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- PDB-8cma: SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-35 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cma
タイトルSARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-35 Fab
要素
  • BA.4/5-35 heavy chain
  • BA.4/5-35 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / BA.4 mAb / BA.5 mAb / RBD / BA.4/5-1 / BA.4/5-2 / BA.4/5-5 / Beta-49 / Omi-42 / BA.4/5-35 / VIRAL PROTEIN/Immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Emerging variants develop total escape from potent monoclonal antibodies induced by BA.4/5 infection.
著者: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / ...著者: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2023年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BA.4/5-35 heavy chain
E: Spike protein S1
L: BA.4/5-35 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3524
ポリマ－70,1303
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.782, 85.119, 56.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 BA.4/5-35 heavy chain


分子量: 23477.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22935.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 抗体 BA.4/5-35 light chain


分子量: 23717.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→48 Å / Num. obs: 13926 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 106.69 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.29→3.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 680 / CC1/2: 0.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.29→47.87 Å / SU ML: 0.5483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 680 4.91 %
Rwork0.2306 13160 -
obs0.2325 13840 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 124.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 14 0 4729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43736597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5691729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.540.36511140.3452550X-RAY DIFFRACTION94.91
3.54-3.90.30281420.2912615X-RAY DIFFRACTION99.53
3.9-4.460.28491510.24192667X-RAY DIFFRACTION99.72
4.46-5.620.25351410.20142626X-RAY DIFFRACTION98.79
5.62-47.870.23611320.19882702X-RAY DIFFRACTION98.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.98958925586-3.816001079262.014113422635.703892142290.1095078617941.77932909946-0.5984755759311.09775040234-1.26969386143-1.51289896166-0.00719230581206-0.1742502864070.708019551630.599076232119-0.450392932870.935167204288-0.2206749553070.1239488260431.59665508886-0.181978338491.49123096642-41.4398094679-16.5653706427-11.9572550848
26.175165404792.45616226302-2.046072594842.75504816082-0.6053491723850.882087234997-1.017653912350.613618236368-1.13254982716-0.8220679532620.935375514057-0.09604845582810.293872276340.6838646485320.2464438082761.07160505653-0.3424135071110.09145396623531.0054486343-0.2857416991161.09964597524-48.6245658275-17.9761693779-5.28275520538
33.700846868430.824391327276-2.250356536211.32333271016-0.9070579493132.94193364321-0.7396603143321.09322540720.97577396875-0.3364741669550.603628255060.176282849686-0.554485588482-0.05621289790170.06832738240761.3251541005-0.0914293458956-0.01681109509220.9569960018090.01839157564380.751952014232-51.2217499087-7.33568635632-4.20014150135
45.705538595960.6406922086531.376169807540.8026133560640.6374329023152.13135584646-0.5505816734960.896734834355-0.936263734015-0.5064122959031.015425258940.8051586544280.3100014725490.1706685797010.1652181632840.881476095404-0.3070806792010.05145347752060.92917601612-0.1284427802011.0305599812-47.5647923818-14.5730782865-5.88318729208
50.2497764297830.628286637673-0.4214599963031.59699614603-1.181998980370.816609964175-1.170008493041.97741947444-0.870797103617-0.3981638564751.18118069143-0.616883658168-0.0984500553515-0.5415599459120.1220162139531.16462011764-0.5835384777670.2122240408921.69616776712-0.4966446754250.943272014789-18.6676424769-1.87464149971-16.9570492486
62.107941231333.23439639861-1.428548397867.5567115685-3.141168196383.24397414602-1.765410743551.70709862603-2.66646223953-1.276161743290.21237832373-1.139973753791.99377743431-0.566729550817-4.038693888521.12081427759-0.5036741328220.2501066534431.26738163721-0.8293596435460.991861524178-12.5969314344-6.61447797318-15.1753465927
76.113250139270.990457017444-3.207317183643.706781063950.9486745068033.25612266270.6130191049421.064783159182.453883331730.572350362106-0.4914027104450.748642570061-0.16214232148-0.7330802746560.0122061088471.262731341220.03417807742010.0703423944961.43591697898-0.218700646642.15237874737-82.9460450494-6.9190585531820.5997746068
87.090526445090.221621070714-0.1767681020133.456374231360.0036557767065-0.02583598585210.587166666805-0.822616916290.641160190811-0.664136088808-1.318195971711.71580732061-0.363598668966-0.4742103320620.08301635435380.9820621136140.107169640634-0.167692533551.35009324735-0.3600339327981.95318779504-85.0275943822-7.2496375863913.0876931881
96.621521036361.92995641587-0.01689269205553.488112724911.398192576437.29420884876-0.368748063637-0.5634455551641.256934487720.119801418149-1.336215073650.458815098035-0.46690795401-1.398195881950.1394693786411.848531055450.1496152360530.04741708029231.24096977559-0.07817936560732.01776802547-78.50965337983.727275301910.2634520783
101.959058165710.4153410253421.525069616780.1002395069580.1172614845984.07863979678-0.8146871351-0.0404651627991-0.487008216374-0.3080667429510.0910319885711.69604260423-1.186853065-0.08116804849590.4863192546671.361977707770.0739381449053-1.137792961021.088360674640.2802206163773.0327913105-91.593355554-0.3869524150494.48785381539
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154.208046317180.3718970448390.2718855232914.97241999308-2.492061110433.92455401912-0.56183735380.4391535223660.409935826779-0.1610264387860.452160746285-0.02101177634410.0195199067964-0.346182369910.1053573907260.799094320152-0.1296569984990.008998022056010.879427863249-0.1477004727180.963543596697-14.17769940148.99261527345-7.39041189377
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 16 )HA1 - 161 - 16
22chain 'H' and (resid 17 through 39 )HA17 - 3917 - 39
33chain 'H' and (resid 40 through 66 )HA40 - 6640 - 66
44chain 'H' and (resid 67 through 111 )HA67 - 11167 - 111
55chain 'H' and (resid 112 through 150 )HA112 - 150112 - 145
66chain 'H' and (resid 151 through 219 )HA151 - 219146 - 214
77chain 'E' and (resid 334 through 349 )EB334 - 3491 - 16
88chain 'E' and (resid 350 through 369 )EB350 - 36917 - 36
99chain 'E' and (resid 370 through 380 )EB370 - 38037 - 47
1010chain 'E' and (resid 381 through 393 )EB381 - 39348 - 60
1111chain 'E' and (resid 394 through 421 )EB394 - 42161 - 88
1212chain 'E' and (resid 422 through 487 )EB422 - 48789 - 154
1313chain 'E' and (resid 488 through 517 )EB488 - 517155 - 184
1414chain 'L' and (resid 1 through 115 )LD1 - 1151 - 115
1515chain 'L' and (resid 116 through 215 )LD116 - 215116 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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