[日本語] English
万見
- PDB-8ciz: DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ciz
タイトルDNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Mycoplanecin A.
要素
  • Beta sliding clamp
  • Mycoplanecin A
キーワードTRANSFERASE / DnaN / Sliding clamp / DNA-polymerase beta subunit / Antibiotic / Natural product / Anti-tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Actinoplanes awajinensis subsp. mycoplanecinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Fu, C. / Liu, Y. / Walt, C. / Bader, C. / Rasheed, S. / Lukat, P. / Neuber, M. / Blankenfeldt, W. / Kalinina, O. / Mueller, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Elucidation of unusual biosynthesis and DnaN-targeting mode of action of potent anti-tuberculosis antibiotics Mycoplanecins.
著者: Fu, C. / Liu, Y. / Walt, C. / Rasheed, S. / Bader, C.D. / Lukat, P. / Neuber, M. / Haeckl, F.P.J. / Blankenfeldt, W. / Kalinina, O.V. / Muller, R.
履歴
登録2023年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Mycoplanecin A
D: Mycoplanecin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2074
ポリマ－84,2074
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area33740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.937, 150.050, 72.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Beta clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit


分子量: 40901.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaN, b3701, JW3678 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988
#2: タンパク質・ペプチド Mycoplanecin A


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 1201.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Actinoplanes awajinensis subsp. mycoplanecinus (バクテリア)
参照: BIRD: PRD_002467
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Antimycobacterial
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2 M CaCl2 0.15 M MgCl2 8.75 % (v/v) Glycerol 17.5 % (w/v) PEG 3350 0.1 M Tris/HCl pH 9.0 Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→75.03 Å / Num. obs: 39802 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 280126
反射 シェル解像度: 2.27→2.39 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. measured all: 38813 / Num. unique obs: 5767 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.274 / Rrim(I) all: 0.716 / Χ2: 0.56 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.05data processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.201-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→51.28 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 1961 4.93 %
Rwork0.2074 --
obs0.2089 39787 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→51.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5784 0 0 70 5854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5868079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.254914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.320.32291310.28132705X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.390.27971390.28312669X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.460.31471470.272637X-RAY DIFFRACTION97
2.46-2.540.35761530.27172681X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.630.31381450.26962725X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.730.30771290.26272699X-RAY DIFFRACTION99
2.73-2.860.3051400.25552729X-RAY DIFFRACTION99
2.86-3.010.30371460.25622699X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.190.28841450.2582718X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.440.27011300.23112665X-RAY DIFFRACTION98
3.44-3.790.25281420.21462704X-RAY DIFFRACTION99
3.79-4.340.18541450.17782721X-RAY DIFFRACTION100
4.34-5.460.16291390.15752739X-RAY DIFFRACTION100
5.46-51.280.23081300.17962735X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6902-0.95450.13562.2060.67621.86140.1903-0.253-0.13470.3561-0.0470.08460.18070.131-00.5623-0.0589-0.06170.65610.07890.5877-21.1776-7.440719.7744
21.0468-0.6684-0.03512.31650.09650.98530.19970.014-0.44070.1685-0.22750.2993-0.00180.16790.00020.5187-0.1042-0.06610.62460.08020.4997-24.3611-4.240419.855
31.93040.0521-0.06220.5216-0.17880.06480.3419-0.0472-0.5439-0.1631-0.1076-0.03420.08850.04830.00010.68-0.0738-0.1370.59180.02560.6179-11.0397-12.226518.3595
43.90761.2088-0.32022.2472-0.30681.44530.36-0.0675-0.3244-0.1416-0.14850.15220.0044-0.1480.00120.5322-0.0317-0.15380.5192-0.03440.62514.1354-14.217917.9274
52.54380.24670.53091.38940.65271.49080.1166-0.0093-0.2441-0.0585-0.0542-0.1581-0.06420.12300.4601-0.05940.00950.5002-0.03750.430927.32360.482417.1968
61.3693-0.67590.42771.57050.7680.90490.5265-0.429-0.28110.03110.11850.09540.1690.68390.00020.4521-0.0857-0.10630.5788-0.08190.472124.5438-6.370918.1908
71.7797-0.99830.16923.1479-0.57481.15550.1711-0.17080.28410.124-0.08210.0202-0.1852-0.10560.00010.6156-0.10340.05350.5573-0.10120.541623.444329.601719.9082
80.4922-0.09120.1080.29240.24440.26930.2286-0.13580.6508-0.1924-0.0593-0.1005-0.07020.1114-00.7554-0.05780.19640.59680.02610.74325.847541.67618.2367
93.24571.8160.04292.45030.27460.53660.1984-0.08140.46020.0463-0.05460.249-0.09-0.1070.00010.5835-0.02810.07140.53230.04340.546-17.462231.064217.6426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 140 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 141 through 235 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 236 through 346 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 347 through 366 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 109 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 110 through 140 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 141 through 365 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る