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- PDB-8cdw: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HPK1 (MAP4K1) COMPLEX WITH 7-(1-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cdw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HPK1 (MAP4K1) COMPLEX WITH 7-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]quinazolin-2-amine
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼ) / SIGNALING PROTEIN / MAP4K1 / HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / Citron homology (CNH) domain / CNH domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UES / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Musil, D. / Toure, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of quinazoline HPK1 inhibitors with high cellular potency.
著者: Toure, M. / Johnson, T. / Li, B. / Schmidt, R. / Ma, H. / Neagu, C. / Lopez, A.U. / Wang, Y. / Guler, S. / Xiao, Y. / Henkes, R. / Ho, K. / Zhang, S. / Chu, C.L. / Gundra, U.M. / Porichis, F. ...著者: Toure, M. / Johnson, T. / Li, B. / Schmidt, R. / Ma, H. / Neagu, C. / Lopez, A.U. / Wang, Y. / Guler, S. / Xiao, Y. / Henkes, R. / Ho, K. / Zhang, S. / Chu, C.L. / Gundra, U.M. / Porichis, F. / Li, L. / Maurer, C.K. / Fang, Z. / Musil, D. / DiPoto, M. / Friis, E. / Jones, R. / Jones, C. / Cummings, J. / Chekler, E. / Tanzer, E.M. / Huck, B. / Sherer, B.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5194
ポリマ－68,7222
非ポリマー7972
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.482, 76.676, 90.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 34360.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-UES / ~{N}-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)phenyl]-7-(1-methylpyrazol-4-yl)quinazolin-2-amine


分子量: 398.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.0 % (w/v) PEG5000 MME, 0.05 M HEPES, pH=6.50, 0.032 M Na3-Citrate, pH=7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→58.27 Å / Num. obs: 35094 / % possible obs: 78.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.368

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.941→58.27 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1801 5.13 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-35094 78.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7384 Å20 Å25.2689 Å2
2---3.2815 Å20 Å2
3---0.5432 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→58.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4355 0 60 191 4606
LS精密化 シェル解像度: 1.941→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 -4.99 %
Rwork0.288 667 -
obs--34.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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