PDB-8clz: Crystal structure of Rhizobium etli constitutive L-asparaginase R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8clz

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli constitutive L-asparaginase ReAIV (monoclinic form R4mC-2)

要素

Putative L-asparaginase II protein

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / zinc binding protein / structural homology / enzymatic mechanism / enzyme kinetics / occluded water molecules

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Imiolczyk, B. / Grzechowiak, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center.
著者: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2023年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8clz.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8clz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8clz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8clyC 8colC 8oriC 8oswC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Putative L-asparaginase II protein

AAA: Putative L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.245, 85.298, 82.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.178, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-676- HOH

#1: タンパク質	Putative L-asparaginase II protein 分子量: 36116.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: RHE_CH01144 / プラスミド: pEt-151D-topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 Gold / 参照: UniProt: Q2KB35
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium formate, 20 % (w/v) PEG 3350, and 0.2% lauryldimethylamine oxide (LDAO)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	モノクロメーター: 0.977 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→78.34 Å / Num. obs: 100056 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.99 % / B_iso Wilson estimate: 26.72 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 16066 / CC_1/2: 0.517 / R_rim(I) all: 1.044

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.501→78.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 4.365 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3024	1000	1 %
R_work	0.2533	99046	-
all	0.254	-	-
obs	-	100046	99.172 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.903 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	1.462 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.815 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→78.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4930	0	7	376	5313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.635	6834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.572	11001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.885	20.65	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.754	15	811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.21	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.46	2.283	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.452	2.282	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.139	3.423	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.142	3.424	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.821	2.481	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.821	2.481	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.698	3.65	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.697	3.651	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.913	28.045	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.813	27.879	5580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.501-1.54	0.469	72	0.422	7211	X-RAY DIFFRACTION	98.2198
1.54-1.582	0.443	73	0.411	7149	X-RAY DIFFRACTION	99.7652
1.582-1.628	0.407	70	0.395	6985	X-RAY DIFFRACTION	99.7032
1.628-1.678	0.352	67	0.374	6665	X-RAY DIFFRACTION	98.7242
1.678-1.733	0.456	67	0.349	6568	X-RAY DIFFRACTION	99.8345
1.733-1.794	0.39	64	0.325	6357	X-RAY DIFFRACTION	99.705
1.794-1.862	0.343	61	0.308	6088	X-RAY DIFFRACTION	99.8052
1.862-1.938	0.368	60	0.288	5912	X-RAY DIFFRACTION	99.7161
1.938-2.024	0.286	57	0.275	5639	X-RAY DIFFRACTION	99.563
2.024-2.122	0.317	55	0.26	5409	X-RAY DIFFRACTION	99.4902
2.122-2.237	0.313	51	0.26	5121	X-RAY DIFFRACTION	99.0046
2.237-2.373	0.282	49	0.242	4797	X-RAY DIFFRACTION	98.2762
2.373-2.536	0.294	46	0.246	4568	X-RAY DIFFRACTION	99.4397
2.536-2.739	0.329	42	0.246	4228	X-RAY DIFFRACTION	99.4179
2.739-3.001	0.274	40	0.238	3919	X-RAY DIFFRACTION	99.2231
3.001-3.354	0.299	36	0.234	3524	X-RAY DIFFRACTION	98.834
3.354-3.872	0.283	31	0.212	3107	X-RAY DIFFRACTION	98.1852
3.872-4.739	0.235	26	0.194	2594	X-RAY DIFFRACTION	97.037
4.739-6.69	0.228	21	0.198	2055	X-RAY DIFFRACTION	98.6692
6.69-78.34	0.258	12	0.194	1150	X-RAY DIFFRACTION	96.7527

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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