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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cj7 | ||||||
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タイトル | HDAC6 selective degraded (difluoromethyl)-1,3,4-oxadiazole substrate inhibitor | ||||||
要素 | Histone deacetylase 6HDAC6 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / small molecule hydrazide / HDAC6 (HDAC6) / oxadiazole (オキサジアゾール) / histone (ヒストン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Aggrephagy / : / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding ...: / Aggrephagy / : / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / 血管新生 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Sandmark, J. / Ek, M. / Ripa, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Selective and Bioavailable HDAC6 2-(Difluoromethyl)-1,3,4-oxadiazole Substrate Inhibitors and Modeling of Their Bioactivation Mechanism. 著者: Ripa, L. / Sandmark, J. / Hughes, G. / Shamovsky, I. / Gunnarsson, A. / Johansson, J. / Llinas, A. / Collins, M. / Jung, B. / Noven, A. / Pemberton, N. / Mogemark, M. / Xiong, Y. / Li, Q. / ...著者: Ripa, L. / Sandmark, J. / Hughes, G. / Shamovsky, I. / Gunnarsson, A. / Johansson, J. / Llinas, A. / Collins, M. / Jung, B. / Noven, A. / Pemberton, N. / Mogemark, M. / Xiong, Y. / Li, Q. / Tangefjord, S. / Ek, M. / Astrand, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cj7.cif.gz | 438.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cj7.ent.gz | 356.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cj7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7 |
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-非ポリマー , 5種, 651分子
#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IOD / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M NaI, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5,10% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→90.2 Å / Num. obs: 116637 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.72 Å / Num. unique obs: 5831 / CC1/2: 0.604 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→90.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.51→90.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.51→1.64 Å / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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