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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cma | |||||||||
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Title | SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.4/5-35 Fab | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / BA.4 mAb / BA.5 mAb / RBD / BA.4/5-1 / BA.4/5-2 / BA.4/5-5 / Beta-49 / Omi-42 / BA.4/5-35 / VIRAL PROTEIN/Immune system | |||||||||
Function / homology | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Emerging variants develop total escape from potent monoclonal antibodies induced by BA.4/5 infection. Authors: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / ...Authors: Liu, C. / Das, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ritter, T.G. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 210.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cbdC ![]() 8cbeC ![]() 8cbfC ![]() 8qzrC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23477.402 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 22935.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: S, 2 / Production host: ![]() |
#3: Antibody | Mass: 23717.361 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 62.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 13, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.29→48 Å / Num. obs: 13926 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 106.69 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.29→3.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 680 / CC1/2: 0.34 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 124.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.29→47.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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