, J.C.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 1
B: Disks large homolog 1
C: GLU-THR-GLU-VAL
D: GLU-THR-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7174
ポリマ－25,7174
非ポリマー00
水34219
1
A: Disks large homolog 1
C: GLU-THR-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8582
ポリマ－12,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
2
B: Disks large homolog 1
D: GLU-THR-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8602
ポリマ－12,8602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area4960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.349, 53.569, 61.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Disks large homolog 1 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97 / SAP97 / hDlg


分子量: 12381.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12959
#2: タンパク質 Disks large homolog 1 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97 / SAP97 / hDlg


分子量: 12383.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12959
#3: タンパク質・ペプチド GLU-THR-GLU-VAL


分子量: 476.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human T-cell lymphotrophic virus type 1 (strain ATK) (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.075M (NH4)2SO4, 24% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.706→40.26 Å / Num. obs: 4059 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 33.15 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.706→2.824 Å / Num. unique obs: 203 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.367

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→40.26 Å / SU ML: 0.2956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 197 4.86 %
Rwork0.1865 3856 -
obs0.1901 4053 67.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 0 19 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21451846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0709227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.882189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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