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万見
- PDB-8cij: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HPK1 (MAP4K1) COMPLEX WITH 2-[8-Amino-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cij
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HPK1 (MAP4K1) COMPLEX WITH 2-[8-Amino-7-fluoro-6-(8-methyl-2,3-dihydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]oxazin-7-yl)-isoquinolin-3-ylamino]-6-isopropyl-5,6-dihydro-4H-1,6,8a-triaza-azulen-7-one
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / SIGNALING PROTEIN / MAP4K1 / HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-USF / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.821 Å
データ登録者Musil, D. / Toure, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of quinazoline HPK1 inhibitors with high cellular potency.
著者: Toure, M. / Johnson, T. / Li, B. / Schmidt, R. / Ma, H. / Neagu, C. / Lopez, A.U. / Wang, Y. / Guler, S. / Xiao, Y. / Henkes, R. / Ho, K. / Zhang, S. / Chu, C.L. / Gundra, U.M. / Porichis, F. ...著者: Toure, M. / Johnson, T. / Li, B. / Schmidt, R. / Ma, H. / Neagu, C. / Lopez, A.U. / Wang, Y. / Guler, S. / Xiao, Y. / Henkes, R. / Ho, K. / Zhang, S. / Chu, C.L. / Gundra, U.M. / Porichis, F. / Li, L. / Maurer, C.K. / Fang, Z. / Musil, D. / DiPoto, M. / Friis, E. / Jones, R. / Jones, C. / Cummings, J. / Chekler, E. / Tanzer, E.M. / Huck, B. / Sherer, B.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8772
ポリマ－34,3611
非ポリマー5171
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.976, 75.976, 131.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 34360.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-USF / 2-[[8-azanyl-7-fluoranyl-6-(8-methyl-2,3-dihydro-1~{H}-pyrido[2,3-b][1,4]oxazin-7-yl)isoquinolin-3-yl]amino]-6-propan-2-yl-5,8-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-d][1,4]diazepin-7-one / 2-[8-Amino-7-fluoro-6-(8-methyl-2,3-dihydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]oxazin-7-yl)-isoquinolin-3-ylamino]-6-isopropyl-5,6-dihydro-4H-1,6,8a-triaza-azulen-7-one


分子量: 516.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29FN8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG 4000, 120 mM NaCl, 01. M HEPES, pH = 7.75 / PH範囲: 7.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.821→65.844 Å / Num. obs: 8077 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 15.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.821→3.027 Å / Num. unique obs: 404 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.717

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.821→65.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.411
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 388 4.8 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
obs0.2388 8077 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7476 Å20 Å20 Å2
2---0.7476 Å20 Å2
3---1.4952 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.821→65.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 38 7 2033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072181HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.912949HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d768SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2181HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion270SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1669SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.821→3.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 -4.46 %
Rwork0.3082 407 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.88 Å / Origin y: 32.086 Å / Origin z: 6.5509 Å
111213212223313233
T0.0041 Å20.0539 Å20.0618 Å2--0.1915 Å20.0107 Å2---0.0849 Å2
L3.0096 °21.1281 °20.0088 °2-5.1254 °20.6817 °2--3.7953 °2
S0.0508 Å °0.3623 Å °0.2321 Å °-0.074 Å °-0.1317 Å °0.1282 Å °-0.1444 Å °-0.1728 Å °0.0808 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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