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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cl9 | ||||||||||||
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タイトル | Tubulin-DARPin D1 complex | ||||||||||||
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![]() | CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity ...positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wranik, M. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Kepa, M.W. / Steinmetz, M. / Standfuss, J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers. 著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cl5C ![]() 8cl6C ![]() 8cl7C ![]() 8cl8C ![]() 8clbC ![]() 8clcC ![]() 8cldC ![]() 8cleC ![]() 8clfC ![]() 8clgC ![]() 8clhC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABF
#1: タンパク質 | 分子量: 48665.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48391.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 16435.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 148分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.5 詳細: 21% PEG3000 (w/v), 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Methane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→14.94 Å / Num. obs: 63162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 71.9 % / CC1/2: 0.931 / Net I/σ(I): 3.58 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 6206 / CC1/2: 0.323 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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