PDB-8cms: OTUB2 in covalent complex with LN5P45

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cms

タイトル

OTUB2 in covalent complex with LN5P45

要素

Ubiquitin thioesterase OTUB2

キーワード

HYDROLASE / Chemical modification / ubiquitin / deubiquitinase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of double-strand break repair / protein K11-linked deubiquitination / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / protein deubiquitination / ubiquitin binding / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / proteolysis / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Gan, J. / de Vries, J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Cellular Validation of a Chemically Improved Inhibitor Identifies Monoubiquitination on OTUB2.
著者: Gan, J. / de Vries, J. / Akkermans, J.J.L.L. / Mohammed, Y. / Tjokrodirijo, R.T.N. / de Ru, A.H. / Kim, R.Q. / Vargas, D.A. / Pol, V. / Fasan, R. / van Veelen, P.A. / Neefjes, J. / van Dam, H. ...

履歴

登録	2023年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cms.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cms.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cms_validation.pdf.gz	680.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cms_full_validation.pdf.gz	682.6 KB	表示
XML形式データ	8cms_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	8cms_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin thioesterase OTUB2

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry, Single compound bound to active site cysteine (confirmed with mutant)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.650, 45.250, 58.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ubiquitin thioesterase OTUB2 / Deubiquitinating enzyme OTUB2 / OTU domain-containing ubiquitin aldehyde-binding protein 2 / ...Deubiquitinating enzyme OTUB2 / OTU domain-containing ubiquitin aldehyde-binding protein 2 / Otubain-2 / Ubiquitin-specific-processing protease OTUB2 分子量: 27405.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OTUB2, C14orf137, OTB2, OTU2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96DC9, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-V2X / (1~{S},2~{S})-~{N}'-ethanoyl-2-(3-methylphenyl)cyclopropane-1-carbohydrazide 分子量: 232.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 %v/v 2-Propanol 13 %w/v PEG 4K 0.1 M HEPES pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→47.43 Å / Num. obs: 24095 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 1.295 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1360 / CC_1/2: 0.338 / R_pim(I) all: 0.985 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→47.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.127 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	1229	5.103 %
R_work	0.2099	22853	-
all	0.212	-	-
obs	-	24082	99.591 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.805 Å²	0 Å²	-0.657 Å²
2-	-	-0.279 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→47.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1857	0	17	64	1938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.636	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.408	1.586	4071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.988	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.263	21.842	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.396	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	8.61	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.98	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.373	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.12	2.454	908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.103	2.452	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.186	3.675	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.18	3.674	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.399	2.966	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.398	2.968	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.37	4.275	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.368	4.278	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.628	29.126	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.633	29.108	2153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.816	0.4	88	0.371	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.6644
1.816-1.866	0.354	90	0.331	1610	X-RAY DIFFRACTION	99.8238
1.866-1.92	0.309	78	0.303	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.5297
1.92-1.979	0.301	99	0.29	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.5143
1.979-2.044	0.305	81	0.254	1479	X-RAY DIFFRACTION	99.7442
2.044-2.115	0.266	67	0.239	1453	X-RAY DIFFRACTION	99.2815
2.115-2.195	0.261	78	0.219	1393	X-RAY DIFFRACTION	99.8642
2.195-2.284	0.24	80	0.209	1361	X-RAY DIFFRACTION	99.6542
2.284-2.386	0.235	73	0.194	1296	X-RAY DIFFRACTION	99.7813
2.386-2.502	0.27	71	0.197	1225	X-RAY DIFFRACTION	99.8459
2.502-2.637	0.292	57	0.18	1204	X-RAY DIFFRACTION	99.5264
2.637-2.797	0.223	62	0.201	1094	X-RAY DIFFRACTION	99.7412
2.797-2.989	0.288	56	0.202	1053	X-RAY DIFFRACTION	99.5512
2.989-3.228	0.258	50	0.219	991	X-RAY DIFFRACTION	99.4269
3.228-3.535	0.256	54	0.202	890	X-RAY DIFFRACTION	99.7886
3.535-3.951	0.165	51	0.173	813	X-RAY DIFFRACTION	99.1963
3.951-4.558	0.178	35	0.155	727	X-RAY DIFFRACTION	99.4778
4.558-5.574	0.244	23	0.174	633	X-RAY DIFFRACTION	98.9442
5.574-7.846	0.29	24	0.232	491	X-RAY DIFFRACTION	99.4209
7.846-47.43	0.284	12	0.196	291	X-RAY DIFFRACTION	99.0196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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