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- PDB-8cjb: A268M variant of the CODH/ACS complex of C. hydrogenoformans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cjb
タイトルA268M variant of the CODH/ACS complex of C. hydrogenoformans
要素
  • CO-methylating acetyl-CoA synthase
  • Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CODH / ACS
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide ...CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase ...Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / NICKEL (II) ION / HYDROXIDE ION / Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase / CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ruickoldt, J. / Jeoung, J. / Lennartz, F. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2008 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Coupling CO 2 Reduction and Acetyl-CoA Formation: The Role of a CO Capturing Tunnel in Enzymatic Catalysis.
著者: Ruickoldt, J. / Jeoung, J.H. / Rudolph, M.A. / Lennartz, F. / Kreibich, J. / Schomacker, R. / Dobbek, H.
履歴
登録2023年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,04612
ポリマ－155,5242
非ポリマー1,52310
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area52400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)142.115, 142.115, 290.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 73172.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
遺伝子: ciss_06270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1L8D0M5, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: タンパク質 CO-methylating acetyl-CoA synthase


分子量: 82351.516 Da / 分子数: 1 / Mutation: A268M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
遺伝子: acsB, CHY_1222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ACS4, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 8種, 255分子

#3: 化合物 ChemComp-RQM / Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster


分子量: 410.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.85
詳細: 1.12 uL of the reservoir solution (0.1 M sodium acetate, 210 g/L MPD, 60 g/L PEG 4000) were mixed with 0.28 uL 19.8 g/L CODH/ACS in 50 mM Mops pH 7.6, 150 mM NaCl, 1.6 mM Ti(III)-EDTA to form ...詳細: 1.12 uL of the reservoir solution (0.1 M sodium acetate, 210 g/L MPD, 60 g/L PEG 4000) were mixed with 0.28 uL 19.8 g/L CODH/ACS in 50 mM Mops pH 7.6, 150 mM NaCl, 1.6 mM Ti(III)-EDTA to form the sitting drop. Crystallization was performed in an anoxic glove box.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→48.38 Å / Num. obs: 69971 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 19.8 % / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 20.66 % / Num. unique obs: 6875 / CC1/2: 0.342

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→45.02 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1663 1.47 %
Rwork0.2059 --
obs0.2063 60539 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10919 0 28 245 11192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01511276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.96215298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.9091544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0941695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.36041390.34899339X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.660.32121350.32889247X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.750.33741390.31469314X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.860.32641390.30389345X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.990.31661350.27549288X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.150.26211370.25839333X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.350.25621430.24089275X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.610.23831340.1979304X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.970.17991410.18349335X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.540.18511420.15069292X-RAY DIFFRACTION100
4.54-5.720.23891400.16219328X-RAY DIFFRACTION100
5.72-45.020.19091390.16119298X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50890.0991-0.12141.026-0.13980.59-0.0161-0.1138-0.00770.0728-0.0369-0.21410.02390.32890.07330.35180.0380.02330.50760.09680.401-34.1636-49.0906-24.0163
20.9960.3024-0.12581.13720.51561.76050.06960.11890.2965-0.0371-0.08960.4477-0.3431-0.38930.02020.32980.06540.05150.39390.10380.4383-57.7572-34.9436-27.719
31.40190.2463-0.02591.7232-0.86460.67790.0399-0.42210.0350.6037-0.05450.0841-0.14450.24910.00180.6193-0.00220.05090.54940.01170.4139-42.0275-34.302-2.1117
40.99010.1904-0.20851.28520.55272.19080.0491-0.12490.16370.12-0.0739-0.0818-0.26580.3040.00690.2918-0.02210.02020.4050.0870.3703-35.2355-27.5836-30.3261
50.8249-0.0980.04391.4526-0.08471.46870.0140.11610.0289-0.1561-0.0105-0.020.05970.1804-0.00540.372-0.0641-0.04860.38490.05030.313617.7744-58.081-14.8062
61.5061-0.39850.73870.5053-0.23351.0626-00.32090.38820.0302-0.14-0.1546-0.2960.16140.14870.4601-0.0871-0.01250.51750.11170.429512.273-37.0164-28.9837
71.2992-0.0575-0.0051.38270.33161.8437-0.02160.24880.1512-0.17690.07110.0649-0.1544-0.2388-0.03080.4951-0.0408-0.03160.55530.11210.4817-0.7148-33.139-42.3131
82.52481.1386-1.03822.4234-0.57791.9933-0.07270.26520.057-0.14510.05950.01150.0113-0.0840.00520.4526-0.0091-0.02070.38330.00950.33331.0184-65.7221-45.2771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 255 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 256 through 408 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 409 through 670 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 286 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 287 through 368 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 369 through 496 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 497 through 734 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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