PDB-8clc: Tubulin (T2R-TTL) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8clc

タイトル

Tubulin (T2R-TTL) complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8clc.cif.gz	889.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8clc.ent.gz	738.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8clc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cl5C 8cl6C 8cl7C 8cl8C 8cl9C 8clbC 8cldC 8cleC 8clfC 8clgC 8clhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (19) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (19)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

250 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.530, 160.480, 181.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain 分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 48260.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 分子量: 14536.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 38487.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 101分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→15.22 Å / Num. obs: 121578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 185.5 % / CC_1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 3.88
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 12016 / CC_1/2: 0.19
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injectio / Injector diameter: 75 µm

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4487	精密化
CrystFEL	0.8.0	データ削減
CrystFEL	0.8.0	データスケーリング
PHENIX	1.20_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→15.2 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	627	0.74 %
R_work	0.1864	-	-
obs	0.1868	85293	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17281	0	156	91	17528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.726	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.97	0.3175	156	0.2974	20959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.4	0.3108	155	0.2439	20985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-4.26	0.212	156	0.1752	21158	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-15.2	0.2083	160	0.1535	21564	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8561	0.2221	-0.1135	2.8943	0.7805	2.4959	0.0431	0.0556	0.1399	-0.26	0.1559	-0.2622	-0.473	0.2314	-0.1927	0.4622	-0.0423	0.0612	0.491	-0.1425	0.4967	29.2012	87.7414	55.88
2	1.6082	1.8141	-0.0992	2.6353	0.1174	7.5571	0.1056	-0.0436	-0.0644	0.2505	-0.0384	0.9546	-0.3797	-0.5461	-0.0722	0.4751	0.0475	0.076	0.5713	-0.1764	0.7137	9.5064	86.6974	71.6658
3	0.9972	-0.3287	-0.628	3.3866	1.4302	3.0717	-0.0533	-0.0843	-0.0269	0.5396	0.0684	0.1863	0.182	0.1219	-0.0166	0.3597	0.0225	-0.0375	0.459	-0.0855	0.435	23.4411	78.7738	70.0284
4	4.434	-1.4201	-0.04	4.1228	0.3761	3.8151	0.0012	0.1695	0.6781	-0.5368	-0.0158	0.1334	-0.9	-0.2429	0.0154	0.7612	0.0653	-0.0017	0.5237	-0.0247	0.6428	15.5968	74.0623	21.9574
5	1.6891	-0.9677	-0.4306	5.1828	0.7377	3.233	0.0751	0.2522	0.2136	-0.6197	-0.0993	-0.0424	-0.5403	0.0446	-0.0114	0.5334	-0.0129	0.0324	0.5393	-0.0562	0.4691	24.6611	61.8367	13.1884
6	1.3274	-0.6916	0.4215	2.7921	0.9315	2.6736	-0.0558	-0.0568	-0.0108	-0.1587	-0.0853	0.0853	-0.0935	-0.2242	0.1111	0.3247	0.0281	0.0154	0.4641	-0.1258	0.4163	17.8179	54.9302	26.0848
7	3.0936	-1.7264	2.7331	1.133	-1.8115	2.9712	-0.1399	-0.3582	0.2564	0.1412	0.1381	0.2594	-0.5723	-0.1786	0.0104	0.5874	0.0268	0.0326	0.5742	-0.1592	0.6105	19.7151	70.2139	38.0116
8	2.8857	-0.709	0.8515	2.5174	0.1526	2.8648	-0.226	-0.2618	0.0045	0.1517	-0.0582	0.3567	-0.1088	-0.7771	0.2116	0.4053	0.0359	0.0184	0.6782	-0.2014	0.5152	6.6054	61.957	42.3639
9	0.6329	-0.2184	-0.1835	1.1668	1.8756	3.0355	-0.2436	-0.1448	-0.009	0.463	0.023	0.2714	0.4161	-0.0967	0.2402	0.4624	-0.0083	0.0236	0.594	-0.0852	0.5078	15.0165	45.0204	34.0725
10	1.717	0.1214	-0.2434	3.5336	2.0729	7.3041	-0.1526	-0.1924	-0.2457	0.5915	0.1351	-0.1562	0.6589	0.5317	-0.0032	0.4354	0.0584	-0.041	0.4318	-0.035	0.4547	25.6073	40.1804	31.8816
11	3.1273	-0.4761	-0.1196	3.8232	-0.2486	2.092	-0.0299	0.1614	0.4911	-0.2093	-0.0314	0.2378	-0.3343	-0.1165	0.0346	0.5217	-0.0497	-0.0165	0.4942	0.0333	0.4733	14.322	43.4689	-13.2604
12	1.7612	-0.1039	0.115	2.3424	0.0626	1.8507	0.0079	0.1277	0.0495	-0.2278	0.0084	-0.0072	-0.1069	0.0567	-0.0156	0.3712	-0.0338	0.0103	0.4155	-0.0287	0.3738	17.6914	29.4266	-8.643
13	1.5086	-0.2468	0.1211	1.6412	0.6	1.6692	-0.0972	-0.081	0.0929	0.1468	-0.0275	0.088	0.0878	-0.1979	0.1121	0.3692	-0.0721	0.0263	0.4316	-0.0403	0.4172	8.2851	25.4292	5.4851
14	3.6626	-0.881	0.7025	2.2463	0.8769	3.0005	-0.1892	0.7664	0.2988	-0.6777	0.1035	-0.0132	0.084	-0.2457	0.079	0.7969	-0.166	0.0301	0.8887	-0.0202	0.4471	15.5782	12.6448	-41.4487
15	2.6219	-0.3765	-0.1388	2.8034	-0.7262	2.6692	-0.1759	0.7329	-0.1111	-0.8466	0.1067	-0.3667	0.2513	0.3082	0.0619	0.9057	-0.1718	0.1891	0.9934	-0.2747	0.6074	29.6012	1.3962	-42.4704
16	3.2789	-0.1978	-0.0243	0.5845	-0.7835	1.2847	-0.0499	0.2597	-0.5357	-0.331	0.0367	-0.358	0.4223	0.0644	-0.0044	0.8214	-0.0984	0.1342	0.7034	-0.2429	0.6323	21.8562	-8.1519	-31.6685
17	1.8553	-0.4739	-0.1172	1.655	0.4605	2.4495	-0.1411	0.4784	-0.3202	-0.6485	0.0802	0.1388	0.1134	-0.3923	0.1076	0.669	-0.1085	0.0459	0.7476	-0.1311	0.5198	11.1843	1.479	-31.6978
18	3.1764	-1.0093	0.6813	3.6185	0.7862	2.604	0.3239	0.1472	-0.3053	-0.6189	-0.2627	0.477	0.5953	-0.4794	-0.1318	0.7028	-0.1864	0.0151	0.6042	-0.1455	0.5114	5.8309	-2.303	-25.1753
19	2.7786	-0.2593	-0.5184	2.1462	0.0767	1.9726	-0.276	0.3691	-0.3862	-0.0721	0.2083	0.2666	0.235	-0.3484	0.1392	0.5447	-0.1324	0.0451	0.52	-0.1559	0.4879	8.4921	-2.6091	-20.5197
20	3.6669	-0.683	-0.8454	2.6658	-0.3818	2.961	-0.4024	-0.0039	-0.9095	0.2024	0.15	-0.2742	0.9941	0.5515	0.1243	0.8089	0.0314	0.0889	0.6407	-0.2605	0.8644	30.3451	-16.7736	-23.874
21	6.1051	-0.0007	0.8875	7.4502	-0.8962	6.9422	-0.1265	0.055	0.0267	0.4876	-0.1727	-0.2571	-0.3478	0.4432	0.1662	0.7917	-0.0575	0.019	0.7666	-0.2129	0.7803	25.6268	101.294	82.2625
22	1.0223	0.574	0.378	0.6301	-0.0867	0.4313	-0.2989	-0.2174	-0.4665	0.7362	0.4151	-0.6496	0.9113	0.815	-0.0311	1.1463	0.1358	-0.1031	0.9068	-0.2432	0.6261	32.0933	84.6989	82.2557
23	0.1705	0.3239	0.0606	3.474	3.8428	4.2179	-0.158	-0.0526	-0.0392	0.2771	0.632	-0.4617	0.4	0.7919	-0.5897	0.5965	0.0497	0.0077	0.7959	-0.2152	0.8044	43.2064	29.0019	4.0433
24	3.2691	0.474	-1.7964	3.8422	-0.221	3.8927	-0.4862	0.3282	-0.6394	-0.1536	0.2292	-0.0904	1.1449	-0.3157	0.2296	0.8943	-0.0689	0.0968	0.6394	-0.0997	0.7428	6.4896	56.6019	69.4869
25	3.6734	0.8376	-0.7127	2.6411	-0.6394	3.2836	-0.1084	-0.9123	-0.4874	0.5718	-0.0158	-0.5252	0.4631	1.0363	0.0752	0.969	0.2412	-0.0334	1.0288	0.1416	0.8824	13.7663	59.7122	104.1174
26	0.6633	0.554	-0.3029	2.745	-1.844	5.145	-0.398	-0.3741	-0.7193	-0.0453	-0.2656	-0.7005	1.521	0.3117	0.7558	1.1899	0.1202	0.2842	0.8813	0.245	1.2445	1.2108	50.4458	97.3257
27	2.436	0.1508	-2.2168	1.9488	0.0086	4.2972	-0.335	0.1481	-0.5097	0.1965	0.3199	0.1341	0.6595	-0.2039	-0.005	0.8534	0.0285	0.0921	0.5701	0.0855	0.7305	-2.6933	58.9308	92.7438
28	4.943	-3.0132	-3.4205	3.7043	1.3371	2.7431	-0.3234	0.528	0.0284	-0.2019	0.527	-0.1228	0.5973	-0.926	-0.1679	0.6897	-0.1393	-0.0456	0.8137	0.0914	1.0073	-7.7268	64.4593	78.7731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 273 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 439 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 127 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 128 through 238 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 239 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 401 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 402 through 440 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 259 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 260 through 440 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 64 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 65 through 160 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 161 through 214 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 215 through 259 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 260 through 296 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 297 through 399 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 400 through 441 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 20 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 21 through 46 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 67 through 207 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 208 through 257 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 258 through 353 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 354 through 381 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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